星核恢复平静后，宇宙并未迎来真正的安宁。陆辰等人的飞船在返程途中，警报声突然刺耳地响起。周明轩的机械义眼闪过刺目的红光，手指在操作台疯狂敲击：“检测到全宇宙通缉令，目标 —— 持有盘古石板者！” 全息投影上，陆辰的面容被标红，旁边印着 “基因法则破坏者” 的字样，而发布通缉令的，竟是宇宙守护者联盟。
“这不可能！” 苏晴的青铜吊坠剧烈震颤，投影出的古老符文扭曲成混乱的线条，“白衣守护者明明和我们并肩作战，为什么突然...” 话未说完，通讯频道自动接入一段加密影像。画面中，白衣守护者身披残破战甲，眼神却透着冰冷与决绝：“宇宙公民们，持有盘古石板之人已被熵蚀者力量污染，他的存在将导致星核再次失控。为维护宇宙秩序，必须将其缉拿。”
陆辰握紧盘古石板，图腾在他后颈灼烧：“他们在说谎！星核是被我们唤醒的，怎么会...” 林小羽的银镯突然浮现出血色纹路，镯面投影出守护者联盟的基地内，一群神秘人正与白衣守护者交谈，他们的身上散发着与黑色面具男子相似的气息。“银镯看到了真相，” 她声音发颤，“联盟高层被暗影议会渗透了！”
此时，飞船的雷达显示，数十艘标有守护者联盟标志的战舰正呈包围之势逼近。这些战舰的武器系统已经充能完毕，炮口闪烁着致命的紫光。周明轩迅速启动隐形模式，额头青筋暴起：“他们升级了追踪系统，我们撑不了多久！” 苏晴将青铜吊坠转化为干扰器，试图扰乱敌方的锁定信号，但收效甚微。
危急时刻，陆辰的脑海中突然响起银色面具人的意识残片：“去... 基因仲裁者的遗迹... 那里有能对抗他们的密钥...” 声音消散的同时，盘古石板表面浮现出一道从未见过的星图，标记着一个位于银河系悬臂边缘的古老星域。陆辰当机立断，驾驶飞船冲向折叠空间通道。
抵达遗迹星域时，众人被眼前的景象震撼。这里漂浮着数以万计的基因水晶，每个水晶中都封存着远古文明的记忆。水晶群中央，一座金字塔形的建筑散发着柔和的蓝光，建筑表面雕刻着与盘古石板同源的纹路。但还没等他们靠近，地面突然裂开，数十个机械守卫破土而出，这些守卫的外形酷似银色面具人的机械形态，手中的武器闪烁着冷冽的光芒。
“这些守卫的基因锁与石板共鸣，” 苏晴分析道，“陆辰，试试用石板开启它们的防御系统。” 陆辰将盘古石板按在地面，金色光芒如涟漪般扩散。奇迹发生了，机械守卫停止攻击，自动排列成一条通往金字塔的道路。当他们走进建筑内部，一个巨大的基因密钥悬浮在空中，密钥表面流转着宇宙星辰的图案。
就在陆辰伸手触碰密钥的瞬间，整个遗迹开始剧烈震动。外界传来通讯请求，竟是白衣守护者亲自打来。画面中的他眼神复杂：“你们果然找到了密钥。但你们不明白，暗影议会的阴谋比你们想象的更深。持有密钥者，将成为‘宇宙平衡’的祭品。” 话音未落，建筑外传来战舰的轰鸣声，守护者联盟的舰队包围了遗迹。
林小羽的银镯突然投射出一段记忆：在遥远的过去，基因仲裁者为了维持宇宙平衡，制造了三把密钥。当宇宙面临毁灭危机时，必须有一人自愿融合密钥，成为新的星核守护者。但暗影议会篡改了规则，他们想要利用密钥控制星核，将宇宙变成他们的傀儡。
“原来如此，” 陆辰握紧密钥，“他们想要我死，不是因为我破坏秩序，而是怕我揭露真相。” 他将密钥与盘古石板结合，顿时，一股强大的能量从他体内爆发。金色光芒中，他看到了未来的无数种可能 —— 有的宇宙在暗影议会的统治下沦为死寂之地，有的则因新的星核守护者诞生而重获生机。
就在这时，守护者联盟的战舰发动了攻击。紫色的能量光束如雨点般落下，陆辰举起融合后的石板与密钥，金色光芒与紫色光束相撞，爆发出耀眼的光芒。在光芒的掩护下，他做出了一个决定：“我不会让他们得逞。我要成为新的星核守护者，彻底终结这场阴谋。” 但他知道，这条路布满荆棘，而暗影议会的真正王牌，或许还未登场...