自古相传阴阳鱼玉佩是开启神秘宝藏的钥匙，解开玉佩的秘密就可以得到宝藏和财富，宝藏谁的呢？一大堆秘密等待破解。
新一和志保经过对古籍和各种资料的深入研究，以及对玉佩的仔细分析，终于有了重大发现。
原来，这块阴阳鱼玉佩是古代暗影教用来开启一个神秘宝藏的钥匙的一部分。传说暗影教在千年前掌握了一种神秘的力量，他们将这种力量封印在了一个隐秘的地方，并用多块玉佩作为开启宝藏的钥匙，每一块玉佩上都有独特的阴阳鱼图案和符文，只有集齐所有玉佩，按照特定的顺序和方法组合，才能找到并开启宝藏。
而这个宝藏，据说不仅包含着巨大的财富，更有着能够改变世界格局的神秘技术和知识。暗影教在历史的长河中逐渐销声匿迹，但他们留下的这个宝藏却一直是各方势力觊觎的目标。
神秘人的家族，曾经与暗影教有过渊源，其祖先可能是暗影教的重要成员或者守护者，所以才会留下这块玉佩。
新一和志保推测，现在出现的这块玉佩，引起了某个企图复活暗影教或者利用暗影教宝藏力量的组织的注意，所以神秘人才会遭到跟踪和威胁。
就在他们准备把这个消息告诉神秘人的时候，却发现神秘人失踪了。他们在米花酒店的房间里只找到了一张纸条，上面写着：“想要知道更多，就来废弃工厂，一个人来，否则他的命就没了。”纸条上还画了一个阴阳鱼的图案。
新一和志保意识到，这是一个陷阱，但他们也不能眼睁睁地看着神秘人陷入危险。于是，新一决定独自前往废弃工厂，志保则在附近埋伏，随时准备支援。
当新一来到废弃工厂时，发现里面阴森恐怖，弥漫着一股刺鼻的气味。突然，一群黑衣人从四面八方涌了出来，将他团团围住。
“把玉佩交出来，我们可以饶你一命。”为首的黑衣人冷冷地说道。
新一毫不畏惧：“你们是什么人？为什么要抢夺玉佩？”
黑衣人没有回答，只是一步步地逼近新一。就在新一准备迎战的时候，外面突然传来了警笛声。原来是志保见情况不妙，及时通知了目暮警官他们。
黑衣人见势不妙，想要逃跑，但被警方全部包围并抓获。新一在工厂的一个角落里找到了被绑着的神秘人，他看起来受了一些伤，但并无大碍。
在警方的审讯下，黑衣人终于交代，他们是一个名为“黑暗之手”的组织，一直在寻找暗影教的宝藏，想要利用宝藏的力量来实现他们统治世界的野心。
而这块阴阳鱼玉佩，是他们找到宝藏的关键线索之一。
至此，阴阳鱼玉佩的真相终于大白，但新一和志保知道，这场关于宝藏和神秘力量的斗争还远远没有结束，他们将继续守护米花町的和平，阻止那些心怀不轨的人利用邪恶的力量来破坏世界……