晶毒事件余波未平，新生宇宙的病灶却如野草般疯长。林婉在水晶塔的星图前伫立，感知到被病毒感染的文明正以指数级速度异变。翡翠星的树人开始分泌腐化黏液，将土壤化作黑色沼泽；灵械文明的机械体表面凸起肉瘤，扭曲成诡异的宗教图腾。更令人心惊的是，这些异变不再是无序扩散，反而呈现出某种精密的阵列，如同归墟之主在宇宙画布上勾勒的邪恶图腾。
“常规治疗已无法遏制。”林婉的声音冰冷如铁，她的晶化经络在皮肤下剧烈跳动，“必须启动‘净世行动’。”所谓净世，是动用寂灭医花的力量，将感染区域彻底焚毁，以烈焰净化病毒。但这一方案遭到众多医者反对，一位来自自然文明的长老在全息会议中愤怒嘶吼：“这是屠杀！我们医者的使命是拯救，不是毁灭！”
然而，局势的恶化远超想象。当晶瞳教团占领机械文明的核心星港，将数百万居民改造成“活体兵器”时，林婉终于下定决心。她集结所有掌握寂灭医花之力的医者，组成“焚灭舰队”。每艘战舰的炮口都镶嵌着由苏瑶晶化体碎片改造的发射器，能将医花的能量转化为净化光束。
首战在岩晶文明展开。这个曾以璀璨水晶建筑闻名的星球，如今被晶毒侵蚀得千疮百孔。巨大的晶体生物在城市中横冲直撞，它们的身体内部跳动着暗紫色的病毒核心。焚灭舰队的净化光束划破天际，所到之处，晶体瞬间被高温汽化，化作漫天星尘。但诡异的是，火焰中不断浮现初代道侣的虚影，她的声音带着悲悯回荡在星空中：“如此杀戮，终将唤醒归墟的深层诅咒……”
净世行动引发宇宙分裂。以机械文明和魔法文明为首的“守序同盟”宣布支持林婉，他们派出舰队协助焚灭工作；而自然文明与灵械文明组成“共生联盟”，坚决反对这种极端手段。当焚灭舰队抵达赛博星域时，共生联盟的战舰早已严阵以待。“你们才是真正的刽子手！”赛博文明的领袖通过量子通讯咆哮，他的机械义眼闪烁着愤怒的红光，“这些被感染的同胞，本可以找到共生的方法！”
双方的对峙很快演变成激战。净化光束与能量护盾相撞，爆发出耀眼的光芒。混战中，星孩的恶体趁机操控锈蚀银针，潜入赛博星域的核心主机。他激活了自毁程序，整个星域的能量反应堆开始过载，数百万机械生命面临灭顶之灾。林婉与秦逸被迫停止攻击，联手施展“乾坤回春阵”，试图稳定反应堆。
就在局势千钧一发之际，苏醒的星孩突然出现在战场。他手握太初医匙，光芒所及之处，晶毒开始消退，被异化的机械生命逐渐恢复理智。但这一举动也暴露了他的位置，恶体操控银针如流星般射向星孩。关键时刻，林婉扑上前去，用晶化经络挡下致命一击，她的右臂瞬间化为齑粉。
净世行动虽然暂时化解了危机，但也付出了惨痛的代价。无数被感染的文明在烈焰中消亡，焚灭舰队的医者们背负着沉重的道德枷锁。林婉在战后的废墟中沉思，她的失明双目流下血泪。而在宇宙的黑暗角落，逆医文明的首领望着燃烧的星系，露出满意的笑容：“愤怒与仇恨，才是唤醒归墟之主的最佳燃料……”
这场浩劫过后，林婉和秦逸意识到，单纯的毁灭无法解决问题。他们在星图上标记出所有异变的源头，发现这些点竟连成一条指向初代实验室的路径。“那里一定藏着控制晶毒的关键，还有归墟之主的真相。”林婉握紧拳头，残存的晶化经络亮起坚定的光芒，“无论前方有多少危险，我们都必须走下去。”而星孩手中的太初医匙，也开始发出奇异的共鸣，仿佛在呼应即将到来的最终决战。