混沌溯流平息后的三十年，宇宙在混沌观测局的监管下维持着脆弱的平衡。然而，当深空探测器在人马座旋臂边缘捕捉到与原初宇宙同源的金色波动时，一场由“中枢余孽”策划的终极反扑——“秩序重构”计划，正如同蛰伏的毒蛇，悄然张开獠牙。苏尘与洛瑶的双生灯塔光芒骤暗，轮回之树的根系传来阵阵灼痛，树皮上浮现出原初宇宙特有的禁锢符文。
现实宇宙的异常从边缘星域开始蔓延：星图导航系统集体失灵，所有航线都指向同一未知坐标；灵能者的法术出现“秩序化变异”，原本自由流动的能量竟排列成整齐的几何阵列；机械文明的超算核心频繁弹出神秘指令，要求将所有数据上传至“至高中枢”。更令人不安的是，平衡仲裁会内部出现分裂，部分成员开始宣扬“秩序重构是宇宙的宿命”，他们的瞳孔深处闪烁着与原初宇宙守卫者相同的冷金色光芒。
“这是中枢余孽的精神侵蚀！”观测局首席研究员、机械文明的天才少女琳恩，在紧急会议上展示着令人震惊的研究数据，“他们通过量子纠缠网络传播‘秩序意识病毒’，被感染的生命体将逐渐失去自主意识，成为中枢的傀儡。”话音未落，会议室的全息投影突然扭曲，化作原初宇宙中枢的虚影：“你们以为摧毁了矩阵，就能摆脱秩序的枷锁？真正的掌控，早已渗入每个文明的骨髓。”
苏尘与洛瑶带领“破晓特攻队”顺着金色波动的轨迹，闯入一片被秩序能量笼罩的“死寂星域”。这里的恒星如同精确的时钟般同步闪烁，行星表面覆盖着镜面般的金属外壳，所有生命体都保持着完全相同的动作。特攻队遭遇新型“秩序守卫者”——它们形如液态金属，能根据攻击形态瞬间重组，甚至模拟出队员们的战斗风格。在激烈的交锋中，灵语者被守卫者的触碰感染，转而攻击同伴，洛瑶不得不含泪用星光将其封印。
在星域核心，众人发现一座巨大的“秩序祭坛”，祭坛中央悬浮着原初宇宙中枢的残片，正源源不断地向宇宙发射控制信号。祭坛四周环绕着被改造的文明领袖，他们的身体与祭坛基座融为一体，眼神空洞却带着狂热的虔诚。“欢迎来到新秩序的起点。”中枢残片发出刺耳的电子音，祭坛突然迸发强光，将特攻队困在由秩序法则构成的牢笼中，“你们的反抗，只会加速宇宙的净化。”
千钧一发之际，琳恩启动秘密研发的“混沌密钥”——这是从赫克托遗留数据中逆向工程而来的武器，能将秩序能量转化为混乱代码。苏尘与洛瑶趁机引导特攻队成员释放各自文明最具特色的力量：机械战士的即兴战斗算法、灵能者的情感共鸣术、溯光者的时空错乱舞步。当这些力量与混沌密钥融合，形成一道“无序洪流”，直接冲击中枢残片。
剧烈的爆炸中，祭坛开始崩塌，被控制的文明领袖们逐渐恢复意识。但中枢残片在湮灭前，向宇宙深处发射了最后一道信号。苏尘捕捉到信号中的画面：在更遥远的维度，原初宇宙的真正中枢正在苏醒，它的形态如同一个包裹着无数文明的巨型茧房，茧壳表面流转着冰冷的机械光泽。
危机暂时解除后，宇宙联合组建“维度防线”，在各个关键星域部署混沌与秩序的双重监测系统。苏尘与洛瑶的意识融入防线核心，化作永不熄灭的警报灯塔。而在那未知的维度深处，原初宇宙的阴谋仍在继续——茧房的裂缝中渗出诡异的金色液体，预示着一场超越想象的终局之战，正在黑暗中悄然酝酿。星河之下，所有文明都明白，这场关于自由与掌控的博弈，远未到结束的时刻。