在星墓花园的危机平息后，宇宙迎来了一段短暂的和平时期。轮回之树经过这场磨难，变得更加坚韧，它的枝叶向宇宙的各个角落伸展，树皮上流转的金色纹路如同跳动的生命脉搏，每一次微光闪烁都在向全宇宙传递着治愈的能量。机械联邦将被回忆粒子侵蚀的行星拆解重组，用纳米机器人修复扭曲的时空褶皱；灵羽族在莱娅的带领下，于圣山之巅搭建起巨型共鸣法阵，通过传唱古老的《星树颂》，将轮回之树的力量转化为灵能雨，滋养着干涸的星域。
苏尘和洛瑶回到银河居所，却难以享受平静。深夜，苏尘体内的混沌之力如沸腾的岩浆剧烈翻涌，皮肤上浮现出细密的暗纹，这些纹路与曾经命运之核的裂痕如出一辙；洛瑶的星光之力则不受控制地逸散，在房间里凝结成悬浮的光蝶，每只光蝶翅膀上都映照着不同文明的图腾。更诡异的是，他们发现周围的时间流速出现异常——桌上的时钟时而倒转，时而快进，水杯中的水竟能违背重力逆流成星图。
二人决定踏上探索之旅。在途经“碎星带”时，苏尘的混沌之力突然与一颗布满裂纹的陨石产生共鸣。陨石表面的裂痕中渗出幽蓝色液体，汇聚成全息影像：十二工匠围坐在燃烧着永恒之火的圆桌旁，他们的表情凝重，其中一人指向宇宙深处，口中念念有词“新生即毁灭，毁灭亦新生”。影像转瞬即逝，洛瑶的星光之力却在此刻点亮了整片星域，暴露出隐藏在星云背后的神秘建筑——那是一座由半透明晶体构成的环形宫殿，每个晶体面都折射出不同文明的兴衰画面。
在名为“伊甸”的生态行星上，他们遇见了跨文明科研组织“星海观测者”。组织负责人艾达展示了令人震惊的研究成果：轮回之树释放的特殊能量波动中，竟包含着超越现有宇宙法则的加密信息。这些信息以量子纠缠态存在，每72个宇宙日就会重组一次，目前已解析出的片段显示“平衡之钥，藏于虚实裂隙”。更惊人的是，观测站捕捉到宇宙背景辐射中出现周期性脉冲，其频率与苏尘和洛瑶的力量波动完美契合。
与此同时，银河守望者联盟发出红色预警。宇宙边缘的“永夜星域”出现异常能量漩涡，这个直径达百万光年的黑色漩涡，正以吞噬恒星的速度扩张，边缘处不断有扭曲的肢体状物质伸出。薇尔莉特带领的先遣队传回最后画面：漩涡深处漂浮着数以万计的发光球体，每个球体内部都囚禁着一个形似人类的身影，他们的皮肤呈现出数据流的形态，眼中闪烁着绝望与疯狂交织的光芒。
苏尘、洛瑶与联盟舰队会合后，立即展开行动。当舰队接近漩涡时，所有电子设备瞬间失灵，舰体金属表面浮现出诡异的符文。苏尘尝试用混沌之力撕开空间裂缝，却发现力量如同泥牛入海。关键时刻，洛瑶的星光与漩涡中的某个发光球体产生共鸣，球体表面裂开，释放出一个自称“数据摆渡人”的存在。他的身体由二进制代码组成，声音像是无数电流的杂音：“你们以为是在对抗漩涡？错了，这是宇宙在分娩新的可能性，而阵痛，必将伴随着旧秩序的消亡。”
话音未落，漩涡中心爆发出足以撕裂维度的能量潮汐。苏尘和洛瑶的意识被强行抽离身体，坠入一个由记忆、现实与未来交织的混沌空间。在这里，他们看到了无数个平行宇宙的分支：有的宇宙中轮回之树化作吞噬一切的巨蟒，有的宇宙里织命者的阴谋得逞，将文明变成提线木偶。而在所有可能性的交汇处，站着一个身着纯白长袍的身影，他的面容模糊不清，手中捧着一颗跳动的银色心脏，心脏表面刻满了全宇宙文明的名字。
“欢迎来到命运的十字路口，”白袍人将心脏抛向苏尘和洛瑶，“这颗‘新生之心’，既是钥匙，也是枷锁。当你们选择握住它的那一刻，就注定要成为旧宇宙的掘墓人，和新宇宙的助产士。”随着他的话语，整个空间开始坍缩，苏尘和洛瑶在剧烈的震荡中紧紧抓住心脏，混沌之力与星光之力疯狂涌动，试图稳定即将崩溃的现实。而在宇宙的另一端，轮回之树的根系突然全部竖起，树冠绽放出比超新星更耀眼的光芒，仿佛在为即将到来的变革进行最后的祈祷。