永恒星图的光辉笼罩宇宙万载，「永恒圣殿」成为文明朝圣的终极圣地。机械帝国的「存在之眼」日夜扫描着虚无与现实的边界，魔法星系的永恒咒文在星云中编织成璀璨的结界，科技联邦的超维方舟搭载着无数探索者穿梭于多元宇宙。世界树的永恒之花散发出温暖光芒，根系延伸之处，荒芜的星域重焕生机。然而，在永恒星图的最深处，一颗微小的「悖论粒子」突然迸发紫金色光芒，其释放的能量波如涟漪般扩散，所到之处，永恒的法则开始出现裂痕。
林羽在世界树顶端的了望台凝视星痕剑时，剑身的「永恒存在」符文渗出紫金色的液态光芒，剑刃表面浮现出不断扭曲的莫比乌斯环纹路。树灵早已消散的意识却突然在他脑海中震荡：「永恒...并非终点...超越永恒的挑战...正在苏醒...」了望台的时空开始出现折叠与重叠，窗外的星辰时而呈现出完美的秩序，时而又陷入混沌的无序。
沈梦璃在虹桥网络的中枢维护精神桥梁时，发现所有文明的意识数据都出现了「逻辑悖论」。当她用精神力探查，意识瞬间被卷入一个由矛盾命题组成的「思维迷宫」。在这个迷宫中，机械帝国的科技既是无所不能的神器，又是毫无用处的废铁；魔法星系的元素法则既坚不可摧，又脆弱如纸；科技联邦的超维理论既是真理，又是谬误。「这不是简单的干扰，」她的精神体泛起裂痕，「是某种力量在挑战永恒的定义！」
雷掣在寰宇织机的核心舱室中，监测到悖论粒子的能量波动与宇宙的基本逻辑产生剧烈冲突。他将数据输入超维沙盘，模拟出的结果令机械系统陷入宕机：当冲突达到临界点，所有基于永恒法则建立的文明成果都将化为自相矛盾的悖论，宇宙将陷入「既存在又不存在」的混沌状态。更可怕的是，他在系统底层发现一段名为「悖论协议」的程序，其代码能将任何确定的事物转化为无法解决的矛盾。
洛凛带领的星穹守望者在巡逻时，遭遇了由悖论粒子能量孕育出的「矛盾体」。这些怪物的身体由相互冲突的物质构成，左手是坚不可摧的量子合金，右手却是一碰即碎的玻璃；头部是能吞噬一切的黑洞，尾部却是不断创造的白洞。守望者的攻击对它们而言既是致命伤害，又是治愈力量。一名守望者被矛盾体触碰后，身体开始出现「既活着又死亡」的诡异状态。共生之刃在洛凛手中疯狂震颤，刀刃映出的倒影里，他看到自己的守护意志正在被矛盾撕裂。
伊璇融入世界树的生命能量在悖论粒子的影响下变得紊乱不堪，她在根系深处发现了被紫金色雾气包裹的「悖论种子」。种子释放的能量能腐蚀世界树的永恒之花，将其转化为散发诡异光芒的「矛盾之花」。世界树的树皮渗出腐蚀性的紫金色黏液，所到之处，现实的确定性被彻底颠覆，文明的历史与未来同时变得模糊而清晰。「这些种子...正在摧毁永恒的根基...」伊璇的声音带着颤抖，「我们必须阻止悖论的蔓延！」
守护者们紧急集结，全息星图上，悖论粒子如同一个不断旋转的矛盾漩涡，紫金色的能量脉络向宇宙各处疯狂延伸。「这次的危机比以往任何一次都棘手，」林羽握紧星痕剑，剑上的紫金色光芒与雾气激烈对抗，「我们面对的是能颠覆永恒逻辑的悖论挑战。」沈梦璃将精神探测到的思维迷宫投影出来，雷掣展示着「悖论协议」的数据模型，洛凛举起染有矛盾能量的共生之刃，伊璇捧着悖论种子，凝重的气氛让整个指挥室陷入窒息。
宇宙的夜幕下，悖论粒子的能量汇聚成一座由矛盾概念构筑的「混沌要塞」。要塞的墙壁上流动着相互否定的真理与谎言，十二个紫金色法球悬浮在空中，每个法球都散发着能将一切转化为悖论的能量。一个由紫金色雾气与矛盾虚影交织而成的身影缓缓现身，它的声音混杂着全宇宙的低语：「守护者们，在悖论的绝对力量下，你们的永恒不过是一场笑话。准备好迎接逻辑的崩塌吧！」
林羽等人驾驶着经过悖论强化的「星穹号Σ-11」冲向混沌要塞，星舰的防护罩在接触紫金色能量的瞬间，开始将船员的认知转化为矛盾的叠加态。沈梦璃的精神力构建起多层逻辑防线，却发现矛盾体能通过意识中的固有认知发动攻击；雷掣操控量子引擎试图稳定现实频率，引擎却不断接收到「悖论协议」的指令；洛凛挥舞光刃砍向要塞，光刃每次接触紫金色雾气都会崩解成矛盾的碎片；伊璇将生命能量注入星舰核心，能量却被转化为强化悖论种子的力量。
星痕剑在林羽手中剧烈震颤，剑上的符文与「混沌要塞」产生共鸣。林羽的意识被强行拉入一个由无限矛盾组成的超维空间，在这里，他看到了文明在悖论侵蚀下的千万种结局——有的在矛盾中自我毁灭，有的永远困在无法解决的逻辑循环中，还有的...在悖论的深渊中寻找超越永恒的可能。而在所有可能性的尽头，那个紫金色身影正冷笑着，等待着守护者们坠入矛盾的深渊...