柯南和灰原哀接到了来自毛利小五郎的委托，说是米花市郊外的一所精神病院最近发生了一系列离奇的事件。病院里的一些病人出现了奇怪的行为，有几个甚至声称看到了恐怖的幻影，还有一名护士神秘失踪。
柯南和灰原哀来到了这所精神病院，刚进入就感觉到一股压抑的氛围。病院里的走廊昏暗狭长，墙壁上的灯光闪烁不定，时不时还传来病人的呼喊声和笑声，让人毛骨悚然。
他们首先找到了病院的院长，院长看起来神色紧张，对他们的到来既期待又有些不安。院长告诉他们，这些奇怪的事件是从一周前开始的，病院里就像被诅咒了一样，人心惶惶。
柯南和灰原哀开始在病院里调查，他们发现一些病人的病历被人动过手脚，上面的诊断记录似乎被修改过。而且，在一间空置的病房里，他们找到了失踪护士的工作牌和一些奇怪的脚印。
灰原哀仔细检查了脚印，“这个脚印很奇怪，不像是普通鞋子留下的，倒像是某种特制的靴子。而且，脚印的大小和形状似乎不太符合正常人的比例。”
柯南在病房的角落里还发现了一些残留的化学物质，他推测这些物质可能与病人出现的幻觉有关。
在调查过程中，他们遇到了一个行为怪异的病人。这个病人嘴里一直念叨着一些奇怪的话，“黑暗中的眼睛，它们在看着我们……它们会把我们都带走……”柯南和灰原哀从他的只言片语中，似乎感觉到这个病院里隐藏着一个巨大的秘密。
他们继续深入调查，来到了病院的地下室。地下室里弥漫着一股刺鼻的气味，四周摆放着各种陈旧的医疗设备和实验器材。在一个角落里，他们发现了一个隐藏的房间，房间门紧闭着，上面有一把复杂的锁。
柯南利用他的侦探技巧，费了好大的劲才打开了门。房间里光线昏暗，他们看到了一些令人震惊的场景：墙上挂满了各种奇怪的画像，画的都是一些扭曲的人脸和恐怖的怪物；桌子上堆满了文件，上面记录着一些不为人知的实验数据和研究报告。
原来，这所精神病院曾经被一个神秘的组织用来进行非法的精神控制实验。他们利用病人作为实验对象，试图开发一种能够控制人类思想的药物。而失踪的护士，很可能是发现了这个秘密，被组织的人给抓走了。
就在柯南和灰原哀准备进一步调查时，突然听到了一阵脚步声。他们赶紧躲了起来，只见几个穿着黑色衣服的人走了进来。这些人正是神秘组织的成员，他们似乎是来销毁证据的。
柯南和灰原哀决定不能让他们得逞，他们悄悄地跟在这些人身后，寻找机会将他们一网打尽。在一场激烈的追逐和搏斗后，柯南和灰原哀成功地制服了神秘组织的成员，并将他们交给了警方。
随着真相的揭开，精神病院的秘密也被公之于众。病人们的奇怪行为和幻觉都是因为神秘组织的实验导致的。而那名失踪的护士，也在一个废弃的仓库里被找到了，她只是被迷晕了，并没有生命危险。
柯南和灰原哀又一次成功地解决了案件，保护了大家的安全。但他们知道，黑暗中还有更多的秘密和危险等待着他们，他们将继续携手前行，在爱与救赎的道路上，为了正义和真相而战。