东京的雨丝如银针般密密麻麻地落下，裹挟着潮湿而压抑的空气，将米花町的街道冲刷得泛着冷冽的寒光。距离那场惊心动魄的意识之战已过去三天，城市表面看似恢复了往日的平静，街头行人匆匆，车流穿梭不息，然而在这平静表象之下，却是暗流涌动。灰原哀实验室里的监测屏上，紫色波纹仍在暗网深处诡异地起伏，仿佛蛰伏着随时准备出击的猛兽。她目不转睛地盯着屏幕上不断跳动的代码，纤细的手指无意识地摩挲着芯片接口处淡淡的疤痕，那里残留的灼烧感总会在深夜隐隐作痛，提醒着她那场战斗的惨烈。
“灰原，又发现异常了？”柯南背着书包走进实验室，稚嫩的面容下是与年龄不符的沉稳。话音刚落，他胸前的侦探徽章突然发出细微的震动，仿佛感知到了某种危险。顺着灰原哀的目光望去，柯南看到她面前的全息投影里，十七个红点正在地图上缓慢移动，如同蛰伏在暗处的毒蛇，随时准备发动致命一击。
灰原哀神色凝重，调出一段加密视频。画面里，一个戴着兜帽的人鬼鬼祟祟地在街头贩卖改装手机，那些手机屏幕上闪烁着熟悉的六芒星标记，散发着诡异的光芒。“这些手机预装了特殊程序，”灰原哀一边放大画面，一边解释道，“能将使用者的负面情绪转化为能量。”当镜头聚焦到兜帽下露出的半截手腕时，一道与首领徽章相似的纹路清晰可见，“看来首领开始在现实世界布局了，这次的手段更加隐蔽和危险。”
同一时刻，快斗正倒挂在商场的巨型显示屏上方，身着标志性的白色礼服，戴着特制的眼镜。镜片中，数据流组成的紫色丝线清晰可见，这些丝线如同无形的触手，连接着每一个驻足观看广告的行人，将他们的情绪悄然牵引。“有趣，这次换成实体媒介了。”快斗嘴角勾起一抹玩味的弧度，掏出扑克枪准备破坏装置。然而，子弹却被无形的屏障弹开，显示屏突然变成镜面，映出黑衣快斗举着枪口对准他的倒影，那冰冷的眼神仿佛要将他吞噬。
另一边，安室透伪装成上班族混进写字楼。在茶水间，他不动声色地靠近几个正在窃窃私语的员工。“你有没有觉得最近情绪特别低落？”其中一人揉着太阳穴，神情疲惫，手机屏幕在桌面投下幽紫的光，“但玩这个新下载的游戏后，又会莫名兴奋...”话音未落，安室透的手机震动起来，是赤井秀一发来的加密信息：「码头仓库，大量可疑货物。」他眼神一凛，不动声色地退出茶水间，心中警铃大作。
此时的米花中央医院，沉睡的小兰突然剧烈抽搐。心电监护仪发出刺耳的警报，尖锐的声音在病房里回荡。在她的梦境中，黑衣小兰的身影再次浮现，手中握着由记忆碎片凝成的长剑，散发着令人胆寒的气息。“你的存在就是阻碍，”黑衣小兰的声音混着机械杂音，冰冷而无情，剑尖缓缓抵住金色小兰的胸口，“不如永远留在这个梦里。”梦境中的小兰眼神坚定，却也难掩一丝恐惧，她知道，这一次的危机比以往任何时候都要严峻。
柯南和灰原哀接到消息后，火速赶到医院。推开病房门，一股冰冷的紫色能量扑面而来，将整个房间笼罩在诡异的氛围中。灰原哀举起扫描器，屏幕上的数据不断跳动，显示小兰的脑电波正被某种频率干扰。“他们在加深对小兰意识的侵蚀，”灰原哀的声音带着难以掩饰的焦急，“必须找到源头，切断连接，否则小兰可能永远都醒不过来了！”
在码头仓库，赤井秀一与安室透背靠背作战。昏暗的仓库里，集装箱整齐排列，却隐隐透出一股危险的气息。突然，无数戴着六芒星面具的黑衣人从阴影中涌出，他们的攻击方式诡异，动作如同提线木偶，毫无感情可言。“这些人被精神控制了！”安室透翻滚躲避激光，枪口精准点射对方后颈的芯片接口，“就像...就像我们在镜像世界遇到的傀儡！”赤井秀一冷静地观察着战局，突然扣动扳机，子弹穿透空气击中暗处的投影仪。随着设备爆炸，黑衣人纷纷倒地，然而，仓库顶部的巨型屏幕亮起，首领的身影被扭曲的紫色光晕环绕，画面中的他仿佛来自地狱的恶魔。
“你们以为摧毁几个装置就能阻止我？整个东京早已布满我的棋子。”首领的声音充满嘲讽与狂妄，画面切换，无数手机屏幕同时亮起，组成巨大的六芒星图案，“接下来，该让你们见识真正的牢笼了。”那密密麻麻的六芒星，如同一张巨大的网，将整个城市笼罩其中，令人不寒而栗。
与此同时，柯南在小兰的意识深处艰难前行。记忆碎片不断重组，将他困在重复的场景里。樱花雨中的告白，那份青涩与甜蜜；水族馆的追逐，充满了欢乐与温馨；纽约街头的相遇，命运的齿轮开始转动...每段回忆都被黑衣小兰用紫色锁链缠绕，美好的记忆变成了困住他的牢笼。“放弃吧，新一，”黑衣小兰的声音在他耳边回荡，充满蛊惑，“她不属于这个充满危险的世界。”柯南的意识逐渐模糊，就在他快要支撑不住时，侦探徽章的绿光突然暴涨。金色数据流撕开记忆的迷雾，他看到真正的小兰被囚禁在记忆宫殿的塔顶，眼神中满是期待与信任。
黑衣小兰挥剑阻拦，剑刃与金色光芒碰撞，她却在接触到金色光芒的瞬间，露出痛苦的表情——在她的记忆深处，同样藏着与柯南、毛利一家相处的温暖片段。那些被忽视的情感，在这一刻悄然苏醒。“你不是工具，兰！”柯南冲向塔顶，金色数据流与紫色能量碰撞出耀眼的火花，“你是那个会为朋友拼命，永远相信正义的小兰！”这句话仿佛打开了某种枷锁，黑衣小兰的身体开始碎裂，露出里面挣扎的金色光点，那是真正的小兰在奋力反抗。
灰原哀在实验室启动紧急程序，将母亲留下的防火墙代码注入东京的网络主干。她的手指在键盘上快速敲击，眼神专注而坚定，额角的汗水不断滴落。快斗用魔术干扰街头的六芒星装置，他的魔术道具在空中变幻出绚丽的光芒，吸引着众人的目光，同时寻找着装置的弱点。赤井秀一和安室透则带队突袭首领的据点，在枪林弹雨中奋勇前进，他们的眼神中只有一个信念——彻底摧毁敌人的阴谋。
当所有攻击同时发动，整个城市的紫色能量剧烈震颤，仿佛大地都在颤抖。紫色能量化作漫天碎片消散在空中，黑暗的阴谋似乎即将被终结。病房里，小兰缓缓睁开眼睛，泪水划过脸颊。她握住柯南的手，金色印记与侦探徽章同时亮起，那一刻，温暖与希望重新降临。“新一，这次...我也记得所有的事了。”小兰的声音轻柔却坚定，眼中闪烁着光芒。
夜色再次降临，柯南站在事务所的阳台上，望着灯火通明的东京。城市的灯光如同繁星点点，看似宁静祥和。然而，手机突然收到灰原哀的消息：「暗网深处，仍有异常波动。」他的嘴角勾起一抹坚定的弧度，将手放在胸前微微发烫的侦探徽章上。这场意识与真相的战争，远未到终结之时，而他，早已做好了迎接下一次挑战的准备。