南宋时期，临安城外有个小村落，名为杏花村。村子里民风淳朴，村民们男耕女织，日子虽不富裕，却也安宁祥和。村中有一片杏林，每到春日，杏花盛开，如云似霞，美不胜收，杏花村也因此得名。
然而，这一年，一场可怕的疫病突然降临到杏花村。起初，只是几个村民莫名地发起高烧、咳嗽不止，接着浑身长满红疹，奇痒无比。村里的大夫虽尽力诊治，用了各种草药，却丝毫不见成效。不出几日，染病的人越来越多，整个村子都被恐惧的阴霾笼罩着。
村民们人心惶惶，有的拖家带口逃离村子，有的则在家中烧香拜佛，祈求神灵保佑。村中的里正李大叔心急如焚，他深知若再这样下去，杏花村恐怕就要毁于一旦。就在他感到绝望之时，突然想起了灵隐寺的济公和尚。
济公疯疯癫癫，却常常行侠仗义、救人于危难之中，在民间有着极高的威望。李大叔顾不上许多，立刻召集了几个还算健康的村民，一同前往灵隐寺，请求济公出手相助。
一行人风尘仆仆地赶到灵隐寺，在寺院里四处寻找济公。终于，在寺院的后院，他们看到了那个穿着破僧袍、手持破蒲扇、正躺在地上呼呼大睡的济公。李大叔连忙上前，扑通一声跪在地上，哭诉道：“济公大师，求您救救我们杏花村吧！一场可怕的疫病正在村里肆虐，村民们都快撑不下去了。”
济公迷迷糊糊地睁开眼睛，看到李大叔等人满脸焦急的神情，打了个哈欠，笑着说：“莫急莫急，贫僧随你们去看看便是。”
于是，李大叔等人带着济公匆匆赶回了杏花村。当他们走进村子时，眼前的景象让济公也皱起了眉头。只见村里冷冷清清，家家户户门窗紧闭，偶尔传来几声痛苦的咳嗽声。染病的村民们躺在床上，气息微弱，痛苦地呻吟着。
济公挨家挨户地查看病情，他仔细观察着村民们的症状，又询问了村里最近的情况。原来，村里为了灌溉农田，新挖了一口井，自从喝了这口井里的水后，就开始有人染病。济公心中有了数，他来到那口井边，蹲下身子，用手捧起井水闻了闻，又尝了一口。
李大叔见状，惊慌地说：“大师，这水不能喝啊，村里好多人就是喝了这水才染病的。”
济公笑着说：“无妨无妨，贫僧已知道这疫病的根源了。这井水被一种毒虫污染，毒虫的毒素在水中滋生，人喝了就会染病。”
李大叔着急地问：“大师，那可怎么办呀？村里就靠这口井的水生活呢。”
济公思索片刻，说：“莫慌，贫僧有办法。你们去准备一些艾草、苍术、雄黄，再找一口大锅和一些柴火。”
李大叔虽然不明白济公要这些做什么，但还是立刻按照他的吩咐去准备了。不一会儿，东西都准备齐了。济公将艾草、苍术、雄黄放入大锅中，然后架起柴火，开始熬制。随着温度的升高，锅里散发出一股刺鼻的气味。
济公等锅里的东西熬制得差不多了，便让村民们将熬好的药水倒入井中。接着，他又让村民们把家里所有的门窗都打开，在屋内点燃艾草和苍术，用烟雾来驱散屋内的毒气。
做完这些，济公并没有闲着。他又带着几个村民来到村外的山上，寻找一种名为“金线草”的草药。这种草药生长在悬崖峭壁之上，十分难寻。但济公凭借着自己丰富的经验和敏捷的身手，很快就找到了足够的金线草。
回到村子后，济公将金线草和其他几种草药混合在一起，熬制成了一大锅药汤。他让染病的村民们每人喝下一碗药汤。起初，村民们对这黑乎乎的药汤心存疑虑，但在济公的鼓励下，还是硬着头皮喝了下去。
奇迹发生了！喝下药汤后不久，染病的村民们感觉身体轻松了许多，高烧渐渐退去，咳嗽也减轻了。过了几天，村民们的病情都有了明显的好转，红疹也逐渐消退。
李大叔激动得热泪盈眶，他带着全村的村民来到济公面前，齐刷刷地跪下，感激地说：“大师，您真是我们杏花村的救命恩人啊！若不是您，我们村子就完了。”
济公笑着说：“乡亲们莫要如此，救人一命胜造七级浮屠，这是贫僧应该做的。不过，这疫病虽已控制，但大家以后还是要多注意卫生，这口井要经常清理，防止再次被污染。”
村民们连连点头，将济公的话牢记在心。从那以后，杏花村又恢复了往日的生机。每到春日，杏花依旧盛开，村民们的生活也重新变得安宁祥和。而济公妙医疫病救乡邻的故事，在杏花村乃至整个临安城都流传开来，成为了人们口中传颂的传奇。