宇宙在创世神的力量重塑下进入新纪元，双色星辰化作指引文明的灯塔，世界树根系编织成的「万象网络」将各个星域紧密相连。星穹联盟设立「多元文明研究院」，机械帝国的工程师用调和后的混沌能量建造可移动生态星球，魔法星系的法师们在星云间绘制守护结界，科技联邦则开发出能预警维度异常的「先知系统」。然而，在宇宙最边缘的「终焉星域」，一块刻满创世神古老符文的黑色陨石正缓缓转动，其表面浮现出暗红色的纹路，如同心脏跳动般明灭。
林羽在世界树的树心密室中，发现初代守护者遗留的星图出现诡异变化。星痕剑突然悬浮而起，剑身上的符文与星图重叠，投射出一个被暗红色雾气笼罩的星域。树灵的意识带着前所未有的恐惧传来：“那是创世神封印的‘熵劫核心’，蕴含着宇宙最纯粹的毁灭意志，若它苏醒……”话音未落，密室的墙壁开始渗出暗紫色液体，将星图腐蚀出密密麻麻的孔洞。
沈梦璃在虹桥网络的深层空间搭建了全新的「精神防火墙」，却在某次例行巡查中发现防火墙出现莫名裂痕。她的精神体潜入裂缝深处，坠入一个由记忆碎片组成的迷宫。碎片中不断闪现守护者们被暗红色能量吞噬的画面，而在迷宫的尽头，一个模糊的身影正用创世神的符文构建某种邪恶阵法。“这些不是模拟的未来，”她的精神体开始颤抖，“有人在暗中激活熵劫核心！”
雷掣在量子中枢的核心区域检测到异常能量波动，寰宇织机的能量输出曲线出现周期性的剧烈震荡。他的机械眼扫描发现，这些波动与终焉星域的陨石产生共振，更可怕的是，联盟内部的「先知系统」竟对波动数据进行自动删除。“有人篡改了系统底层协议，”他的机械手指在键盘上飞速敲击，“而且这个内鬼的权限……和我一样高。”
洛凛带领的平衡灯塔巡逻队在执行任务时，遭遇一艘外形酷似创世神能量形态的星舰。星舰没有发出任何识别信号，却能瞬间扭曲空间发动攻击。共生之刃在接触星舰能量光束的瞬间，刀刃上的金色纹路全部转为暗红色，洛凛的手臂被腐蚀出深可见骨的伤口。“这些攻击带着创世神的力量特征，但……”他捂住伤口，“却充满了毁灭的恶意。”
伊璇在世界树的根系深处培育新的生命之种，却发现种子在接触万象网络能量时，表面浮现出暗红色斑点。树灵的光芒变得黯淡：“熵劫核心的污染正在渗透宇宙本源，这些种子若生长，将成为散播毁灭的载体。”她试图用生命权杖净化，权杖却突然不受控制，指向终焉星域的方向。
守护者们紧急集结，全息星图上，终焉星域被标注为血红色的高危区域。“我们必须在熵劫核心苏醒前摧毁它，”林羽握紧星痕剑，剑上的光芒忽明忽暗，“但这次的敌人不仅熟悉我们的战术，还掌握着创世神的力量。”沈梦璃将精神探测到的画面投影出来，雷掣展示着被篡改的系统数据，洛凛举起受伤的手臂，伊璇捧着布满斑点的种子。
宇宙的夜幕下，终焉星域的暗红色雾气翻涌成巨大的漩涡，黑色陨石表面的符文全部亮起。陨石裂开的瞬间，一个由暗红色能量组成的巨人缓缓站起，他的身体上缠绕着创世神的符文，眼中燃烧着毁灭一切的火焰。巨人张开巨口，发出震碎空间的咆哮：“平衡已死，毁灭即新生！”而在巨人的身后，无数艘刻满邪恶符文的星舰浮现，朝着各个星域进发。
林羽等人驾驶着经过万象网络强化的星舰冲向终焉星域，星舰的外壳在暗红色雾气的侵蚀下发出刺耳的金属扭曲声。沈梦璃的精神力构建起多层防护屏障，雷掣操控量子引擎突破空间封锁，洛凛握紧共生之刃准备近战，伊璇则将生命权杖与世界树的根系全力连接。星痕剑在林羽手中发出悲鸣，剑上的符文与暗红色巨人产生危险的共鸣，一场关乎宇宙存亡的终极对决，再次降临……