南宋年间，江南的一个小镇上，突然来了一位自称“神医华佗再世”的巫医，名叫胡三。此人尖嘴猴腮，眼神狡黠，身着一件花花绿绿的怪袍，头戴一顶插满羽毛的高帽，手里还拿着一根刻满符文的拐杖，看上去神秘兮兮。
胡三在小镇的集市中心摆了个摊，挂起一块“包治百病，药到病除”的大旗，开始招揽生意。一开始，大家对他都持怀疑态度，可胡三有一套骗人的手段。他先找来几个托儿，在人群中故意大声说自己的病有多严重，吃了胡三的药后立马就好了。周围的人一听，渐渐信以为真，纷纷围拢过来，求胡三治病。
胡三开的药价格昂贵，而且都是一些不知名的草药混合而成，有的甚至还掺了有害的物质。但百姓们为了治病，不惜倾家荡产买他的药。然而，吃了药后，很多人的病情不但没有好转，反而越来越严重。可胡三却狡辩说这是病情在“排毒”，让大家继续买他的药，否则就会前功尽弃。
小镇上有个善良的姑娘叫阿秀，她的母亲染上了重病，卧床不起。阿秀心急如焚，四处寻医问药，可母亲的病情始终不见好转。这天，她听说了胡三的“神医”之名，便带着家里仅有的积蓄，来到胡三的摊位前，跪在地上恳求道：“神医，求求您救救我母亲吧，她病得很重。”
胡三看到阿秀年轻貌美，又带着钱，心中打起了坏主意。他装模作样地为阿秀的母亲把了把脉，然后摇头晃脑地说：“你母亲的病十分严重，普通的药已经治不好了。不过，我这有一味珍贵的仙药，只要吃了，保证药到病除。但这仙药价格昂贵，你得再给我十两银子。”
阿秀家里本就贫困，为了给母亲治病已经花光了所有积蓄，哪里还有十两银子。她苦苦哀求胡三通融一下，先赊账给她药，等她以后有钱了一定加倍偿还。胡三却冷笑着说：“没有银子就别想拿到仙药，你母亲的病就只能等死。”阿秀无奈，只好含着泪离开了。
就在阿秀绝望之时，一个疯疯癫癫的和尚出现在她面前。这和尚身穿破僧袍，手持破蒲扇，一边走一边哼着小曲：“世间骗术多又多，真假神医要辨清，莫被奸人蒙了眼，善心自有福来迎……”阿秀觉得这和尚的话似乎另有深意，便向他诉说了自己的遭遇。
这和尚正是济公。他听了阿秀的话，笑着说：“姑娘，别着急，我这就跟你去会会那个胡三，揭穿他的骗局。”阿秀半信半疑，但还是带着济公来到了胡三的摊位前。
胡三看到济公那副邋遢的模样，不屑地说：“哪来的疯和尚，少在这里捣乱，别影响我做生意。”济公却不生气，笑着说：“胡神医，我听说你包治百病，今天我也来考考你。我这有个病人，病得十分奇怪，你要是能治好，我就承认你是神医；要是治不好，你就别再在这里骗人，把骗来的钱都还给百姓。”
胡三心想：一个疯和尚能有什么难治的病，便一口答应下来。济公从怀里掏出一个小盒子，打开一看，里面是一只小老鼠。他对胡三说：“这只老鼠中了剧毒，你要是能把它治好，就算你赢。”
胡三看着那条蛇，心里有些发怵，但为了面子和钱财，他还是硬着头皮说：“这有什么难的，看我的。”他拿起自己的药箱，翻出各种草药，开始调配解药。调配好后，他把解药喂给了老鼠吃，可老鼠吃了药后，不但没有好转，反而更加痛苦地挣扎起来，不一会儿就死了。
胡三脸色苍白，额头上冒出了冷汗。他狡辩说：“这……这老鼠中的毒太厉害了，我的解药不管用也是正常的。”济公哈哈大笑起来，说：“胡三，你还嘴硬。这老鼠根本就没有中毒，是我用了一些小手段让它看起来像中毒的样子。你连这都看不出来，还敢自称神医，分明就是个骗子！”
周围的人一听，纷纷指责胡三。胡三恼羞成怒，他指挥几个托儿向济公扑来。济公不慌不忙，拿起破蒲扇轻轻一扇，一股狂风刮起，把托儿们吹得东倒西歪。胡三见势不妙，转身就想跑，可济公早有准备，他用手中的蒲扇轻轻一点，胡三就像被定住了一样，站在原地动弹不得。
济公走到胡三面前，严肃地说：“胡三，你利用百姓的信任，骗取他们的钱财，还害得很多人病情加重，罪不可恕。今天我就给你一个改过自新的机会，把骗来的钱都还给百姓，向他们磕头认错，以后再也不许行骗。”胡三无奈，只好按照济公说的去做。他把钱还给了百姓，跪在地上向大家磕头认错。
从那以后，胡三真的改过自新，不再行骗，而是靠自己的劳动生活。阿秀的母亲在济公的帮助下，用一些真正有效的草药治好了病。而济公智斗恶巫医的故事，也在小镇上流传开来，让更多的人明白了要警惕骗子的骗局，相信科学和正义。