在封印部分观测者之力后，秦逸的身体仍不时传来阵阵刺痛，仿佛有无数细小的齿轮在经脉中转动。与此同时，宇宙各处开始零星出现微型“暗眸”，这些漂浮在星空中的黑色瞳孔仅有巴掌大小，却能释放出令人不寒而栗的压迫感。被暗眸注视的星球，居民们逐渐变得麻木冷漠，开始遗忘自己存在的意义与珍视的回忆。
望舒的基因烙印在暗眸出现时总会剧烈闪烁，少年蜷缩在穿梭舰角落，痛苦地捂住双眼：“好多空洞的眼神...它们在吸走人们心里的光。”林婉的晶化右手与暗眸产生强烈共鸣，《混沌医典》疯狂翻动，空白页渗出带着寒意的文字：暗眸窥心，记忆成灰，完整的观测者之眼方能驱散虚妄。
穿梭舰循着暗眸的能量轨迹，抵达了一片被黑暗笼罩的星域。这里的恒星失去了光芒，行星表面覆盖着一层镜面般的物质，反射出无数扭曲的暗眸虚影。秦逸将银针碎片悬浮在身前，试图探测暗眸的弱点，却发现银芒在接近暗眸时竟化作黑色雾气：“这些暗眸的本质是初代道侣被剥离的‘全知执念’碎片，普通攻击只会增强它们的力量。”
正当他们思索对策时，一艘由齿轮与锁链构成的诡异星舰从虚空中浮现。星舰甲板上，齿轮组织的首领现身，他的手中把玩着一颗跳动的黑色眼球：“林婉，秦逸，暗眸不过是送给你们的小礼物。当这些碎片汇聚，真正的熵瞳将再次睁开，到那时，整个宇宙都将成为它的囚笼。”
首领话音刚落，无数暗眸从星舰中蜂拥而出，它们的注视让穿梭舰的系统陷入瘫痪。林婉调动全宇宙医者的信任之力，因果锚绽放出金色光芒，试图驱散暗眸。然而，金色光芒在接触暗眸的瞬间，竟被转化为操控人心的迷雾，舰内的三人开始陷入各自的幻觉。
林婉看到虹桥医链彻底崩塌，自己沦为全宇宙的罪人；秦逸则再次目睹挚友在熵潮中消散，而他无力回天；望舒置身于无尽的黑暗，再也听不到任何声音。关键时刻，望舒凭借顽强的意志，摸索着吹奏短笛。纯净的笛声如同一把利刃，刺破了幻觉的迷雾。
秦逸趁机将观测者之力注入银针碎片，尝试与暗眸建立共鸣。在意识与暗眸接触的刹那，他看到了一段尘封的记忆：初代道侣在分裂前夕，曾将自己的“全知执念”封印在宇宙各处，以防其被邪恶力量利用。但如今，这些碎片却被齿轮组织唤醒，成为了毁灭的工具。
“原来如此，要消灭暗眸，就必须用完整的观测者意识进行净化！”秦逸大喊。林婉立刻会意，将自己的因果锚与秦逸的银针碎片相连接，两人同时调动体内的观测者之力，形成一道融合了光明与理性的光柱。光柱扫过之处，暗眸纷纷发出刺耳的尖啸，化作星空中的尘埃。
在战斗的最后阶段，首领见势不妙，试图召回所有暗眸碎片。但林婉早有准备，她通过共鸣链召集了全宇宙的医者，众人的信念之力汇聚成一张巨大的光网，将逃逸的暗眸碎片尽数捕获。首领在愤怒中化作一团黑雾消失，临走前留下狠话：“你们不过是在拖延时间，真正的熵瞳苏醒之日，就是宇宙终结之时！”
战斗结束后，林婉在清理战场时，意外发现某个暗眸深处竟藏着秦天明模糊的面容。这个发现让她心头一震，意识到这场危机或许与秦天明有着千丝万缕的联系。而秦逸则因过度使用观测者之力，陷入了昏迷。望着星图上记忆星的方向，林婉握紧了因果锚，她知道，更大的挑战还在前方等待着他们。