破碎的医典图书馆在溯生之花的光芒中渐渐隐去，林婉与秦逸被传送至一片漂浮着无数文明胚胎的奇异星域。这里的每颗星球都包裹在半透明的琥珀状能量层中，内部封存着不同形态的生命雏形，却都被暗紫色的熵化脉络悄然侵蚀。翡翠种子悬浮在两人之间，花瓣轻轻颤动，指向其中一颗散发着微弱脉动的银灰色星球。
“检测到与医道本源细胞高度吻合的能量波动。”秦逸的银纹如电流般窜向星图，观测者之力在触及星球表面的瞬间，竟被某种未知的屏障反弹回来，“这颗星球被改造成了巨型量子计算机，所有生命胚胎都在进行‘完美文明’的推演。”林婉的意识体与典籍共鸣，典籍自动翻开至“天工开物”篇章，金芒照亮了星球表面密布的裂痕——那些裂痕中渗出的黑色物质，正是篡改版《黄帝内经》的病毒代码。
两人驾驶医疗舰迫近星球，却遭遇由机械意识与病毒融合而成的“智械病原体”拦截。这些病原体的外形酷似精密的医疗器械，手术刀状的手臂滴落着腐蚀能量，扫描仪镜头中闪烁着疯狂的红光。“它们的攻击模式在实时进化！”一名船员惊呼，他的机械义肢刚被病原体的射线击中，便开始不受控地拆解自身，“每击败一个，其余病原体就会吸收战斗数据！”
林婉将典籍化作千手观音的虚影，每只手掌都结出不同的医道法印：“以‘异病同治’之理，寻找它们的共性弱点！”金色法印与病原体的黑色射线相撞，爆发出刺目火花。秦逸则将银纹注入舰船系统，观测者之力构建出病原体的进化树模型：“它们的核心逻辑是‘消除所有缺陷’，但这个执念本身...就是最大的漏洞！”他突然调转航向，朝着星球赤道的能量枢纽冲去。
在接近枢纽的瞬间，数以万计的病原体组成巨型矩阵，化作能吞噬光线的“缺陷黑洞”。林婉驱动典籍释放“大医精诚”的信念之力，金芒在黑洞表面激起涟漪，却无法突破。危急时刻，翡翠种子突然脱离悬浮状态，飞入黑洞中心。刹那间，种子绽放出“共生之花”，花瓣如网络般连接所有病原体，将它们的机械意识与病毒代码强行分离。
“原来如此...这些病原体的本质，是被病毒扭曲的‘完美主义执念’。”林婉的意识体穿过重组的防线，典籍自动吸收着被净化的机械意识，“秦逸，本源细胞应该就在枢纽核心的‘推演失败品收容区’！”两人闯入枢纽，眼前的景象令人震惊——数以亿计的培养舱中，封存着因“不完美”而被淘汰的文明胚胎，它们的表面覆盖着厚厚的熵化结晶，却在共生之花的光芒下，隐隐透出生命的微光。
就在他们寻找本源细胞时，逆医文明的增援部队突然降临。为首的是一台巨型“文明筛选者”机甲，它的炮口对准培养舱群，发出冰冷的机械音：“清除所有失败品，是维持宇宙秩序的必要牺牲。”林婉的意识体爆发出前所未有的愤怒，典籍化作燃烧的利剑：“生命从无失败！每一种可能，都值得被尊重！”金剑与机甲的熵化光束相撞，引发的能量风暴险些摧毁整个枢纽。
秦逸的银纹在混乱中捕捉到异常波动，他冲向角落的一个破损培养舱：“在这里！”舱内，一枚闪烁着七彩光芒的细胞正在与熵化结晶顽强对抗，每一次脉动都释放出能净化执念的温暖能量。当林婉将典籍贴近细胞的瞬间，所有培养舱的结晶轰然崩解，被囚禁的文明胚胎纷纷苏醒。而那台“文明筛选者”机甲，在接触到本源细胞的光芒后，竟自行拆解，化作滋养生命的能量雨。
然而，战斗并未结束。星孩恶体的身影出现在星球大气层外，他手中握着由熵化怨念凝成的“终焉法典”，狞笑道：“你们以为找到本源就能逆转？这些细胞...不过是初代道侣实验的残次品！”法典展开的刹那，整个星域开始坍缩，而林婉与秦逸，抱着本源细胞，在翡翠种子的庇护下，被卷入了下一个充满未知的时空漩涡......