时光匆匆，如白驹过隙，转瞬之间，六年已然过去。这六年，对于木叶村而言，是一段充满了变革与冲突的艰难历程。
木叶元年，新生的木叶村看似一片祥和，实则暗流涌动。各大家族之间的不信任犹如一道鸿沟，横亘在村子的内部。千手一族与宇智波一族联合的强大威压，虽然将这些家族聚集在了一起，却无法消除忍族与忍族之间的血海深仇。
村子里这些年，忍族冲突和忍者暗杀事件频繁发生，鲜血时常染红街道。火影柱间整日忙得焦头烂额，为了平息这些纷争，他不惜放下忍者之神的身段，频繁地向各方说大义与仁爱，甚至把所有责任揽在自己的身上，向各方势力鞠躬致歉。然而，他的仁爱之心，换来的却只是短暂的和平，仇恨的种子依旧深埋在人们心中，只要冲突一起，照样流血牺牲。柱间只觉得心力交瘁。
宇智波斑看着柱间如此委曲求全，心中充满了愤怒和不解。他看着那些闹事的家族，恨不得将他们全部斩杀。斑开始怀疑，他们建立木叶村的初衷，真的能够实现吗？在这个充满杀戮和仇恨的世界里，真的能有和平的一天吗？
与此同时，火之国的边疆也陷入了危机。别国的忍者不断潜入，以执行任务为名，肆意挑起事端。斑常常带领队伍前往边疆，诛杀这些入侵者。每次回来，他都会向柱间建议，直接灭掉那些挑事的国家。但柱间总是坚决拒绝，他坚信木叶是爱好和平的，绝不能主动挑起战争。两人为此争论不休，矛盾也日益加深。
就在村子和边疆的问题愈发严重时，扉间提出了一个大胆的建议：让宇智波一族成立木叶警务部。宇智波一族的写轮眼拥有强大的洞察和拷问能力，能够让一切犯罪无所遁形。这个提议很快得到了通过，斑带领族人迅速建立了警务部。
从此，木叶的街道上到处都是宇智波上忍带领族人巡逻的身影。一旦有冲突发生，他们会迅速将相关人员逮捕，关进木叶监狱。对于反抗者，他们绝不留情，轻者打伤，重者当场处死。宇智波族人严格按照律法执行任务，不讲任何情面，一时间，整个村子的人都对他们心生畏惧。
各大家族开始约束自己的族人，平民们也变得更加忍让克制。那些隐藏在暗处的暗杀者，也一一被揪出，或被关押，或被斩杀。木叶村奇迹般地平静了下来，但火影的桌面上，却堆满了控告宇智波一族蛮横霸道的投诉信。
木叶二年，有了宇智波一族的镇压，木叶村内部暂时稳定下来。扉间开始将目光投向火之国国内的不稳定因素。他派出一队队忍者，对土匪窝进行清剿，对城市中的别国忍者进行筛查，将越界的忍者遣返回国。在扉间的努力下，火之国逐渐成为了最安全、最富饶的国家。
然而，村子里的各大忍族却开始自我封闭。族老们约束族人，不让他们外出与其他族交往，还用高高的围墙将族地圈起来。整个木叶村形成了一个个独立的势力板块，外族人很难进入。这种诡异的氛围，就像是一个缩小版的战国时代。
柱间和斑站在火影岩上，望着被分割成一块块的木叶村，心中感慨万千。柱间满脸疑惑地问道：“斑，村子怎么变成这样了？有什么办法能让大家接纳彼此呢？”斑脸色冷酷，毫不犹豫地回答：“把那些思想封闭的老家伙全砍了，老一辈积累的仇恨太深，根本无法化解。他们现在只是为了后代才隐忍，而且在他们的教导下，仇恨还会代代相传。”
柱间听后，无奈地摇了摇头：“斑，你的杀心太重了。战国一千年的历史告诉我们，杀戮换不来和平。只有相互理解、包容，才能化解仇恨。”斑冷笑着反驳：“柱间，你太天真了。仁爱换来的往往是算计和利用。只有让那些老家伙畏惧、恐惧，他们才会屈服，才会主动融入木叶村。”柱间愤怒地说：“斑，我绝不允许你对村子里的人动手。我们一定能找到更好的解决办法，再给我些时间。”斑冷冷地回应：“柱间，你会后悔的。你的仁慈，最终会伤害到你的亲人。”
木叶三年，柱间决定做出改变。他将千手一族所有忍术封印在一本秘籍里，作为木叶村在册忍者立功后的奖励，凭功勋兑换学习。同时，他要求各大家族打开族门，让五岁至十二岁的孩子进入忍者学校学习。扉间也积极响应，创办了木叶村忍者学校。从此，各大家族的孩子们在学校里共同学习、成长，彼此之间建立起了深厚的羁绊。此外，柱间还召集各大族族老开会，严禁他们在村子里传播家族仇恨，希望上一辈的恩怨不要延续到下一代。
木叶四年，柱间进一步推动忍族融合。他放开千手族36脉的族内婚嫁规定，允许族人外嫁和外娶，并要求其他族也效仿。在柱间的努力下，木叶各大忍族开始相互融合，村民之间的关系变得更加紧密。然而，宇智波族和日向族却依然坚持保持家族血脉的纯正，以更好地开启血继限界，对这一变革无动于衷。
木叶五年，柱间和斑联合发起了抓捕尾兽的行动。他们的行动震惊了整个忍界，木叶村成功抓捕了八只尾兽，只有一尾被沙忍村捕获。各国纷纷派遣使者来到木叶村，表达对尾兽被一国独有的不满。柱间认为，为了实现和平，应该将尾兽分发给各国，让各大国都拥有制衡的力量，从而避免战争。但斑和扉间坚决反对，他们认为尾兽太过强大，必须掌握在自己手中。然而，柱间以火影的名义，强行执行了分发尾兽的决定。
木叶六年，柱间在铁之国召开了首次多国会谈。在会议上，柱间以仁义谦卑的态度参与了这次多国会谈，他以低价出售了七只尾兽，只将九尾留在了木叶村。其中，三尾与六尾归水影村，二尾与八尾归雷影村，四尾与五尾归土影村，七尾归泷影村，一尾归沙影村。这次会谈确立了各大国在忍界的地位，但也引发了新的矛盾。斑对柱间分尾兽的策略和和平理念深感不满，最终，他带着九尾离开了木叶村。
木叶七年，斑骑着九尾，向柱间发起了挑战。这场在终结谷的大战，成为了忍界历史上的传奇。两人的战斗犹如仙人下凡，所施展的忍术毁天灭地，让整个忍界都见识到了强者的恐怖战力。最终，斑战死，柱间也神魂受创，命不久矣。柱间的妻子漩涡水户成为了第一代九尾人柱力，扉间接任火影之位。木叶村也迎来了新的篇章。