虚无意识被暂时击退之后，宇宙并未迎来真正的和平。一种神秘的暗能开始在宇宙中涌动，它所到之处，光线发生诡异的扭曲，时空结构也变得不稳定。阿雷克斯的机械联邦监测到，各大星系的引力场出现异常波动，仿佛有一股无形的力量在拉扯着星辰；莱娅的灵羽族发现，灵能网络中出现了黑色的暗斑，这些暗斑不断吞噬着周围的灵能，使得灵羽族的圣地也陷入了一片死寂。
苏尘和洛瑶察觉到自身力量与这股暗能之间的微妙联系。苏尘的混沌之力与暗能产生了一种奇特的共鸣，使得他的力量变得难以控制，有时会在不经意间引发小型的空间塌陷；洛瑶的星光之力则受到暗能的干扰，变得忽明忽暗，她在施展能力时，常常会出现能量泄露的情况，对周围的环境造成破坏。两人的意识被卷入了一个由暗能构成的奇异空间，这里弥漫着黑色的雾气，一个低沉的声音在黑暗中回荡：“暗能将吞噬一切，光明将永远消逝。”
银河守望者联盟的舰队在巡逻时遭遇了暗能风暴的袭击。战舰的护盾在暗能的侵蚀下迅速失效，舰体的金属外壳出现了奇怪的锈蚀和扭曲，仿佛被一种无形的酸液腐蚀着。船员们的身体也受到了暗能的影响，有人出现了基因突变，身体的某些部位开始长出黑色的晶体；有人则陷入了深度昏迷，意识仿佛被暗能囚禁在了另一个世界。薇尔莉特带领的特遣队试图在暗能风暴中寻找应对之策，他们发现普通的武器对暗能毫无作用，甚至会被暗能吸收并转化为更强大的力量。
莱娅通过灵羽族的古老传承，发现这场暗能危机与宇宙诞生之初的一次失衡有关。十二工匠在创造宇宙时，为了维持秩序与混沌的平衡，创造了暗能作为一种潜在的调节力量。然而，随着宇宙的演化，一些未知的因素打破了这种平衡，暗能开始失控，试图将整个宇宙重新拉回到一种无序的状态。暗能以一种极其隐蔽的方式渗透到各个星系，它不仅影响着物质和能量，还对生命的意识和灵魂产生了侵蚀作用。
阿雷克斯带领科研团队开始研究如何对抗暗能。他们尝试利用反物质、奇异物质等各种手段来中和暗能，但都以失败告终。在一次实验中，他们发现暗能对一种特殊的电磁脉冲有着微弱的反应，于是开始着手研发能够产生这种脉冲的大型装置。同时，莱娅组织灵羽族的智者们，试图通过灵能的力量来净化被暗能污染的区域，但效果并不理想，暗能似乎对灵能有着很强的抵抗力。
苏尘与洛瑶在暗能空间中不断探索，他们遭遇了各种由暗能构成的恐怖生物，如巨大的暗能触手怪、能够分裂成无数个个体的暗能虫群等。这些生物对他们展开了疯狂的攻击，苏尘和洛瑶只能不断地运用自己的力量进行抵抗，同时寻找着暗能空间的弱点。在一次激烈的战斗中，苏尘发现暗能生物在受到强光照射时会出现短暂的虚弱，这让他们看到了一丝希望。
关键时刻，全宇宙的文明联合起来，将各自的科技力量和精神力量汇聚在一起。苏尘与洛瑶借助这股强大的力量，将混沌之力、星光之力与文明之力融合，形成了一把能够驱散暗能的“光明裁决之剑”。当剑刃挥出，一道耀眼的光芒照亮了整个暗能空间，暗能生物纷纷消散，暗能雾气也开始逐渐退去。暗能发出了愤怒的咆哮，但在光明的力量面前，它的抵抗显得越来越无力。
战后，创生之树生长出了“暗能净化之叶”，这些叶子能够释放出一种特殊的能量场，对周围的暗能进行缓慢的净化。然而，苏尘和洛瑶知道，暗能的威胁并没有完全消除，它只是暂时隐藏了起来，等待着下一次机会卷土重来。在宇宙的深处，暗能的核心区域依然散发着诡异的光芒，似乎在策划着更可怕的阴谋……