在一个狂风暴雨的夜晚，闪电划破漆黑的天空，豆大的雨点噼里啪啦地砸在地面上，整个米花町都被笼罩在一片阴森的氛围中。
柯南、毛利小五郎和小兰受一位名叫藤井的先生邀请，前往他位于郊区的别墅参加一个小型聚会。藤井先生是一位知名的企业家，与毛利小五郎有过一些业务往来。
当他们的车行驶在通往别墅的乡间小路上时，突然看到前方有一个身影在雨中慌乱地奔跑。
“奇怪，这么大的雨，怎么会有人在外面跑？”小兰惊讶地说。
柯南也觉得事有蹊跷，于是让毛利小五郎停车。他们下车后，发现是一个年轻的女孩，浑身湿透，脸上满是惊恐。
“你怎么了？为什么在这里跑？”小兰关心地问道。
女孩颤抖着声音说：“我……我看到了可怕的东西，在那边的树林里。”
柯南和毛利小五郎对视了一眼，决定跟着女孩去树林里看看。他们沿着女孩指的方向，在泥泞的树林中艰难地前行。
突然，一道闪电划过，照亮了前方的一片空地。在空地上，他们看到了令人毛骨悚然的一幕：一只巨大的蜈蚣，足有半米多长，正趴在一个人的身上，那个人一动不动，似乎已经死了。
“啊！”小兰吓得尖叫起来。
柯南赶紧跑过去，仔细查看。死者是一位中年男子，身上有多处被蜈蚣咬伤的痕迹，伤口周围呈现出黑色，显然是中了剧毒。
“这……这怎么会有这么大的蜈蚣？”毛利小五郎也感到十分震惊。
就在这时，他们听到了一阵奇怪的声音，仿佛是蜈蚣爬行的声音。柯南警觉地环顾四周，发现周围的草丛里似乎有什么东西在蠕动。
“小心，可能还有其他蜈蚣。”柯南喊道。
他们小心翼翼地退回到车上，带着女孩一起前往别墅。到了别墅后，藤井先生和其他客人看到他们狼狈的样子，都十分惊讶。
柯南将在树林里看到的事情告诉了大家，大家都感到十分恐惧。
“这附近怎么会有这么大的蜈蚣？而且还会伤人。”一位客人说。
“会不会是有人故意放出来的？”柯南心中产生了疑问。
为了安全起见，藤井先生让仆人把别墅的门窗都关好，然后打电话报警。
警方很快赶到了别墅，对案件展开了调查。经过询问，他们发现死者是藤井先生的生意伙伴，名叫山本。最近山本和藤井先生在一项业务上存在一些分歧，有过一些争吵。
“难道是藤井先生为了除掉山本，故意放出蜈蚣来杀人？”毛利小五郎猜测道。
但是，藤井先生坚决否认，他说自己根本不知道这件事情，而且他也没有理由要杀山本。
柯南在别墅里四处查看，希望能找到一些线索。他发现别墅的地下室有一个房间，门是锁着的。
“这个房间为什么要锁着？”柯南问藤井先生。
藤井先生犹豫了一下，说：“这……这是我用来存放一些杂物的房间，没什么特别的。”
柯南觉得藤井先生的回答很可疑，于是他用自己的方法打开了门锁，进入了房间。房间里弥漫着一股刺鼻的气味，地上有一些奇怪的瓶子和工具。
“这些东西好像是用来饲养蜈蚣的。”柯南心想。
就在这时，他听到了身后有脚步声。柯南回头一看，发现是藤井先生。
“你……你怎么进来了？”藤井先生显得很紧张。
“藤井先生，你为什么要隐瞒这个房间的事情？这些东西是不是和蜈蚣有关？”柯南质问道。
藤井先生见事情败露，只好说出了真相。原来，他最近在研究一种新型的药物，需要用到蜈蚣的毒液。他在地下室饲养了一些蜈蚣，但是没想到其中一只逃跑了，还发生了这样的悲剧。
“我真的不是故意要杀人的，我只是想做我的研究。”藤井先生懊悔地说。
柯南叹了口气，说：“你的行为太危险了，不仅害了别人，也可能会给自己带来麻烦。”
最终，藤井先生被警方带走了，案件也真相大白。
“柯南，你真厉害，又解决了一个案件。”小兰笑着说。
“哈哈，只是运气好而已啦。”柯南挠挠头说。
而在这个雨夜，米花町的这场危机也终于结束了，大家都希望这样的恐怖事件不要再发生。