话说大明末年，鲁南日照县出了一位威名赫赫的英雄好汉，姓杨名毅。此人一套通背拳打得风生水起，几个大汉围攻也近不得身。轻功更是了得，几米高的城墙一跃即上，三层官兵把守的库房对他来说也如无人之境。杨毅嫉恶如仇，立誓杀满一百个恶人后归隐山林。闯荡江湖十几载，已有九十六名恶徒命丧其手。这些人中有杀人如麻的大盗，有虐待公婆的恶妇，也有欺压百姓的恶霸。每当除掉一个恶人，他都会在对方身上留下一枚竹牌，上面刻着这是第几个恶人，字迹遒劲有力。日照一带的恶人提起杨毅，无不闻风丧胆。
夏日炎炎，杨毅远赴黑龙江与武林同道交流武艺，一个月后满载而归。他的住处位于日照城西文山上的一座破庙里。当他穿过一片归树林返回住处时，忽闻一阵哭声，寻声望去，只见一位中年妇人正欲上吊。杨毅甩出一枚暗器，将绳子斩断，救下妇人。那妇人泪如雨下，哭诉道：“你让我死了吧，我活不下去了。”
原来这妇人名叫牛李氏，是日照县牛家村人，膝下无儿无女，与丈夫牛三相依为命。牛三是个樵夫，身体健壮，每日上山打柴到县城卖掉，换些日用品。日子虽不富裕，但也温饱无忧。某日，牛三偶感风寒，牛李氏急忙到县城有名的济世堂药铺抓药。济世堂的大夫名叫王世甫，草草问了几句病情，便开了药方。牛李氏回家煎药给丈夫服下，牛三服药后头晕脑胀，上床休息。不料次日，牛李氏发现丈夫面色铁青，已死在床上。
“这么说，是那个庸医的药害了你丈夫？”杨毅问道。牛李氏点头，认为丈夫一向身体健壮，肯定是药物有问题。于是她到济世堂讨说法，王世甫却拒不承认。后来，王世甫竟将她告到县衙，说她诬陷好人，影响药铺声誉，要求她道歉并赔偿五十两银子。牛李氏不服，在公堂上争执起来，却被县太爷以咆哮公堂之罪乱棍打出。说到此处，牛李氏再也控制不住情绪，大哭起来。杨毅闻言怒不可遏，大喝一声：“岂有此理！这天下还有王法吗？”
数日后，王世甫下乡出诊，行至郊外偏僻处，忽见一人从树上跳下，持刀将他逼住。此人正是杨毅。“好汉饶命，白家村正有重病号等我诊治。”王世甫求饶道，“只要你放过我，我把身上钱财全部给你，若还不够，可到济世堂去拿，我绝不食言。”杨毅冷笑道：“你以为我会信你的鬼话？你去救人？分明是害人才对！”说完，手起刀落，鲜血四溅，王世甫倒在血泊之中。杨毅将一块写着“恶人九十七号”的竹牌留在王世甫身上，然后扬长而去。
次日下午，杨毅忽闻庙外人声鼎沸，走出庙门一看，只见十几个手持叉、锨、镐头的百姓正怒视着他。一位白发老者问道：“杨大侠，济世堂的王世甫大夫是你杀的吗？”“是啊，那姓王的坏事做尽，死有余辜！”杨毅说道。老者闻言叹息道：“你好糊涂啊！”
原来，王世甫并非牛李氏所说的庸医、恶霸，而是一个医术高超、医德高尚的大夫。他收费低廉，对贫苦百姓更是常常免费诊治。无论寒冬酷暑，无论多远，只要有患者求诊，他都会立即前往。因此，王世甫在百姓中威信极高。而县城内另一家药铺——润生堂的店主刘世珍，医术虽也不错，但医德败坏。看病少一个铜板都不行，且从不夜间出诊。济世堂开业后，患者都跑到那里去了。刘世珍不从自身找原因，反而怨恨王世甫，屡次找茬都以失败告终。后来，他得知杨毅正在寻找恶人除害，便心生毒计，让老婆李氏在杨毅必经的路口假装上吊，被救下后编造被王世甫逼得走投无路的话。果然，嫉恶如仇的杨毅上当了。
“杨大侠啊，这一次王大夫是给一个大出血的产妇出诊的，就被你给耽误了。产妇死了，一个男人失去了妻子，一个孩子失去了母亲。你想想这一次你的罪孽有多大吧！”老者说道。杨毅闻言后悔莫及。
当天晚上，润生堂店主刘世珍夫妇被人杀死，身上分别留着写着“恶人九十八号”和“恶人九十九号”的竹牌。而他们身边还躺着一个人，正是日照一侠杨毅，他是自杀而亡。他的身上也有一块竹牌，上面写着“恶人第一百号”。