米花镇最近出现了一系列令人毛骨悚然的事件，不断有人声称看到了可怕的人皮玩偶在夜间出没。这些传闻在小镇上引起了恐慌，孩子们都不敢在晚上出门，大人们也都人心惶惶。
柯南、灰原哀和少年侦探团在放学回家的路上，听到了同学们在讨论这些可怕的传闻。
“听说那些人皮玩偶是用真人的皮做的，眼睛还会跟着人动呢！”一个同学惊恐地说。
“哎呀，别再说了，好吓人啊！”步美吓得脸色苍白。
柯南皱了皱眉头，说：“这些肯定都是谣言，大家不要自己吓自己了。”
灰原哀也冷静地说：“是啊，在没有确凿证据之前，不要轻信这些没有根据的传闻。”
但是，当晚柯南就接到了毛利小五郎的电话，说有一个客户声称自己看到了人皮玩偶，并且觉得自己受到了威胁，希望毛利小五郎能帮忙调查。
柯南和毛利小五郎一起来到了客户的家，客户是一位名叫山口的收藏家，他住在米花镇边缘的一座大别墅里。山口先生看起来非常紧张，他告诉柯南和毛利小五郎，他在自己的收藏室里发现了一个奇怪的玩偶，看起来就像是用人皮做的。
“我本来以为是一个普通的玩偶，但是当我仔细看的时候，发现它的皮肤质感太逼真了，而且眼神也很诡异。”山口先生颤抖地说。
柯南和毛利小五郎跟着山口先生来到了收藏室，只见在一个角落里，放着一个穿着华丽衣服的玩偶。这个玩偶的面容确实非常逼真，皮肤看起来就像是真的人皮一样，让人不寒而栗。
柯南仔细地观察着玩偶，他发现玩偶的身上有一些细微的痕迹，似乎是被人动过手脚。就在这时，灰原哀也来到了别墅。原来，她放心不下柯南，所以也赶了过来。
灰原哀走到玩偶旁边，用她敏锐的观察力检查着玩偶。她发现玩偶的背后有一个小机关，似乎可以打开。
柯南轻轻地打开了机关，发现里面有一张纸条，上面写着：“下一个就是你，准备好迎接死亡吧！”
山口先生看到纸条后，吓得瘫倒在地。他说：“我到底得罪了谁，为什么要这样对我？”
柯南安慰道：“山口先生，你先冷静一下，我们会帮你找出真相的。你好好想想，最近有没有和什么人发生过冲突或者矛盾？”
山口先生想了想，说：“我最近在一次拍卖会上拍到了一件非常珍贵的文物，很多人都很眼红，会不会是因为这个？”
柯南觉得山口先生的话有一定的道理，他决定从拍卖会入手进行调查。经过一番调查，柯南发现有一个名叫田中一郎的人对山口先生拍到的文物非常不满，他曾经在拍卖会后扬言要报复山口先生。
柯南和灰原哀找到了田中一郎的家，但是当他们到达的时候，发现田中一郎已经死了，死状非常恐怖，他的身上被剥下了一大块皮，看起来就像是被做成了人皮玩偶的一部分。
“看来这件事情比我们想象的要复杂得多。”柯南说。
灰原哀点了点头，她在房间里发现了一些奇怪的工具和材料，看起来像是用来制作人皮玩偶的。
就在这时，他们听到了一阵奇怪的声音，似乎是从地下室传来的。柯南和灰原哀小心翼翼地来到地下室，发现地下室里摆满了各种各样的人皮玩偶，这些玩偶的表情都非常痛苦，让人感到毛骨悚然。
在地下室的角落里，他们发现了一个人，这个人正背对着他们，手里拿着一把刀，似乎在制作着人皮玩偶。
“你是谁？为什么要做这些可怕的事情？”柯南大声问道。
那个人慢慢地转过身来，原来是山口先生的助手小林。小林的脸上露出了疯狂的笑容，他说：“这些人都该死，他们抢走了我的东西，我要让他们付出代价。”
经过小林的交代，柯南和灰原哀才知道，原来小林也是一个文物爱好者，他一直想要得到山口先生拍到的那件文物，但是山口先生不肯卖给他。于是，小林就想出了这个可怕的计划，他先制作了人皮玩偶来吓唬山口先生，然后又杀死了田中一郎，想要嫁祸给田中一郎。
最后，小林被警方逮捕，米花镇的人皮玩偶事件也终于告破。柯南和灰原哀带着沉重的心情离开了现场，他们知道，这个世界上还有很多邪恶和疯狂的事情存在，他们要继续用自己的智慧和勇气，去守护这个世界的和平与正义。