武德九年六月初四（626 年 7 月 2 日），玄武门一场惊心动魄的政变刚刚落下帷幕，宿卫军和秦王府的兵马与东宫和齐王府的亲信之间的激战仍在如火如荼地进行着，喊杀声震天，鲜血染红了地面。尉迟恭满脸血污，浑身散发着肃杀之气，他手持长矛，大步流星地来到李渊所在的船上。此时的李渊，早已被这突如其来的变故吓得六神无主，战战兢兢地坐在船中。
尉迟恭单膝跪地，双手高举，呈上一道奏章，请求李渊颁布亲笔敕令，命令各军一律接受秦王的处置。虽说是请求，但此刻尉迟恭的气势却丝毫容不得李渊拒绝，其中实则带有武力胁迫的性质。李渊看着眼前这如恶狼般的尉迟恭，惊恐万分，心中明白自己此刻的皇位已然摇摇欲坠，若不顺从，恐怕自身都难保。在尉迟恭灼灼目光的逼视下，李渊最终还是听从了他的建议，颤颤巍巍地拿起笔，在奏章上盖下了传国玉玺。
天策府司马宇文士及从东上阁门走出，高声宣读敕令。那威严而坚定的声音在空气中回荡，如同一道圣旨，瞬间让混乱的局势安定下来。众人听到敕令后，原本还在对峙的双方士兵，纷纷停止了打斗，各自收起了兵器。那些原本还心怀侥幸、企图反抗的人，在这如山般的敕令面前，也不得不低下了头，接受了秦王的处置。
李渊又让黄门侍郎裴寂前往东宫，开导原李建成麾下的诸将士。裴寂来到东宫，看着这些满脸悲戚、不知所措的将士，心中也是感慨万千。他深知此刻他们的前途未卜，生死未卜，于是一番晓之以理、动之以情的话语脱口而出。将士们听后，深知大势已去，曾经的东宫辉煌不再，于是纷纷扔下兵器，弃职而散。曾经辉煌一时的东宫，在这一刻彻底沦为一片废墟。
李渊又召李世民前来。当李世民踏入船舱，看到父亲那憔悴而又充满复杂神情的样子，心中五味杂陈。他扑通一声跪了下来，伏在李渊的胸前，放声号啕大哭，泪水如决堤的洪水般涌出。他哭诉道：“父皇啊，儿臣实非无情之人，斩杀兄弟实非己愿，奈何他们真的在造反围攻玄武门啊！” 说到激动处，他的身体不停地颤抖，声音也愈发悲痛。李渊听后，心中亦是悲痛万分。他虽不清楚具体情况，但看着眼前这个平日里威风凛凛的二儿子，此刻也满脸泪痕，伤心欲绝，心中明白现在算是这个二儿子强势归来了。只是，一下子死了两个儿子，李渊的心中如同被刀割一般，痛不欲生。他只能黯然地对李世民说道：“事已至此，你料理好他们的后事吧！我已老了，以后要靠你来打理好这江山了！只望你不要像隋炀帝那样！”
随后，按照律法，李建成的儿子安陆王李承道、河东王李承德、武安王李承训、汝南王李承明、钜鹿王李承义，李元吉的儿子梁郡王李承业、渔阳王李承鸾、普安王李承奖、江夏王李承裕、义阳王李承度等人均伏诛，并除宗籍。一时之间，秦王府内腥风血雨，原本繁华的府邸此刻被一种压抑而又沉重的氛围所笼罩。
秦王府诸将领在胜利的喜悦与愤怒交织下，准备将李建成和李元吉的一百多名亲信全部诛杀，并将他们的家产没收官府。此时的秦王府，弥漫着一股浓烈的杀伐与掠夺的气息。
就在这时，李世积对李世民杀红了眼也有所不忍，他深知若将李建成与李元吉一派的亲信全部诛杀，必会留下恶名，不利于秦王日后治理天下。于是，他挺身而出，向李世民劝阻道：“罪孽都是两个元凶所犯，而他们已经伏诛了，倘若还要牵连他们的党羽，就不是谋求安定的做法了！以后您治理天下，还是需要那些人才的呀！” 李世民听后，仔细思索，便有所省悟。他意识到李世积所言极是，若此时大肆诛杀李建成与李元吉的亲信，极有可能引发更大的动荡与民怨。于是，李世民果断地命令诸将领停止了追杀。
当天，李渊颁布诏书赦天下，明确表示叛逆的罪名只加给李建成和李元吉二人，对其余的党羽，一概不加追究。僧人、尼姑和男女道士都应当依照原先颁布的诏令处理。国家的各项事务，都交由秦王处置。这道诏书犹如一颗定心丸，让原本惶恐不安的人心稍稍安定下来。
武德九年六月初五（626 年 7 月 3 日），冯立和谢叔方都自动出来负罪。他们深知自己的行为已经触犯了天威，也明白大势已去。薛万彻躲起来以后，李世民多次让人明示他，意思是只要他出来认罪，便不再追究其罪责。于是，薛万彻在权衡再三后，也无奈地走了出来。李世民看着眼前的这些人，感慨地说：“这些人都能够忠于自己所侍奉的人，是义士啊！便赦免了他们。” 他的这番话语，既展现了他的大度，也在一定程度上稳定了人心。
武德九年（626 年 7 月 10 日），李渊开始对政变功臣进行封赏。他任命政变功臣宇文士及为太子詹事，长孙无忌与杜如晦为左庶子，高士廉与房玄龄为右庶子，尉迟恭为左卫率，程咬金为右卫率，秦王府旧臣虞世南为中舍人，褚亮为舍人，姚思廉为太子冼马。在论及政变的功劳时，以长孙无忌和尉迟恭为第一，分别赐绢一万匹。李渊还特别嘉奖尉迟恭，慰劳他说：“爱卿对于国家来说有安定社稷的功劳。” 于是把齐王国司的金银布帛器物全部赏赐给了尉迟恭。
其实，这些都算是按李世民的意思办的了，其时的李渊，已经只能做做仪式而已。他深知自己此刻的皇位已经名存实亡，权力已被秦王李世民牢牢掌控。
李世积并没有受到加封。一则是李世民发动玄武门之变时，还真没有叫李世积回秦王府来参与。这也是李世民特意如此安排的。毕竟李世积得回到军营去掌控好外面的军队。如此，李世民只要在此事变中不死，逃出皇城，便还可以与李建成他们一搏。这就肯定少不得李世积的支持了！李世民真正的底蕴还是在于像李世积他们那班子的一帮子亲信掌握得有大量的外军。
当然，这些军队名义上是李渊的，不过关键时刻得看他们听谁的。还有呢也是李世积自己不愿受功的原因。李世积作为李渊十分信任的臣子，他支持哪个皇子，对此李渊自然不会有任何好说的。但他若也明摆着要迫使李渊来就范，那就成了乱臣贼子去了，这于大家名声都不好听。
也许李世民也是滤及于此，需要塑造个自己是受到忠臣良将们支持的形象，才如此故意将李世积排除在外拎出来摘干净的吧！包括诛杀李建成与李元吉，按他本意，也最好是由他个人来完成，免得其他人背负犯上弑主的恶名。
政变之前，太子冼马魏征经常劝说太子李建成及早除去秦王。李建成败亡后，李世民传召魏征，问道：“你为什么挑拨我们兄弟的关系呢?” 大家都为魏征担惊受怕，魏征却举止如常地回答道：“如果已故的太子早些听从我的进言，肯定不会有今天的祸事。” 李世民原本接收瓦岗军时就认识魏征，知道他是个直臣，也素来器重他的才能。一方面卖给原瓦岗众人一个面子，还有就是为了更好地收服太子李建成那些人，表示自己是宽宏大度的，所以才故意这么样问魏征。然后，他便改变了原来的态度，对魏征以礼相待，引荐他担任了詹事主簿。
李世民还将王圭和韦挺从巂州（治所在今四川西昌）召回，两人和魏徵一起都担任了谏议大夫。任命政变功臣屈突通为陕东道行台左仆射，镇守洛阳。如此安排，既彰显了秦王的宽容大度，又合理地安排了各方势力，为日后的统治奠定了基础。
武德九年（626 年 7 月 31 日），任命秦王府护军秦琼为左武卫大将军，程咬金为右武卫大将军，尉迟恭为右武候大将军。他们的职位得到了进一步的巩固与提升，在军中的地位更加显赫。
武德九年（626 年 8 月 3 日），高士廉被任命为侍中，房玄龄为中书令，萧瑀为左仆射，长孙无忌为吏部尚书，杜如晦为兵部尚书。这些任命标志着秦王府的核心成员全面进入权力中枢，开始掌控大唐的朝政大权。
武德九年（626 年 8 月 4 日），宇文士及为中书令，封德彝为右仆射。天策府兵曹参军杜淹为御史大夫，前任中书舍人颜师古、刘林甫为中书侍郎，左卫副率侯君集为左卫将军，左虞候段志玄为骁卫将军，副护军薛万彻为右领军将军，右内副率张公谨为左武候将军，右监门率长孙安业为右监门将军，右内副率李客师为领左右军将军。一系列的人事任命，让秦王府的势力如同一张巨大的网，迅速覆盖了整个朝廷，进一步巩固了李世民的统治地位。
武德九年（626 年 7 月 5 日），李渊立秦王李世民为皇太子。这一决定，彻底宣告了李世民在这场权力斗争中的胜利，大唐的皇位从此正式进入了李世民的时代。
武德九年（626 年 7 月 14 日），高祖将亲笔诏书赐给裴寂等人说：“朕应当加上太上皇的尊号。” 这一决定，是李渊在无奈之下的妥协，也是他对自己失败的一种认可。
武德九年（626 年 9 月 3 日），李渊颁布制书，将皇帝位传给太子李世民，世民坚决推辞，李渊不许。李世民推辞，或许是真的心中有所顾虑，担心自己贸然接受皇位会引起朝野上下的不满与动荡。
武德九年（626 年 9 月 4 日），李渊传位于皇太子李世民，李世民在京师长安的东宫显德殿即皇帝位。拜李世积为并州都督，赐封邑九百户。李世积为避李世民的讳，更名为李积。至此，大唐的历史翻开了新的篇章，李世民开始了他辉煌而又充满挑战的帝王征程。