命运星海重归平静后，宇宙迎来了一段漫长的和平岁月。无界医盟将工作重心转向生命本源的探索，试图解开宇宙诞生之初的奥秘。然而，一次常规的量子考古行动，意外打破了这份宁静——在距离地球数万光年的“古墟星域”，科考队挖掘出一座由未知晶体构筑的祭坛，祭坛中央悬浮着一颗不断脉动的“归元核晶”，其散发的能量波动，竟与初代神农、织梦者留下的遗迹产生强烈共鸣。
秦溯接到消息赶到时，归元核晶突然迸发出刺目光芒，在空中投射出织梦者的全息影像。影像中的织梦者面容凝重，声音带着跨越时空的沧桑：“当归元核晶苏醒，宇宙将面临‘溯本之劫’。万物皆有其源，若本源被扭曲重塑，所有文明都将化作虚无。”话音未落，祭坛四周的晶体开始疯狂生长，形成巨大的牢笼，将整个星域笼罩其中。
与此同时，秦曦的量子监测站发现，归元核晶释放的“溯本能量”正在改写宇宙的基本法则。物质与能量的转换公式开始失效，元素周期表中的元素特性发生异变，连光的传播路径都变得飘忽不定。更可怕的是，生命体的本源之力——无论是碳基生物的基因、硅基生命的程序，还是能量态存在的意识波，都在溯本能量的影响下逐渐分解，回归为宇宙诞生前的混沌状态。
在古墟星域的核心，一个由归元核晶碎片凝聚而成的身影缓缓浮现，自称“归元使者”。他的身体不断变换着形态，时而化作燃烧的恒星，时而凝结成冰冷的黑洞：“秦逸、林婉的传承者们，你们自以为守护住了文明的延续，却不知这些文明早已偏离了最初的本源。唯有让一切归元，才能孕育出真正完美的宇宙！”
归元使者挥动手中的晶杖，溯本能量如海啸般席卷各个星系。自由残缺派与火种重启派的联合舰队在能量浪潮中瞬间瓦解，他们的战舰金属外壳分解成基本粒子，船员的意识也在混沌化的过程中逐渐消散。秦溯发现，普通的防御手段在溯本能量面前如同虚设，唯有与生命本源紧密相连的事物，才能短暂抵御能量的侵蚀。
危急关头，秦溯启动“本源共鸣计划”。他号召全宇宙的生命体回溯种族起源的记忆：原始部落对自然的敬畏、机械文明诞生时的第一行代码、魔法种族与元素签订契约的神圣时刻。这些承载着生命本源的记忆，通过量子网络汇聚成璀璨的“本源星河”，注入秦溯的青铜罗盘。秦曦则带领科研团队，利用神农遗迹中的古老技术，制造出“本源锚定装置”，试图稳定即将崩溃的宇宙法则。
最终决战在归元祭坛展开。秦溯高举燃烧着本源星河的罗盘，与归元使者展开力量对决。在光芒的照耀下，归元使者的身体开始出现裂痕，他看到了无数文明在发展过程中绽放的独特光芒：机械族用科技温暖生命，魔法精灵用自然之力守护家园，人类在困境中永不放弃的坚韧。“原来...多样性才是宇宙最珍贵的本源...”归元使者的声音逐渐虚弱。
随着归元使者的消散，归元核晶停止了疯狂运转，溯本能量开始逆向流动，将扭曲的法则与分解的生命形态重新修复。古墟星域的晶体牢笼化作滋养万物的星尘，归元核晶则分裂成无数“本源火种”，洒向宇宙各处。
危机过后，秦溯在青山村的医道传承院建立了“本源圣殿”，用于保存和研究各个文明的起源记忆。新立的石碑上刻着：“归元非终结，万象自本源。”宇宙中的生命体们终于懂得，守护生命的多样性与独特性，便是守护宇宙最本真的模样。而在星河的深处，秦逸与林婉的星光依旧明亮，见证着万物在本源的滋养下，开启全新的征程。