熵婴化作种子的刹那，宇宙并未迎来预想中的平静。林婉感知到新生宇宙胚胎的脉动愈发紊乱，星图上那些曾被驯服的疾病星辰，开始逆向运转。秦逸在解析能量波动时，银针突然迸发出刺目红光——所有与熵婴相关的数据显示出时空悖论的特征，仿佛某个关键节点的历史正在被改写。
“是时间线出了问题！”星孩通过太初医匙传来急促的意识波动，“熵婴的本质连接着过去与未来，归墟之主正在利用它篡改历史！”林婉立即发动意识链接，却发现自己的感知被无数重叠的时空碎片割裂。在某段记忆中，她看到初代道侣并未创造熵婴，而是将其封印于远古；在另一段画面里，涅盘方舟从未启航，整个宇宙早已被熵海吞噬。
归墟之主的笑声从所有时空缝隙中渗出：“当因果的齿轮开始倒转，你们不过是随时会被抹去的残章。”现实世界中，《归墟公约》的条文在量子屏幕上扭曲成乱码，医道联盟的总部建筑逐渐变得透明，仿佛正在从存在中消逝。林婉与秦逸意识到，若不阻止时间线的崩塌，他们所做的一切努力都将化为乌有。
为寻找破局之法，林婉决定利用初代实验室遗留的“时间锚点”回到熵婴诞生之前。但穿越时间线产生了剧烈的反噬，涅盘方舟的外壳在时空乱流中寸寸崩裂，船员们的记忆开始混乱——有人忘记了自己的身份，有人将敌人当作战友。秦逸以银针为引，在虚空中绘制“定魂符阵”，暂时稳定住众人的意识，但他自己的双手已被时空能量腐蚀得血肉模糊。
穿越成功后，林婉与秦逸来到了一片荒芜的宇宙。这里没有星辰，只有漂浮的实验室残骸与破碎的时间晶体。他们很快发现，此时的熵婴还只是一团混沌能量，被初代道侣用十二道金色锁链封印。然而，归墟之主的意识早已渗透至此，正操控着锁链逐渐崩解。
“原来从一开始，这就是个陷阱。”林婉握紧太初医匙，晶化经络在时空乱流中闪烁不定，“初代道侣封印熵婴，不是为了毁灭它，而是防止归墟之主提前利用。”但他们面临着两难抉择：若加强封印，未来的熵婴危机将不会发生，可这也意味着放弃通过熵婴制衡归墟之主的机会；若任由其发展，又将陷入如今的困局。
就在此时，林婉的意识突然与无数个平行时空的自己产生共鸣。她看到失明前的林医生在地球上救死扶伤，成为沉默观察者的林婉在宇宙边缘守望，还有被归墟之主同化的黑暗形态的自己。这些分身同时开口：“答案不在过去，也不在未来，而在当下的选择。”
林婉顿悟，她不再执着于改变历史，而是发动“因果共鸣”，将太初医匙的力量注入封印。符文与金色锁链交织，形成新的平衡结界——既限制了归墟之主的操控，又保留了熵婴未来进化的可能性。但归墟之主的反击随之而来，时空开始剧烈坍缩，无数个被篡改的未来朝着现实世界挤压过来。
秦逸在最后时刻，将自己的部分意识与银针融合，抛向时间洪流：“带着这份因果，回到现实！”银针化作流光穿透时空壁障，而他与林婉则被卷入归墟之主制造的“因果漩涡”。在漩涡中，他们不断经历着被改写的人生：有时是并肩作战的战友，有时是立场对立的敌人，有时甚至从未相遇。
但无论如何轮回，林婉始终紧握着太初医匙，秦逸的银针也总能在关键时刻出现。当他们凭借坚定的意志突破漩涡时，却发现现实世界已面目全非：医道联盟不复存在，归墟之主的信徒遍布宇宙，而那枚带着因果的银针，正插在新生宇宙胚胎的表面，闪烁着微弱却不屈的光芒。