灵异重案三组自安倍晴雪加入后，全力围绕黑袍人展开调查，然而线索却如泥牛入海，调查一度陷入僵局。就在众人有些气馁之时，米花市又发生了一起令人毛骨悚然的案件。
在城市边缘的一座古老宅院里，一位名叫山本的富商被发现离奇死亡。当柯南、灰原哀及灵异重案三组众人赶到现场时，只见山本的尸体扭曲地倒在书房中央，全身布满了类似蜈蚣爬行过的红肿痕迹，死状极其恐怖。在他身旁的地板上，用鲜血赫然写着一个奇怪的符号，形似一只张牙舞爪的蜈蚣。
“这……这也太可怕了，难道是诅咒？”毛利小五郎看着尸体，不禁打了个寒颤。
安倍晴雪面色凝重，凑近仔细查看地上的血字符号，脸色瞬间变得十分难看：“这是一种古老的蜈蚣咒，在阴阳师的记载中，这是一种极为恶毒的诅咒，据说被下咒之人会在极度痛苦中死去。”
柯南皱起眉头，心中满是疑惑：“诅咒？晴雪小姐，你是说这是超自然现象导致的？可我觉得这背后一定有人为操控的痕迹。”
灰原哀也点头表示赞同：“柯南说得对，我们不能轻易相信这是单纯的诅咒，凶手很可能是利用这种迷信说法来掩盖自己的罪行。”
林宇在一旁仔细检查着尸体，说道：“从尸体的状况来看，这些红肿痕迹不像是自然形成的，倒像是某种特殊药物或者毒虫造成的。”
紫菱则在书房里四处查看，突然她在书架后的暗格里发现了一本破旧的日记。日记的纸张已经泛黄，字迹也有些模糊，但勉强能辨认出上面的内容。
“大家快过来看，这本日记好像记录了一些重要的事情。”紫菱喊道。
众人围拢过来，一起翻阅日记。原来，山本年轻时曾与几个朋友一起参与过一场对一座古墓的非法挖掘。在古墓中，他们发现了一件据说拥有神秘力量的宝物。然而，自那之后，参与挖掘的人都陆续遭遇了不幸。
“难道是因为他们触怒了古墓的守护者，所以遭到了报复？”毛利小五郎猜测道。
安倍晴雪摇摇头：“这种说法没有科学依据，但从日记内容来看，这几个人之间的关系似乎因为宝物产生了裂痕，也许凶手就在他们之中。”
柯南思索片刻后说：“我们先找到其他参与挖掘古墓的人，保护他们的安全，同时从他们身上寻找线索。”
经过一番调查，灵异重案三组很快找到了另外两位当年参与古墓挖掘的人——铃木和高桥。铃木是一位体弱多病的老者，听闻山本的死讯后，吓得几乎瘫倒在地。
“我就知道会有这么一天，我们当年不该去碰那座古墓的。”铃木惊恐地说道。
高桥则表现得相对镇定，但眼神中也透露出一丝不安：“你们觉得这真的是诅咒吗？还是有人故意为之？”
柯南敏锐地捕捉到高桥的表情变化，心中对他产生了怀疑。就在众人询问铃木和高桥相关细节时，突然，房间里传来一阵奇怪的声响，仿佛有无数小爪子在地上爬行。
“什么声音？”紫菱紧张地握紧了拳头。
安倍晴雪脸色一变：“不好，是蜈蚣咒的诅咒生效了！大家小心！”
只见从房间的各个角落爬出密密麻麻的蜈蚣，朝着众人迅速爬来。众人顿时陷入慌乱，柯南一边用脚踢开靠近的蜈蚣，一边大声喊道：“大家别慌，这些蜈蚣肯定是有人故意放进来的！”
在混乱中，灰原哀发现了一扇隐藏的暗门，她大声喊道：“快，从这里出去！”
众人急忙通过暗门逃离了房间。当他们喘着粗气，惊魂未定地回头时，发现铃木倒在了蜈蚣群中，身上布满了蜈蚣，和山本的死状一模一样，地板上同样出现了那个蜈蚣血咒的符号。
“可恶，凶手肯定还在附近！”毛利小五郎愤怒地说道。
灵异重案三组的成员们意识到，凶手就在他们身边，而且还会继续下手。他们必须尽快解开蜈蚣咒杀人事件的谜团，阻止凶手的疯狂行径，而每一个线索都仿佛指向一个更深的阴谋，等待着他们去揭开。