米花町的暮色被晚霞染成橘红色，温柔的余晖洒在街道上，为这座城市披上一层朦胧的纱衣。柯南攥着怀表齿轮，在街巷中飞奔，心脏在胸腔里剧烈跳动。银发少女的身影如幻影般在前方若隐若现，他追过三条街巷，转角处却只剩熙熙攘攘的人群，那抹熟悉的身影早已消失不见。他扶着膝盖大口喘气，汗水顺着脸颊滑落，沾湿了衣领。
就在这时，侦探徽章突然发出急促的蜂鸣，尖锐的声响在安静的街道上格外刺耳。阿笠博士的全息投影在半空浮现，老人的镜片泛着焦虑的蓝光，脸上满是担忧的神色：“不好了！全球的量子监测站同时检测到异常波动，源头...是帝丹小学！那些波动十分诡异，就像是有一股强大的力量在蠢蠢欲动！”
夜色如墨，渐渐笼罩了校园。教学楼的窗户透出诡异的紫光，仿佛一只只恶魔的眼睛，在黑暗中窥视着一切。柯南翻墙而入，踏入校园的瞬间，一股寒意顺着脊梁骨窜上头顶。走廊里漂浮着无数半透明的记忆气泡，每个气泡中都封存着不同时间线的片段。灰原哀在实验室调试药剂的背影，专注而认真；小兰在空手道赛场夺冠的瞬间，英姿飒爽，笑容灿烂；快斗在月光下变魔术的侧影，优雅而神秘。这些画面如同被扭曲的录像带，时不时出现雪花状的数据乱码，仿佛在诉说着记忆的不完整与扭曲。
“欢迎来到意识的琥珀监狱。”首领的声音从气泡深处传来，低沉而冰冷，带着令人不寒而栗的恶意。地面突然裂开，紫色藤蔓如同毒蛇般缠绕住柯南的脚踝，藤蔓上布满尖刺，刺痛着他的皮肤。“宫野志保的数据残像太不稳定了，所以我为她准备了一个新容器——”随着一阵刺耳的电子音，前方教室的门缓缓打开，灰原哀站在中央，一袭黑衣，身姿挺拔，可她的瞳孔却蒙着一层诡异的紫雾，眼神空洞而冰冷。
“灰原！”柯南奋力挣脱藤蔓，手腕被勒出一道道红痕。侦探徽章的金色光芒却被灰原哀抬手间的数据流吞噬，光芒在接触到数据流的瞬间，如烛火遇到狂风，瞬间熄灭。她的声音冰冷如机械，没有一丝感情：“工藤新一，你总是自以为能拯救所有人，可看看你身后——”教室的墙壁突然化作巨大的显示屏，播放出众人被困在不同记忆牢笼中的画面。小兰被无数个“工藤新一已死亡”的新闻报道包围，那些刺眼的文字如同一把把利刃，刺向她的心脏；赤井秀一在循环播放的苏格兰死亡场景中反复扣动扳机，痛苦与自责在他眼中蔓延；快斗的魔术道具全部变成了手铐，象征着他被束缚的自由。
与此同时，阿笠博士实验室里，气氛紧张到了极点。安室透的手指在键盘上飞速敲击，屏幕上不断跳出各种数据和代码，他的眼神专注而严肃：“这些记忆牢笼是通过量子纠缠同步的，我们必须找到核心节点！一旦找到，或许就能打破这个可怕的局面！”他调出卫星地图，眉头紧锁，发现所有异常点的连线竟组成了黑衣组织的LoGo，这个发现让人心头一紧。快斗突然拍了下脑门，眼中闪过一丝光亮：“等等！我之前偷听到组织的暗号，说什么‘当十二宫连成一线，死神将降临’，现在这些地点不就是星座的排列吗？这其中一定有什么关联！”
南极海底，冰层深处的量子反应堆突然重新启动，发出震耳欲聋的轰鸣声。安室透和赤井秀一驾驶着特制潜艇深入，冰冷的海水拍打着潜艇，发出沉闷的声响。当他们靠近反应堆时，眼前的景象让他们心头一颤——反应堆核心处悬浮着一个巨大的量子沙漏，细沙中闪烁着众人的记忆碎片，那些碎片忽明忽暗，仿佛在诉说着曾经的故事。“这是时间牢笼的核心！”赤井秀一举枪射击，子弹却被沙漏表面的能量场反弹，强大的冲击力震得他手臂发麻。安室透则发现沙漏底座刻着一行小字——“破解之钥，藏于遗忘”，这行小字如同一个神秘的谜题，等待着他们去解开。
米花町的教室里，柯南被灰原哀的数据流逼到角落，四周的数据流如同一堵墙，将他困在其中。千钧一发之际，他突然想起灰原哀曾说过的话：“真正的信任，是敢于暴露自己的脆弱。”他收起徽章，举起怀表齿轮，眼神坚定而温柔：“你说过记忆不是数据，那这个承载着我们所有回忆的齿轮，又算什么？它记录着我们一起经历的点点滴滴，是无法被数据化的珍贵存在！”灰原哀的攻击骤然停滞，紫雾笼罩的瞳孔中闪过一丝动摇，那一瞬间，仿佛有一道光，照进了她被控制的意识。
就在这时，快斗的魔术卡牌从窗外飞入，在空中展开成一面镜子。镜子里映出的不是众人的恐惧，而是他们共同度过的温暖瞬间。少年侦探团在游乐园欢笑，阳光洒在他们的脸上，充满了童真与快乐；毛利兰为柯南织的围巾，一针一线都饱含着关怀；灰原哀偷偷为博士准备的生日蛋糕，那一抹甜蜜的笑容，温暖了所有人的心。这些画面如同一束光，照进记忆牢笼，唤醒了众人内心深处的力量。小兰的金色锁链率先击碎困住她的屏幕，金色的光芒照亮了黑暗；赤井秀一和安室透同时将能量注入量子沙漏，强大的能量波动在海底扩散开来。
随着一声轰鸣，量子沙漏开始逆向旋转，时光仿佛在倒流。所有记忆牢笼同时崩塌，碎片如雪花般飘落。灰原哀身上的紫雾逐渐消散，她的眼神恢复了往日的清澈，身体却因为力量的流失而踉跄着向前倾倒。柯南眼疾手快，一个箭步冲上前，将她稳稳接住。“笨蛋...这次又让你救了我。”她的声音带着久违的温度，虚弱中却透着一丝安心。而在量子网络的最深处，首领发出最后的怒吼，他的数据形态在无数温暖的记忆洪流中，如同冰雪般消融，化作虚无。
黎明的第一缕阳光洒在米花町，驱散了夜的黑暗。柯南和灰原哀并肩走在上学路上，街道上渐渐热闹起来，人们开始了新一天的生活。灰原哀望着手中重新拼凑完整的怀表，表盘上的齿轮轻轻转动，仿佛在诉说着劫后余生的喜悦。她突然轻笑出声，那笑容如同一朵绽放的花：“看来，数据化的意识也敌不过真实的情感。再强大的力量，也无法战胜内心的温暖。”柯南挠挠头，露出标志性的笑容：“下次可别再玩这么危险的消失戏码了。你要是再消失，我可不知道该怎么办了。”远处，小兰正向他们招手，笑容灿烂如阳光；赤井秀一和安室透装作不经意地路过，眼神中却透露出关切；快斗则在楼顶留下一朵玫瑰形状的烟雾，为这平静的画面增添了一抹浪漫。这座城市又恢复了往日的平静，而那些共同战斗的记忆，永远成为了他们心中最坚固的防火墙，守护着他们的未来。