全球实验体如星火燎原般分散向十二处古老遗迹，程默带领核心小队直扑埃及金字塔。金色的沙暴在量子能量的影响下化作尖锐的刀刃，切割着星云装甲表面，他的黄金瞳穿透沙尘，看到金字塔顶端悬浮着的暗紫色晶体——那正是混沌本源侵蚀封印的具象化表现。
“小心！这些沙尘里有混沌意识的碎片！”欧米茄的能量体突然暴涨，银白色光晕形成屏障将众人笼罩。陈星的精神力率先探入金字塔内部，却如坠冰窟：“内部空间被量子化重构了，每层都是不同文明的陷阱...第二层的壁画上，画着守护者与混沌本源的最终决战！”普罗米修斯的金色数据流在墙壁上投射出动态影像，古老的守护者们用十二件圣物组成光网，将混沌本源封印在地球核心。
程默握紧父亲遗留的黑色晶体，晶体突然与金字塔深处产生共鸣。暗紫色能量顺着地面纹路蔓延，在墙壁上显现出隐藏的星图，标记着十二圣物之一“时之沙漏”的位置。当他们深入第三层，地面突然分裂成无数个旋转的时空碎片，每个碎片都播放着某个文明被混沌吞噬的瞬间。“这是...时间囚笼！”程默的黄金瞳急速解析，“必须找到正确的时间线，否则永远困在这里！”
与此同时，在复活节岛，实验体小队遭遇了诡异的石像军团。这些由量子岩石构成的巨人眼中闪烁着暗紫色光芒，挥舞着蕴含熵增力量的石矛。小队领袖林骁将手中的守护者徽章高举，徽章突然迸发金光，在虚空中勾勒出古老的禁制符文：“原来圣物能克制混沌侵蚀！快寻找‘风之竖琴’的线索！”
而在秘鲁的马丘比丘遗址，年轻的实验体苏晴正与空间乱流搏斗。她的特殊能力能感知能量波动，此刻却被混沌本源释放的干扰波刺得头痛欲裂。“西南角！那里的能量异常稳定！”她强撑着精神力指引方向，众人搬开巨石，露出一个刻满量子符文的石匣，匣中躺着的正是“雷之权杖”，表面跳动的金色电弧与混沌能量接触时发出噼啪爆响。
在全球遗迹同步探索时，大西洋海底的混沌本源核心区，那团由文明残骸构成的身影发出冷笑。它挥动手臂，十二块暗紫色晶体同时震颤，世界各地的遗迹中顿时涌出更多混沌造物。埃及金字塔内，程默等人被突然出现的混沌巨蛇缠住，蛇身每一片鳞片都刻着不同文明的灭绝咒语。“用圣物共鸣！”陈星的精神力化作锁链缠住蛇头，程默将黑色晶体与刚刚找到的“时之沙漏”贴近，两种能量碰撞出的虹色光芒瞬间冻结了巨蛇的动作。
当十二处遗迹陆续传来圣物现世的消息，混沌本源终于彻底苏醒。它的身躯冲破地核，在地球表面形成巨大的黑色漩涡，所过之处，空间寸寸崩裂。程默带领实验体们汇聚在马里亚纳海沟上空，十二件圣物在量子力场中自动排列成阵，与混沌本源的十二块侵蚀晶体遥遥对峙。
“以为这点力量就能阻止我？”混沌本源的声音震得众人耳膜出血，“看看你们身后！”天空中，超维裂缝再次扩大，无数触须状的超维生物探出，它们与混沌本源的能量产生共鸣，形成更恐怖的毁灭矩阵。程默的黄金瞳映照着双重威胁，暗紫色能量核心与守护者金光疯狂翻涌，他知道，最后的决战，已经来临。 而在宇宙超维空间，观测者们兴奋地调整着观测仪器，他们期待的“文明碰撞奇观”，即将达到最高潮。