在成功摧毁邪恶组织的核心飞船后，特遣队乘胜追击，对混乱中的舰队发动全面进攻。林羽与暗物质共生体如鬼魅般穿梭在敌舰之间，暗物质在他们周身凝聚成锋利的刃爪，所到之处，邪恶生物的躯壳如玻璃般脆裂。机械族飞船的激光束精准地摧毁着一艘又一艘敌舰，每道激光都经过精密计算，在敌舰的能量护盾上撕开蛛网状的裂痕。自然族的树灵们用生命之力编织出能量网，困住试图逃跑的飞船，那些被网住的飞船表面迅速爬满翠绿藤蔓，将邪恶能量净化成点点星光。守秘者联盟的咒术师们则施展出强大的净化咒术，金色咒文在空中盘旋成巨大的锁链，锁住逃逸的黑暗能量。
经过一场持续数小时的激烈战斗，邪恶组织的舰队终于被彻底击溃。但特遣队没有丝毫懈怠，他们根据沈梦璃从神秘身影意识中获取的信息，朝着邪恶组织总部的方向进发。穿越了一片充满腐蚀性黑暗能量的星云时，机械族的防护系统发出刺耳警报，金属外壳以肉眼可见的速度被侵蚀，工程师们不得不持续注入修复能量；自然族的树灵们则结成圆环，用生命之力为众人撑起防护屏障，他们的星光身体在黑暗能量的侵蚀下变得黯淡。
终于，特遣队抵达了邪恶组织的总部。那是一座堪比小型星系的巨大黑色堡垒，悬浮在宇宙的黑暗深处，堡垒表面布满不断流转的诡异符文，符文每一次闪烁，都伴随着空间的扭曲。堡垒周围环绕着由暗物质构成的防御环带，环带中不时射出湮灭光线，所到之处，连空间都被蒸发。
特遣队小心翼翼地靠近堡垒，却遭到了堡垒防御系统的疯狂攻击。无数道黑色的湮灭射线射向他们，林羽等人迅速分散躲避，并寻找着防御系统的弱点。机械族的工程师们通过分析射线的频率和能量波动，发现这些攻击与堡垒表面符文的震动频率存在关联，于是尝试用干扰波打乱符文节奏。经过二十三次失败的尝试后，他们终于破解了防御系统的部分密码，在环带上打开了一道仅能容纳单人通过的裂隙。
林羽一马当先进入堡垒内部，里面弥漫着能腐蚀精神力的黑暗雾气，各种扭曲的机械装置和变异生物在雾气中若隐若现。这些装置表面布满蠕动的管线，不断吞吐着暗紫色能量；变异生物有的形似巨型章鱼，触手末端生长着布满利齿的嘴巴，有的则像是由无数机械零件拼凑而成的怪物，关节处喷射着腐蚀液体。
林羽手持终焉之剑，走在队伍前方，警惕地注视着周围的动静。突然，一群外形狰狞的邪恶生物从四面八方涌来，特遣队成员们立刻投入战斗。林羽挥舞着剑，剑刃划出的光弧中蕴含着暗物质的毁灭之力，将靠近的邪恶生物一一斩杀；机械族的战士们用机械臂发射出能量弹，这些能量弹在接触目标后会分裂成小型追踪导弹，钻入敌人身体后引发连环爆炸；自然族的树灵们释放出生命之力，形成护盾保护队友，并对邪恶生物进行净化，被净化的生物化作光点融入护盾，增强其防御；守秘者联盟的咒术师们则施展出各种攻击咒术，有的咒术化作燃烧的锁链缠绕敌人，有的则召唤出雷电劈向怪物群。
在战斗中，沈梦璃发现了一个隐藏在能量管道后的通道，通道入口处的符文与她在神秘身影记忆中看到的核心装置标识一致。特遣队突破邪恶生物的重重包围，朝着通道前进。进入通道后，他们发现自己置身于一座巨大的能量大厅，中央是一个直径超过百公里的巨型能量核心，核心表面流转着暗金色纹路，周围环绕着无数闪烁的符文，正在以惊人的速度汲取宇宙中的能量，甚至能看到远处星系的光芒都在被牵引。
“这就是他们企图重塑宇宙的装置——‘终焉重塑核心’。”沈梦璃声音颤抖地说道，“根据分析，一旦装置完成充能，它将按照预设程序改写整个宇宙的物理法则。”
就在这时，邪恶组织的首领出现了。他身形巨大，足有百米之高，全身散发着能吞噬光线的黑暗能量，头部是一个不断开合的深渊巨口，从中传出震耳欲聋的声音：“渺小的蝼蚁们，你们以为能阻止‘终极进化’？宇宙的秩序早已腐朽，唯有我能创造真正完美的新世界！”首领挥动手臂，地面突然裂开，无数尖刺射向特遣队，同时空中降下黑色闪电。
特遣队成员们严阵以待，准备与首领展开最终对决。但他们知道，面对如此强大的敌人，这场战斗将无比艰难。而在与首领的战斗中，他们又能否发现邪恶组织背后隐藏的惊人真相？沈梦璃注意到首领身上的能量波动与核心装置存在某种共鸣，机械族工程师们则在紧急测算核心装置的能量临界点，自然族树灵们感受到了首领体内隐藏的生命本源气息，守秘者联盟的咒术师们开始尝试破解首领身上的防御咒印，一场关乎宇宙命运的终极较量，才刚刚拉开帷幕。