在远离城镇的深山之中，有一个宁静的小村落，名为桃源村。这里山清水秀，村民们过着自给自足的平静生活。然而，一场突如其来的瘟疫打破了这份宁静。
起初，只是村里的几个老人出现了发热、咳嗽的症状，大家都没太在意，以为只是普通的伤风感冒。可没想到，短短几天时间，瘟疫就像恶魔一般迅速蔓延开来。村里的人一个接一个地倒下，先是浑身乏力、高烧不退，接着便是呕吐、腹泻，身体虚弱得连下床的力气都没有。
村里的郎中使出了浑身解数，熬制各种草药给村民们服用，可病情却丝毫没有好转的迹象。反而，随着时间一天天过去，死亡的人数不断增加，村子里弥漫着一股绝望和恐惧的气息。家家户户紧闭门窗。路上再也看不到往日嬉笑玩耍的孩子和忙碌的村民，整个桃源村仿佛变成了一座死村。
就在村民们感到绝望无助的时候，一个消息像一道曙光照亮了他们的心。有人说，灵隐寺的济公和尚，医术高明，能治百病，或许他能拯救这个濒临毁灭的村庄。村民们仿佛抓住了最后一根救命稻草，立刻派了几个年轻力壮的小伙子，日夜兼程地赶往灵隐寺，希望能请到济公。
几天后，小伙子们终于带着济公回到了桃源村。此时的济公，依旧是那副疯疯癫癫的模样，穿着破旧的袈裟，手持一把破蒲扇，脸上却带着和蔼可亲的笑容。村民们看到济公，纷纷围了上来，有的跪在地上磕头求救，有的声泪俱下地诉说着瘟疫带来的痛苦。
济公安慰大家说：“乡亲们莫怕，贫僧既然来了，定会尽力救治大家。”说完，他便开始在村子里四处查看。他走进每一间屋子，仔细询问病人的症状，观察他们的舌苔和脉象。经过一番详细的诊断，济公心中渐渐有了底。
他告诉村民们：“这瘟疫并非不可战胜，只是需要找到合适的药材和治疗方法。大家放心，贫僧一定会想办法治好大家的病。”接着，济公让村民们准备了一些水和柴火，然后在村子周围的山林中寻找草药。
济公在山林里穿梭自如，他凭借着自己丰富的经验和敏锐的洞察力，很快就找到了许多珍贵的草药。有清热解毒的金银花、板蓝根，有祛湿化痰的山药、半夏，还有增强免疫力的黄芪、党参等等。他将这些草药采集回来后，便开始指挥村民们熬药。
在熬药的过程中，济公还不忘给大家讲解一些防病的知识。他说：“这瘟疫之所以会传播，是因为大家平时不注意卫生，喝了不干净的水，吃了不新鲜的食物。以后大家要养成良好的卫生习惯，勤洗手、喝开水、吃熟食，这样才能减少疾病的发生。”
经过几天几夜的忙碌，第一批草药终于熬好了。济公让村民们按照病情的轻重，依次服用草药。刚开始，有些村民对草药的效果半信半疑，但当他们喝下草药后，没过多久，就感觉身体轻松了许多，发热和咳嗽的症状也有所缓解。
随着时间的推移，越来越多的村民病情开始好转。那些原本卧床不起的病人，渐渐能够下床走动了；那些脸色苍白、身体虚弱的人，也逐渐恢复了红润和力气。村子里又重新充满了生机和活力，孩子们在街上嬉笑玩耍，大人们也开始下地干活，整个桃源村又恢复了往日的热闹景象。
村民们对济公感激涕零，他们纷纷拿出自己家里最好的食物和礼物，想要送给济公以表谢意。济公却婉言谢绝了，他说：“出家人以慈悲为怀，贫僧做这些不是为了图你们的回报。看到大家能够恢复健康，贫僧就心满意足了。”
在离开桃源村之前，济公还留下了一些草药的种子和种植方法，告诉村民们以后可以自己种植草药，以备不时之需。然后，他拿起破蒲扇，哼着小曲，摇摇晃晃地继续踏上了云游之路。而济公妙医瘟疫困孤村的故事，也在桃源村代代相传，成为了人们心中一段美好的回忆。