新守护者同盟成立后的三百年间，宇宙呈现出前所未有的繁荣景象。科技联邦研发出能与自然能量共鸣的量子生态系统，魔法星系的元素圣殿演变成不同文明交流的枢纽，机械帝国的城市中，机械生命与有机生物和谐共处。世界树新生的根系延伸至各个星域，金色的叶片如同星辰，持续净化着残留的混沌气息。然而，在宇宙边缘的「永夜暗域」，一颗暗紫色晶体正以千年为周期缓慢脉动，其上的混沌本源面孔逐渐清晰，它的低语声穿透时空，唤醒了沉睡在各个文明角落的隐秘传承者。
林羽与沈梦璃在虹桥网络的量子档案馆中，意外发现了一份加密档案。档案显示，在星渊文明覆灭前，曾有一群科学家秘密进行「混沌驯化」实验，他们将混沌能量注入人类胚胎，试图创造出能掌控混沌的「新人类」。这些实验体在文明毁灭时被封存于暗物质容器，而容器的坐标，竟指向永夜暗域。沈梦璃的精神力触碰到档案的瞬间，脑海中闪过无数陌生记忆：戴着兜帽的人在祭坛上吟唱诡异咒语，暗紫色晶体在血雾中缓缓转动，还有一句反复出现的低语——「当星辰的轨迹偏离平衡，混沌之子将重铸世界」。
雷掣的量子中枢突然响起刺耳警报，整个虹桥网络的防御系统自动启动。监测数据显示，宇宙中出现了数百个异常能量波动点，这些波动的频率与当年熵核的共振模式高度相似，却又混杂着世界树的生命能量。更令人不安的是，部分波动源头来自守护者同盟内部的重要星球。他立即将数据同步给其他守护者，机械眼闪烁着紧张的红光：「有人在利用世界树的净化之力，反向激活混沌残留！」
洛凛正在巡视新建立的「平衡灯塔」，这是分布在宇宙各处的能量监测站。当他靠近编号777的灯塔时，塔身突然爆发出暗紫色光芒，原本负责维护灯塔的机械守卫集体叛变，它们的外壳裂开，露出内部缠绕着混沌能量的诡异器官。洛凛挥剑斩向最近的守卫，剑刃却被一种能吸收净化之力的黏液包裹。战斗中，他发现这些守卫的核心芯片里，竟植入了星渊文明的加密指令。
伊璇在世界树的树心深处，与新生的树灵进行沟通。树灵的意识化作流动的翡翠光芒，却突然剧烈扭曲，投影出令她毛骨悚然的画面：在世界树根系无法触及的角落，暗紫色藤蔓正在悄然生长，藤蔓上结满了半透明的卵囊，每个卵囊中都蜷缩着人形生物，他们的皮肤布满混沌纹路，胸口却跳动着金色的生命核心。树灵的声音充满恐惧：「他们...在吞噬世界树的本源...」
星际议会紧急召开特别会议，不同文明的代表各执一词。科技联邦的议员展示了缴获的混沌能量武器，指责某些魔法文明暗中研习禁忌魔法；魔法星系的长老则拿出证据，证明机械帝国的部分城市正在秘密开采暗物质，而暗物质正是激活混沌能量的关键媒介。洛凛将叛变的机械守卫核心呈上，核心表面的星渊文明徽记让全场陷入死寂。就在争论陷入僵局时，一位来自边缘星域的年轻代表突然站起，他的瞳孔闪过暗紫色光芒，举起手中的权杖，整个议会大厅的灯光瞬间变成诡异的紫色。
林羽和沈梦璃循着暗物质波动，追踪到一颗被迷雾笼罩的星球。这里的空气充满腐蚀性，地面流淌着银色的液态金属。他们在一座由水晶与骸骨搭建的祭坛中，发现了十几个处于休眠状态的实验体。这些实验体的身体表面漂浮着细小的混沌符文，却又被金色的丝线束缚。当沈梦璃试图用精神力探查时，实验体们突然集体睁开眼睛，他们的声音如同千百人合唱：「守护者...终于来了...」祭坛中央的石碑自动升起，上面刻着星渊文明最后的遗言：「混沌与守护本为一体，我们的失败，在于妄图掌控而非平衡。」
雷掣在量子中枢的深处，发现了一个隐藏的子系统。这个系统每隔百年就会自动向特定坐标发送数据，而坐标指向的，正是永夜暗域的暗紫色晶体。他尝试破解系统，却触发了初代守护者留下的终极防御机制——一个由无数光刃组成的牢笼将他困住，光刃上刻着警告：「窥探者，将承受混沌与守护的双重怒火。」关键时刻，他将自身数据与伊璇传来的世界树本源信息融合，光刃竟自动消散，露出更深层的加密文件。
伊璇在世界树中发动「根系普查」，发现宇宙中有超过七成的星球，其地核深处都埋藏着暗紫色晶体碎片。这些碎片正在吸收星球的生命能量，转化为混沌本源的养料。她紧急召回其他守护者，在世界树的树冠下召开秘密会议。五人围坐时，世界树突然落下金色的叶片，叶片在地面拼成一幅星图，图中标记的终点，正是暗紫色晶体所在的永夜暗域。而此时，宇宙边缘的暗紫色晶体突然迸发出强烈光芒，那些沉睡的混沌之子集体苏醒，他们的第一声啼哭，如同惊雷般响彻整个宇宙......