宇宙在“深渊回响”装置的侵蚀下分崩离析，科技联邦的量子城市化作吞噬星辰的黑洞，魔法星系的元素风暴席卷数个星域，机械帝国的钢铁舰队集体调转炮口，将炮口对准了昔日的盟友。洛凛挥舞着新生平衡剑，剑身的黑色黏液不断腐蚀着他的手臂，他却依然坚定地挡在一艘即将被摧毁的民用飞船前，剑刃与混沌能量碰撞，迸发出刺目的火花。
雷掣在永恒守护矩阵中疯狂地调试着量子隔离环，机械手臂在超负荷运转下不断脱落零件。他的机械眼突然闪过一道蓝光：“检测到混沌能量的传播路径！它们正在通过虹桥网络的核心节点扩散，而这些节点...竟被植入了星际议会的认证密钥！”这个发现如同一记重锤，让他意识到隐秘同盟的渗透远比想象中更深。
林羽和沈梦璃的精神力网在混沌能量的冲击下千疮百孔。沈梦璃的意识之海不断浮现出被腐化的文明惨状，她咬着牙将灵血注入精神力网，勉强维持着防线。林羽则凝聚星光之力，试图追踪黑袍人的踪迹，却在一片镜像宇宙中迷失方向，这里的每个倒影都在嘲笑他们的徒劳。
伊璇在世界树中陷入苦战，混沌触手再次袭来，这次它们的表面覆盖着科技联邦的量子装甲、魔法星系的元素护盾和机械帝国的合金外壳。世界树的本源意识传来虚弱的波动：“必须找到‘核心熔炉’...那是三大文明最初的力量根源，或许能破解这诡异的融合。”伊璇强撑着发动“万物共鸣”，将世界树的根系与宇宙中残存的纯净能量相连，暂时压制住了触手的攻击。
星际议会内，主张清洗的强硬派与和平派的冲突一触即发。洛凛闯入议会，将收集到的证据投影在大厅中央：“看看这些！我们的科技、魔法、机械核心技术，正被用来制造毁灭我们的武器！真正的敌人就在我们中间！”然而，他的话却被一阵冷笑打断，一位身着华丽长袍的议员缓缓起身，他的眼中闪烁着暗紫色光芒：“被发现了吗？可惜，已经太晚了。”
话音未落，整个议会大厅的防御系统突然启动，能量束将洛凛逼入角落。这位议员摘下兜帽，赫然是曾经失踪的星际议会首席议长。他张开双臂，周围的空间开始扭曲：“从混沌之源第一次降临，我们就知道，所谓的守护不过是螳臂当车。唯有拥抱混沌，才能获得真正的进化！”
雷掣在中枢系统中发现了更可怕的真相——隐秘同盟在虹桥网络的核心设置了“归零协议”，一旦启动，整个宇宙的文明数据将被清零。他将自己的意识与系统强行融合，试图改写协议代码，却遭到了无数由混沌能量构成的虚拟守卫攻击。在意识即将被吞噬之际，他想起了初代守护者遗留的“本源密钥”，将其注入系统，终于暂时冻结了协议的启动程序。
林羽和沈梦璃在镜像宇宙中找到了黑袍人的老巢。这里是一个由三大文明核心技术拼凑而成的混沌堡垒，中央悬浮着一个巨大的装置，正是“深渊回响”的增幅器。黑袍人现身，他们的黑袍下露出半机械、半魔法的诡异躯体：“你们以为能阻止我们？这个装置连接着宇宙中所有被腐化的核心，只要它还在运转，混沌就将永无止境！”
伊璇根据世界树的指引，来到了位于宇宙边缘的“核心熔炉”。这里是科技、魔法、机械三大文明力量的起源之地，此刻却被一层暗紫色的能量笼罩。她将自身灵能与熔炉共鸣，试图唤醒其中的本源之力。熔炉开始震动，科技的理性之光、魔法的神秘之光、机械的秩序之光逐渐汇聚，形成一道能净化混沌的“本源圣焰”。
洛凛在议会大厅与议长展开殊死搏斗，新生平衡剑的净化之力与混沌能量激烈交锋。雷掣在中枢系统中为他输送能量，林羽和沈梦璃则全力破坏“深渊回响”装置，伊璇带着本源圣焰赶来支援。四大守护者的力量汇聚在一起，能否打破隐秘同盟的阴谋，拯救濒临毁灭的宇宙？而在暗处，混沌之源的意识正注视着这一切，等待着翻盘的机会......