拿下滁州，朱元璋终于有了一块像样的根基之地。但他深知，这仅仅是开始。城头变幻大王旗，在这乱世之中，若不能将胜利转化为稳固的实力，今日之滁州，未必不是明日之定远。他召集文武核心，以李善长、冯国用等人为首，开始对滁州进行全面的整顿与建设，其举措之系统、目光之长远，远超一般草莽英雄。
滁州城内，人员庞杂，既有朱元璋起家的二十四将核心班底及其直属部队，也有原馿牌寨兵、新收编的各类流民武装、地主护院乃至部分投降的元军士卒。若不加以整合，终究是一盘散沙。
朱元璋与徐达、汤和等将领商议后，力排众议，决定推行彻底的“什伍制”整编。打破原有各部界限，以十人为一什，五什为一伍，设什长、伍长；之上设百户、千户，层层统属，号令清晰。他以绝对的权威，任命徐达、汤和、花云、郭英、吴良等最信得过的老兄弟分领各千户，牢牢掌握军权。那些原其他武装的头领，或给予虚职，或置于可信将领之下为副，彻底消除了军中的山头隐患。
同时，军纪被提升到前所未有的高度。朱元璋再次重申并完善了“不杀降、不扰民”的铁律，并增加了“缴获归公、公平分配”、“不得欺凌妇孺”、“损坏民物照价赔偿”等具体条款。他令郭兴的军纪队权力扩大，可随时巡查各营、乃至市井，凡有触犯，无论官职高低，一律严惩不贷。曾有一起士兵抢劫商贩的事件，涉事者虽为一名作战勇猛的什长，仍被当众斩首，全军肃然。此举不仅整肃了军纪，更让滁州百姓亲眼见证了这支军队与其他烧杀抢掠的部队截然不同，民心迅速归附。
整编与严纪之外，是日复一日的严格军事训练与仙阵操演。朱元璋深知，个体修为是基础，但军阵之力方能以弱胜强。他令徐达、冯国用等精通阵法的将领，依据士兵修为特点（多为真仙初期，将领为天仙至金仙），操练“锐金破甲阵”、“星火燎原阵”等基础战阵，强调气息勾连、仙元共鸣，务求在实战中能发挥出一加一大于二的威力，甚至能借助阵法，让整体战力短暂提升至金仙层次，以应对更强的敌人。
滁州乃人文荟萃之地，朱元璋深知“马上得天下，不能马上治之”的道理。他将在定远礼遇李善长的做法扩大到整个辖区。特意设立“礼贤馆”，广发招贤榜文，声明不同出身，但有一技之长，皆可前来，量才录用。
此举吸引了众多怀才不遇或观望时局的文人谋士。除原有的李善长、冯国用、冯胜外，又有名士朱升、叶兑等前来投奔。朱元璋皆亲自接见，待以上宾之礼，虚心求教。
在与朱升的深谈中，这位老成谋国的儒士，针对朱元璋势力初具规模但强敌环伺的现状，提出了更为精炼且极具战略眼光的九字方针：“高筑墙，广积粮，缓称王。”
朱升缓缓说道：“所谓‘高筑墙’，并非仅仅局限于建造坚固的城墙而已，它还包括了强大的军备和完善的防御工事。然而，更为重要的是内部的团结一致以及坚实稳定的根基。只有这样，才能真正抵御外界的攻击。”
接着，他又解释道：“至于‘广积粮’，这可是积聚力量的根本所在啊！无论是粮食、钱财还是各种物资，甚至连人口都需要不断地累积起来。只有拥有足够的资源储备，我们才能够应对未来可能出现的各种情况。”
最后，朱升强调说：“而其中最关键的一点，则是要做到‘缓称王’！现在正是各路英雄豪杰纷纷崛起的时候，如果谁先急着去称王称帝，那么必然会成为众人攻击的目标。所以，将军您应该暂时隐藏自己的锋芒，一方面可以避开元朝朝廷主力军的猛烈打击，另一方面也能让其他各方势力相互争斗、彼此消耗。如此一来，我们就可以在暗地里默默发展壮大，等待时机成熟再一举出击。这种策略无疑是蓄积实力、后发制人的王道啊！”元璋内心所想不谋而合，他当即拜朱升为重要谋士，并将这九字方针确立为未来很长一段时期的核心战略。李善长、冯国用等人则依据此战略，开始着手制定更详细的治理条例、赋税政策，朱元璋的队伍，其政治格局与战略远见，已远超同时代的许多竞争者。
有了滁州这块地盘，“广积粮”便从口号落到了实处。面对庞大的军队和不断涌入的流民，粮食压力巨大。朱元璋采纳谋士建议，大力推行“屯田制”。
他划分滁州周边无主荒地和部分官田，命各部军队在无战事时，轮流垦殖，且战且耕，军粮部分自给。同时，招募流民，分发土地、种子、农具，鼓励开荒，并承诺三年内赋税从轻甚至免除。马秀英也带领女眷，鼓励桑麻，发展纺织。
在整顿地方秩序上，他废除元朝部分苛捐杂税，订立相对合理的赋额，严厉打击趁乱劫掠的地痞流氓，恢复市集，保障商业流通。一时间，滁州境内秩序井然，逃亡在外的百姓逐渐回归，荒芜的土地重新焕发生机，境内呈现出难得的安定景象。
内部稳固之余，朱元璋并未忘记外部威胁与机遇。他以滁州为中心，派遣徐达、汤和等将，率领精干小队，如同触角般向外延伸，逐步清理和收服周边州县的元军残余据点及零散武装，将势力范围稳步扩大，但又严格控制节奏，避免过度刺激强大的邻居（如张士诚等）。
同时，他灵活运用外交策略，与北面的刘福通、东面的张士诚等主要义军势力保持联络，言辞谦恭，送去礼物，表明共同抗元的立场，暂时避免直接冲突，为自己赢得了宝贵的和平发展时间。
经此一番系统性的整顿与建设，朱元璋在滁州真正扎下了根。军队如臂使指，政令通行有序，仓廪逐渐充实，民心依附，贤才汇聚。一个以“高筑墙、广积粮、缓称王”为战略指导，军政一体、充满活力的割据政权已初具雏形。潜龙在渊，鳞爪已现，只待风云际会，便可一飞冲天。