宇宙在微光中缓慢复苏，破碎的星系重组时的璀璨光芒，宛如宇宙的新生赞歌。林羽悬浮在虚空裂缝修复处，调和圣典重新化作古朴的书籍安静躺在他怀中，金色纹路流转着柔和的光，仿佛在诉说着劫后余生的安宁。但他眼底的警惕并未消散，那一双暗红眼睛带来的寒意，仍在他心头萦绕不去。
“林羽！” 凤璃的声音带着虚弱却欣喜，她的身体虽还透着微光，却已能凝聚成人形。她身旁，莱昂正摆弄着新组装的机械义肢，金属关节发出咔嗒咔嗒的调试声，“老子这新手臂的威力，下次再见到那些暗熵怪物，定要把它们碎尸万段！”
林羽微微皱眉，将暗红眼睛和神秘声音的事告知二人。凤璃的翠色火焰突然摇曳了一下，“难道还有比混沌原核更可怕的存在？” 莱昂的手掌重重拍在战斧上，激起一串火星：“管他是谁，来一个打一个！不过... 我们得先把这千疮百孔的宇宙修好。”
三人开始分头行动。林羽穿梭于各个星系，用调和圣典的力量修复受损的时空；凤璃以涅盘之火净化残留的暗熵气息，所到之处，荒芜的星球重新焕发生机；莱昂则带着由幸存文明打造的修复装置，修补那些被撕裂的空间节点。然而，就在他们以为一切步入正轨时，异常悄然发生。
被净化的星球上，原本复苏的生命开始出现诡异变异。植物生长出暗紫色的脉络，动物的眼睛泛起嗜血的红光。林羽赶到其中一颗星球时，正看见一头变异巨兽撕开城市的防护罩，市民们惊恐的尖叫与巨兽的咆哮混杂在一起。“这不对劲，残留的暗熵力量不该有这么强的侵蚀性。” 他展开圣典，却发现金色纹路面对这些变异生物时，竟闪烁不定。
与此同时，凤璃在净化一片星云时，遭遇了一群由暗熵凝聚而成的幽灵战舰。战舰上飘扬的黑色旗帜上，绣着一只暗红眼睛的图案。“原来那些眼睛是某个势力的标志！” 她操控火焰迎敌，却发现这些战舰能吸收火焰的力量，反而变得更加强大。激烈的战斗中，一艘战舰的舱门打开，一个身披黑袍、脸上缠着绷带的身影走出，他的声音冰冷如霜：“平衡守护者？不过是跳梁小丑，宇宙的真正秩序，应由暗熵之主来建立。”
莱昂那边也陷入困境。他负责修复的空间节点接连发生爆炸，每次爆炸后，都会出现暗紫色的传送门，从中涌出大量机械怪物。这些怪物的核心闪烁着暗红的光芒，与那神秘眼睛如出一辙。“这些家伙的攻击模式，像是经过精密计算，专门克制我的战斗方式！” 莱昂一边挥舞战斧抵挡，一边咒骂道。
三人再次汇合时，各自带着满身伤痕。林羽的圣典上出现了细小的裂痕，凤璃的火焰变得黯淡，莱昂的机械义肢也布满凹痕。“看来我们面对的，是一个早就对我们了如指掌的敌人。” 林羽摩挲着圣典上的裂痕，眼神愈发坚定，“但不管是谁，想要破坏宇宙的平衡，都得先过我们这一关。”
就在此时，调和圣典突然剧烈震颤，书页自动翻开，露出一幅从未见过的星图。星图上，一个巨大的暗红眼睛标记在宇宙的最深处闪烁，那里散发的暗熵气息，比之前遇到的所有威胁都要强大数倍。“看来，我们的下一站已经确定了。” 林羽合上圣典，看向两位伙伴。莱昂咧嘴一笑，握紧战斧：“正合我意，老子早就手痒了！” 凤璃的火焰重新燃起斗志：“这一次，定要揭开暗熵之主的真面目！”
三人展开各自的力量，朝着星图标记的方向飞去。等待他们的，将是一场比对抗混沌原核更加凶险的战斗，而宇宙的命运，又一次被推到了悬崖边缘......