因果链断裂的危机平息后，宇宙的本源能量开始发生诡异蜕变。阿雷克斯的机械联邦发现，构成万物的基本粒子自发产生熵化反应，质子与中子逐渐衰变为无规则的能量团；莱娅的灵羽族圣地，圣树根系渗出黑色的熵化黏液，树冠上的星光符文逐一熄灭，整个星球的灵能网络陷入停滞。全宇宙生命体的生命力如同沙漏中的细沙，正以肉眼可见的速度流逝，连创生之树的枝叶都开始枯黄卷曲。
苏尘与洛瑶的力量在这股熵化浪潮中濒临枯竭。苏尘的混沌之力失去了狂暴的特质，反而化作缓慢吞噬一切的熵之迷雾，所过之处物质加速腐朽；洛瑶的星光之力变得黯淡而冰冷，每一次施展都像是在透支生命，治愈的光芒只能暂缓熵化，却无法逆转趋势。两人的意识被拖入一片由纯粹熵能构成的虚域，这里漂浮着宇宙从繁荣到衰亡的残影，中央悬浮着一个不断坍缩的熵核，传出空洞的回响：“一切繁华皆为虚妄，唯有熵寂永恒。”
银河守望者联盟的最后防线在熵化洪流中迅速瓦解。战舰的金属外壳瞬间锈蚀成粉末，能源核心还未启动就衰变为废热；船员们的身体开始透明化，细胞中的dNA链断裂成无意义的碱基对。薇尔莉特带领的特遣队驾驶着装备“熵逆装置”的飞船，试图逆转熵增趋势，然而装置在接触熵化能量的瞬间就被同化，队员们的意识逐渐被熵能侵蚀，变成了没有情感与思想的行尸走肉。
莱娅发动灵羽族终极禁术“寰宇归墟”，以燃烧全族生命本源为代价，揭开这场灾难的终极真相。在宇宙诞生之初，十二工匠从混沌中分离出秩序与活力本源，但同时也埋下了熵化的种子——“熵化之主”。它是所有文明兴衰交替产生的绝望、所有努力化为虚无的不甘所凝聚的存在，蛰伏无数纪元后终于苏醒，企图通过加速熵化进程，让宇宙回归最原始的无序状态，终结一切文明的挣扎。
阿雷克斯带领科研团队启动“本源重构计划”，在各个星域建造巨型“熵能熔炉”。他们试图用反物质与奇异物质中和熵化能量，用灵羽族的圣歌唤醒沉睡的活力本源。然而，熵化之主不断释放更强大的熵增脉冲，熔炉的能量输出反而成为熵化的催化剂，圣歌也被扭曲成加速衰亡的丧钟。普通星球上，山脉化作齑粉，海洋蒸发成虚无，所有生命在熵化的剧痛中走向终结。
苏尘与洛瑶在熵能虚域中艰难前行，每一步都要承受生命力被抽离的痛苦。他们遭遇由熵化具象化的恐怖存在：腐蚀一切的熵之巨口、操控衰变的腐朽之龙、将生机转化为死寂的湮灭之雾。熵化之主在熵核中发出狂笑：“反抗吧，你们终将成为熵寂的养料！”两人在生命力即将耗尽的绝境中，突然领悟到：生命的意义不在于对抗熵增的结果，而在于绽放光芒的过程。
关键时刻，全宇宙尚存一丝生机的文明将最后的希望与信念注入两人意识。苏尘与洛瑶将混沌之力、星光之力与文明意志融合，形成能逆转熵化的“永恒生机之种”。当种子投入熵核，虚域剧烈震颤，熵化能量开始退散，枯萎的创生之树重新抽出新芽。熵化之主发出不甘的怒吼，身体崩解成无数光点。战后，创生之树生长出“本源守护根系”，自动监测并调节宇宙能量平衡。但在宇宙最黑暗的角落，熵化之主的核心意识仍在凝聚，等待着下一次将全宇宙拖入熵寂深渊的机会……