米花图书馆地下档案室的铁锁在柯南的万能钥匙下发出刺耳的咔嗒声，那声音像是沉睡多年的怪物被唤醒时的低吟。潮湿的霉味裹挟着二十年前的尘埃扑面而来，令人几欲作呕，仿佛置身于尘封已久的古老墓穴。手电筒的光束如利剑般扫过蛛网密布的书架，在昏暗的空间里切割出一道道光痕，照亮了那些布满岁月痕迹的古籍。
就在这时，快斗突然在古籍堆里发现一本皮质封面的魔术札记。那札记的封皮上烫金的鸢尾花图案熠熠生辉，与神秘人面具上的图案如出一辙，仿佛在诉说着某种神秘的联系。“这是父亲的字迹！”快斗的声音中带着难以抑制的激动与颤抖，他的指尖轻轻抚过札记边缘的焦痕，仿佛能触摸到当年那场惊心动魄的往事。泛黄的纸页间夹着半张烧毁的照片，照片上黑羽盗一与青年时期的宫野厚司并肩站在实验室门前，背后的玻璃幕墙倒映着十二个鸢尾花标记的培养舱，那画面充满了神秘与未知。
柯南迅速用手机扫描照片残片，AI分析结果令三人瞳孔骤缩。照片背景的坐标指向北斗星制药的旧址，而那里，正是灰原哀此前探索过的地下实验室。这个发现，如同一把钥匙，似乎即将打开一扇通往真相的大门，却也让他们陷入了更深的谜团之中。
突然，档案室的荧光灯管开始高频闪烁，发出滋滋的电流声，仿佛在预示着某种危险的降临。灰原哀残留的意识数据如萤火般在空气中游荡，忽明忽暗，宛如幽灵。她的声音断断续续从数据流中传来：“札记...第37页...双重镜像...”快斗不敢有丝毫耽搁，迅速翻到对应页面。在紫外线的照射下，一段用隐形墨水书写的密文显现出来——“当满月与齿轮重合，真假镜像将在钟楼审判中揭晓。”这段密文，如同一个神秘的预言，为他们指引着方向，却也让他们更加迷茫。
与此同时，米花町上空的意识网络具象化为巨型齿轮矩阵，每颗齿轮都镶嵌着城市居民的记忆碎片，宛如一个巨大的记忆宝库，却也成为了神秘人操控的工具。神秘人操控着由液态汞组成的锁链，那锁链闪烁着诡异的光芒，将被困在意识能量体中的灰原哀吊在钟楼顶端。神秘人的面容在月光下不断分裂重组，时而变成黑羽盗一，时而化作快斗的模样，令人不寒而栗。“黑羽家的魔术本该是掌控人心的武器，你却用来当正义的遮羞布！”神秘人那充满嘲讽与愤怒的声音在夜空中回荡，仿佛在控诉着快斗对家族魔术的“背叛”。
柯南意识到情况危急，立刻通过侦探徽章联系目暮警官，却发现整个警局的系统已被意识网络入侵。警员们的瞳孔泛起蓝光，机械地重复着：“欢迎进入完美世界。”那场景，宛如科幻电影中的末日景象，令人绝望。就在千钧一发之际，少年侦探团的孩子们抱着装满烟花的纸箱出现在广场。元太用力地将烟花弹发射出去，炸开时迸发出的耀眼镁光，如同一道希望的曙光，暂时干扰了意识网络的信号，为众人争取到了宝贵的时间。
快斗毫不犹豫地跃上钟楼，将齿轮插入钟摆的核心装置。当月光穿透齿轮的镂空花纹，神秘人的身影在光影交错中分裂成两个镜像。左侧的镜像握着初代基德的白色披风，眼神温柔却充满愧疚，仿佛承载着黑羽盗一的回忆与情感；右侧的镜像戴着鸢尾花面具，周身缠绕着冰冷的数据流，散发着邪恶与仇恨的气息。
“你终于来了，我的影子。”左侧镜像开口，声音与黑羽盗一别无二致，那熟悉的声音让快斗心中涌起一股复杂的情感。“二十年前，我和宫野厚司发现组织的真实目的是将人类意识上传至虚拟世界，制造绝对服从的‘完美社会’。我们偷走齿轮与芯片，却导致计划转入地下。而他...”盗一指向右侧镜像，“是组织用我的基因制造的克隆体，承载着被篡改的记忆与仇恨。”这段尘封已久的往事，如同一颗重磅炸弹，在众人心中掀起轩然大波。
右侧镜像发出刺耳的电子笑声：“被抛弃的次品？不，我才是真正的基德！”他挥动手臂，钟楼的钟面突然化作意识屏幕，播放出令人窒息的画面——二十年前那个雪夜，宫野志保的母亲艾莲娜在实验室销毁核心数据时，被神秘人一枪击中，而黑羽盗一为保护她，驾驶滑翔翼引开追兵，最终坠入海底。那画面，仿佛一把锋利的刀，刺痛着每个人的心。
灰原哀的意识能量体突然剧烈震动，鸢尾花图腾在她周身绽放成防护罩。她的声音重新恢复人类的温度：“这个记忆是假的！”数据流中浮现出艾莲娜留下的最后影像，“真正的真相是...组织为测试意识转移，将志保的部分意识植入了芯片，而那个克隆体，他的意识本源...”画面在关键时刻扭曲消散，只留下一串指向米花水族馆的坐标。这个未说完的真相，如同一个巨大的悬念，吊足了众人的胃口。
此刻，城市的意识网络开始崩塌，无数记忆碎片如流星般坠落，照亮了整个夜空。柯南注意到水族馆坐标与札记中“双重镜像”的线索关联，他心急如焚地大喊道：“快斗！他们的意识锚点在水族馆的双曲面镜迷宫！只有打破镜像世界，才能彻底摧毁意识网络！”快斗与盗一的镜像对视一眼，那眼神中充满了默契与信任。他们同时甩出魔术卡牌，在钟楼上空炸开璀璨的银河，为同伴们开辟出通往水族馆的道路。那绚丽的光芒，如同希望的灯塔，指引着众人向真相进发，一场更加惊心动魄的冒险即将在米花水族馆展开。