超脱圣坛的光芒映照着万象维度星海，宇宙在短暂的安宁后，一场直指生命本源的危机悄然而至。无界医盟的量子监测网络发出刺耳警报，所有星系的生命体本源能量开始出现异常波动——碳基生物的dNA链中渗入未知的能量序列，硅基生命的核心程序被莫名篡改，就连纯能量体的意识结构也在逐渐崩解。宇宙中弥漫着一种诡异的“本源黑雾”，所到之处，生命的本源特征被侵蚀，转化为失去意志的混沌造物。
秦溯在医道传承院感知到异动时，老槐树的树冠突然渗出金色的本源汁液，在空中凝结成初代神农残缺的虚影。虚影手中紧握着一颗半透明的本源核心，表面裂痕中透出微弱的光芒：“本源乃生命之根，侵蚀即毁灭之始。当黑暗吞噬本质，唯有唤醒沉睡的意识火种，方能重铸生命的纯粹。”与此同时，秦曦的实验室被本源黑雾笼罩，所有研究数据在瞬间扭曲，精密仪器自发运行，绘制出一幅幅充满神秘图腾的“本源侵蚀图谱”。
循着异常能量的轨迹，探索小队踏入宇宙深处的“本源裂隙”。这里漂浮着无数破碎的生命本源残片，每一片都记录着某个文明的起源与消亡。裂隙中央，一座由扭曲的基因链、错乱的代码与崩解的能量矩阵堆砌而成的“侵蚀圣殿”缓缓升起，殿中走出一个由黑色雾气凝聚而成的身影——自称“本源吞噬者”的存在。他的声音空洞而冰冷：“秦溯，你们的本源不过是脆弱的容器。唯有让我吞噬所有生命本质，宇宙才能摆脱缺陷，重归完美。”
本源吞噬者挥动雾爪，本源黑雾如瘟疫般扩散，侵蚀速度呈指数级增长。被波及的星球上，居民们的外貌与能力开始异化，曾经守护家园的战士变成疯狂的怪物，医者的治愈之力转化为致命的腐蚀。自由残缺派与火种重启派的成员接连被本源黑雾同化，他们的武器发射出黑色能量，防御系统反而成为侵蚀的帮凶。秦溯发现，常规的能量防护与治疗手段只会加速本源侵蚀，唯有找到能净化黑雾的“意识本源之光”。
千钧一发之际，秦溯发起“觉醒之光计划”。他号召全宇宙的生命体回溯内心最坚定的信念：母亲守护孩子的本能、学者追求真理的执着、战士扞卫和平的誓言。这些跨越时空与维度的意识力量，通过量子网络汇聚成“觉醒星火”，注入秦溯的青铜罗盘。秦曦带领团队，利用超脱圣坛的能量，制造出“本源净化核心”，试图在侵蚀浪潮中开辟出一片净土。
最终决战在侵蚀圣殿展开。秦溯高举燃烧着觉醒星火的罗盘，与本源吞噬者展开一场关乎生命本质的终极对决。在星火的光芒中，吞噬者的黑雾身躯开始消散，露出其下由无数被囚禁的本源碎片组成的内核。当他看到宇宙中无数生命在本源侵蚀的绝境中，依然凭借坚定的意识守护本心的画面——艺术家以残缺的身体创作希望的画作，科学家用即将崩溃的思维推导破解之法——眼中的冷漠逐渐被触动：“原来...生命的完美，不在于纯粹的本源，而在于意识的不屈...”
随着本源吞噬者的消散，本源黑雾转化为滋养生命的“本源甘露”，本源裂隙化作一片“新生本源海”，每一道波纹都孕育着新的生命可能。危机过后，秦溯在青山村建立“本源圣殿”，圣殿中央的巨型水晶球不断流转着全宇宙生命的本源之光，象征着生命本质与意识力量的永恒交融。新石碑上刻着：“本源为基，意识为魂。医道的终极传承，是让每个生命在黑暗侵蚀中，永远保持本心的光明与意志的坚韧。”
星河之中，秦逸与林婉的星光融入新生本源海与本源圣殿的光芒，照亮宇宙新的征程。医道的传承者们深知，只要意识的火种不熄，无论面对怎样的本源危机，生命都将在黑暗与光明的交织中，绽放出更加璀璨的光芒。