暗渊星域的危机平息后，宇宙迎来了短暂的宁静。破碎的星带重新聚合，被寄生体侵蚀的星球上，嫩芽从焦土中钻出，昭示着生命的顽强。银河守望者联盟在废墟上建立了“黎明纪念碑”，镌刻着每一位在战斗中牺牲者的名字，来自不同文明的访客都会在此驻足，献上象征希望的光焰。
然而，和平的表象下暗流涌动。阿雷克斯的机械联邦在清理战场时，意外发现了神秘存在遗留的“熵核碎片”。这些碎片表面流转着诡异的暗紫色纹路，即使被密封在特制容器中，仍持续散发着腐蚀能量。更令人不安的是，分析结果显示，碎片中包含着超越当前宇宙认知的技术图谱——某种能够扭曲因果律的装置设计图。
与此同时，莱娅在灵羽族圣树中察觉到异常。新生的圣树根系深处，埋藏着一段被加密的记忆片段，画面中闪过十二工匠的身影，他们似乎在与一个笼罩在黑雾中的存在进行交易。“这不可能...”莱娅看着记忆投影，瞳孔剧烈收缩，“终焉核心或许不是考验，而是一场更大阴谋的引子。”
在普通文明的星球上，一些诡异事件开始频发。某颗农业星球的作物突然逆向生长，从成熟的果实退化为种子，最后化作灰烬；科技发达的赛博星球，智能系统集体陷入自我否定的逻辑循环，城市陷入瘫痪。这些事件看似毫无关联，却都伴随着微弱的暗物质波动，与暗渊星域的危机如出一辙。
苏尘与洛瑶的意志再次凝聚，这次显现在一个名为伊文的少年身上。伊文本是银河学院的普通学生，却在某天突然能看见漂浮在空气中的“命运丝线”。这些丝线连接着宇宙各处，其中一些正被染成不祥的黑色。他循着丝线的指引，来到一座废弃的星际遗迹，在那里发现了刻满未知符文的石碑，符文闪烁的频率，竟与熵核碎片的波动完全一致。
银河守望者联盟紧急召开秘密会议。阿雷克斯展示了熵核碎片的分析报告，莱娅公开了圣树中的记忆片段，而伊文则用特殊能力重现了命运丝线的变化。“我们以为战胜了危机，实则只是掀开了冰山一角。”薇尔莉特调出宇宙星图，上面数以百计的红点标记着异常事件发生地，连成的线条竟勾勒出一个巨大的、类似祭坛的图案。
会议决定成立“真相探寻者”特别小组，由阿雷克斯、莱娅、薇尔莉特和伊文共同带队。他们的首要目标，是追寻十二工匠的踪迹，解开圣树记忆中黑雾存在的秘密。临行前，伊文握着苏尘与洛瑶意志凝聚的护身符，感受到一股温暖的力量涌入体内：“这一次，我们要主动出击。”
而在宇宙边缘的某个未知维度，十二工匠的实体静静伫立在一座布满齿轮的殿堂中。他们面前的水晶球里，映照着“真相探寻者”小组的行动轨迹。其中一位工匠转动手中的权杖，齿轮殿堂发出轰鸣，虚空中浮现出更多黑雾笼罩的身影：“游戏，才刚刚开始。”