逆命之树的疯狂生长将星系搅得天翻地覆，而更可怕的危机正在时间维度悄然蔓延。星孩善体驱散共生体时引发的能量波动，意外唤醒了初代实验室深处的“时间锈蚀装置”。林婉突然感到一阵强烈的眩晕，失明的双眼中，金色微光开始扭曲——她“看”到无数时间线正在崩解，被熵菌感染的文明历史如锈蚀的金属般剥落。
“秦逸！时间线出现异常！”林婉的意识体剧烈震颤，典籍自动翻开至残缺的“溯时篇”，但书页上的文字正在迅速氧化变黑。舰桥的警报声尖锐刺耳，仪表盘显示多个文明的科技树出现逆向生长：星际战舰退化为木质帆船，量子计算机变回算盘，甚至连医疗技术都倒退回巫医祭祀的原始形态。
秦逸的银纹在操作台疯狂游走，观测者之力构建的时间锚点刚成型就被腐蚀：“是熵菌污染了时间长河！它们在篡改历史，让文明主动向熵寂力量‘朝圣’！”他的声音带着惊恐，银纹上出现斑驳的锈迹，“这些锈痕...和初代实验室的禁忌文献记载的‘因果锈蚀’完全一致！”
医疗舰队试图通过时空跳跃修复历史，却发现所有跃迁坐标都被暗紫色的时间锈迹覆盖。更糟的是，被锈蚀的时间线开始反噬现实——舰队的武器系统出现故障，激光炮发射出的竟是燃烧的箭矢；治愈光束接触伤员时，伤口反而长出诡异的青铜锈。一名船员绝望地喊出：“我们的未来...正在被过去吞噬！”
林婉强撑着意识，驱动典籍释放“溯光”之力。金芒如同一把利刃，试图划开锈蚀的时间屏障，但每前进一步，典籍的书页就剥落一层。在时间乱流中，她与秦逸看到了令人毛骨悚然的画面：某个文明的医疗史被篡改成“疾病崇拜”，医者不再治病救人，反而将患者献祭给巨大的熵菌图腾；另一个星系的科技发展停滞在蒸汽时代，因为所有发明创造都会在诞生瞬间被锈迹腐蚀。
关键时刻，秦逸在时间碎片中发现了初代道侣的锈蚀银针。这枚蕴含着熵能的古老器械，竟能短暂中和时间锈痕。但每使用一次，银针的腐蚀就加深一分。“用银针开辟时间通道，我们必须回到过去阻止熵菌污染的源头！”秦逸将银纹与银针绑定，观测者之力强行撕开一道不稳定的时空裂缝。
两人穿越回熵菌爆发初期，却发现历史早已被篡改。初代实验室的研究员们不再是追求真理的学者，而是狂热的熵寂信徒。他们将熵菌注入时间长河的举动，竟是为了“修正”宇宙中“过度进化”的错误。林婉试图用典籍唤醒他们的良知，却遭到研究员们的攻击——他们的身体同样布满时间锈痕，早已沦为历史篡改的傀儡。
战斗中，秦逸发现实验室核心的“时间锻造机”正在不断复制锈蚀模板。只要摧毁这台机器，或许就能终止时间污染。但当他们接近目标时，星孩恶体的身影突然出现在时间乱流中。他的手中握着半块刻满悖论的怀表，怀表指针逆向飞转，每转动一圈，现实世界的时间锈蚀就加剧一分。
“你们以为能对抗时间的意志？”恶体的声音混着齿轮摩擦的轰鸣，“当文明在历史的锈迹中腐烂，熵寂才是唯一的救赎！”他挥动手表，无数锈蚀的时间线化作锁链，缠住林婉与秦逸。典籍的金芒与银纹的光辉在锁链的侵蚀下逐渐黯淡，而在现实世界，逆命之树的熵化进程因为时间混乱而愈发失控。
千钧一发之际，林婉突然想起典籍中记载的“同频共振”之法。她与秦逸将自身的医疗信念注入锈蚀银针，银针爆发出耀眼的光芒。光芒所到之处，时间锈痕开始崩解，被篡改的历史片段重新拼凑。但银针也在此时彻底碎裂，化作飞灰消散在时间长河中。
摧毁时间锻造机的瞬间，实验室开始崩塌。林婉与秦逸在时间乱流中挣扎，他们知道，虽然暂时阻止了时间锈蚀，但星孩恶体的阴谋远未结束。而在现实宇宙，逆命之树的命核已经熵化过半，初代道侣留下的最后警告即将成真......