虚空裂隙之战的余波渐渐平息，玄界与地球沉浸在短暂的休整之中。混元盟总部内，修复星渊方舟的工匠们日夜赶工，天机阁的长老们围着星图推演未来劫数，林晚晴等人则在闭关调养伤势。然而，林轩却始终无法安心，他的神识每日都在宇宙中巡游，试图捕捉那道逃逸的幽光核心踪迹。
三个月后的一个深夜，地球的天文观测站突然传来警报。在距离银河系 2.3 万光年的 “奥尔特星云” 边缘，出现了一片诡异的暗紫色雾区。这片雾区以惊人的速度吞噬着周围的彗星与陨石，所过之处，星辰的光芒被尽数剥夺，空间扭曲成诡异的漩涡状。更令人不安的是，雾区中偶尔闪过与虚空裂隙如出一辙的暗紫色符文，这些符文如同活物般在雾中游走，拼凑出模糊的古神轮廓。
“就是它！” 林轩凝视着观测站传回的影像，混元天道剑在剑鞘中发出嗡鸣。他立刻召集林晚晴、影、王虎等人，星渊方舟的修复虽未彻底完成，但众人毅然决定提前出发。临行前，天机阁阁主呈上一卷残破的预言古籍：“盟主，古籍中记载，当‘暗域之眼’睁开，古神的残躯将借雾重生，宇宙将迎来‘熵寂之潮’。如今雾区的异动，恐怕正是预言中的开端。”
星渊方舟穿越星际的途中，诡异事件接踵而至。飞船的导航系统突然失灵，仪表盘上的指针疯狂旋转，显示出的坐标竟是一片虚无；船舱内的空气逐渐变得粘稠，每一次呼吸都像是在吞咽暗紫色的淤泥；更可怕的是，船员们开始出现幻觉，有人看到自己被古神的巨手捏碎，有人则陷入不断轮回的末日景象。
“这是幽光核心的手段，它在干扰我们的心智！” 林晚晴的本源结晶泛起血色涟漪，她强撑着启动混沌灵根，血色符文化作光带缠绕在飞船四周，暂时驱散了部分雾气。影的青玄剑虽已残破，但剑魄仍在，她将剑意注入剑柄，清冷的剑芒在舱内游走，斩断了试图入侵众人识海的暗紫色丝线。
当星渊方舟终于抵达雾区边缘时，眼前的景象令人头皮发麻。整片雾区宛如一个巨大的生命体，表面不断隆起又凹陷，暗紫色的脉络在雾中清晰可见，如同生物的血管。林轩的神识小心翼翼地探入，却如坠冰窟 —— 雾区深处，幽光核心正悬浮在一座由无数骸骨堆砌而成的祭坛中央，这些骸骨中不仅有人类与修士，甚至还有星渊族、机械族等不同种族的遗骸。
“动手！” 林轩一声令下，星渊方舟的混元脉冲炮率先开火。紫金色的能量束撕开雾区表面，却在深入百米后被暗紫色雾气吞噬，转化为反击的力量。雾区剧烈震动，无数暗紫色触手破土而出，这些触手上布满锋利的骨刺，每一根都能轻易洞穿飞船的防护罩。王虎操控着临时改装的湮灭加特林，疯狂扫射触手：“来啊！看老子把你们打成碎片！” 但触手被斩断后，断口处立刻长出更粗壮的分支。
林晚晴调动本源结晶，血色符文化作一张巨网笼罩雾区：“先祖，这些触手似乎在保护幽光核心！” 她的混沌灵根疯狂预警，却见雾区上空突然凝聚出十二尊暗紫色雕像。这些雕像与虚空裂隙的黑袍人不同，他们身披刻满古神咒印的铠甲，手中握着散发着死亡气息的长枪。
“以古神之名，净化蝼蚁！” 雕像齐声怒吼，十二道死亡光束射向星渊方舟。林轩挥动混元天道剑，金黑色的剑气形成屏障，但光束的腐蚀之力极强，屏障表面迅速出现密密麻麻的裂痕。影看准时机，施展青玄宗身法跃至空中，破碎的青玄剑残片化作万千青光，直刺雕像的咽喉。然而，雕像的身体竟是由雾气凝聚，剑影穿透后，它们立刻重组。
战斗陷入胶着时，幽光核心突然爆发出刺目紫光。整个雾区开始坍缩，形成一个巨大的暗紫色漩涡，星渊方舟被强大的吸力拉扯，随时都有被撕碎的危险。林轩感受到漩涡中心传来一股熟悉又陌生的力量 —— 那是融合了纪元议会科技与古神混沌之力的全新形态。
“大家稳住！我去摧毁核心！” 林轩周身混元之力暴涨，化作一道流光冲进漩涡。漩涡内部，时空完全错乱，他时而置身于远古战场，看到古神与星渊族先祖的惨烈厮杀；时而又回到现代，目睹纪元议会用机械大军屠戮星球。这些幻象如同实质，不断侵蚀着他的神识。
“混元破妄！” 林轩挥动混元天道剑，金黑色的剑芒斩碎幻象。在漩涡最深处，他终于见到了幽光核心的真面目 —— 那是一颗跳动的暗紫色心脏，心脏表面缠绕着无数锁链，每一根锁链都连接着宇宙中某个阴暗角落，正源源不断地汲取着腐化之力与混沌残念。
暗紫色心脏发出阴森的笑声：“玄天仙尊，你以为能轻易摧毁我？这些锁链的另一端，可是藏着足以颠覆宇宙的秘密！” 话音未落，心脏爆发出的力量震得林轩气血翻涌，他的混元护盾出现了第一道裂痕。而此时的星渊方舟外，十二尊雕像开始融合，形成一个手持巨斧的暗紫色巨人，它的目标，正是虚弱的林晚晴等人…… 一场关乎宇宙存亡的终极较量，再次拉开帷幕。