宇宙的重建工作如火如荼，但新生之核的光芒却开始间歇性黯淡。阿依娜的监测系统频繁捕捉到异常：“检测到宇宙中出现未知的暗物质脉冲，其频率与新生之核的能量波动形成诡异共振，就像...有什么在试图干扰核心的稳定。”特遣队的星舰航行至“寂静星域”时，所有通讯设备突然失灵，舷窗外漂浮着数以万计的黑色晶体，晶体表面刻满与熵律仲裁者相似的符文。
机械族中枢城的地下实验室，首席工程师在修复系统时发现了惊人秘密。“这些被篡改的数据里藏着后门程序，”他的机械义眼闪烁着愤怒的红光，“联盟高层中有人持续向外部发送加密信息，接收方...指向宇宙边缘的某个未知坐标。”话音未落，实验室的警报声骤然响起，数十台机械守卫突然启动，将他团团围住。
自然族的世界树顶端，新生的树灵们惊恐地发现，树冠的星光开始渗出黑色黏液。“这不是普通污染，”最年轻的树灵颤抖着触摸树干，“世界树的根系在排斥新生之核的能量，它在害怕...害怕某种更古老的存在复苏。”整片森林的星兽集体陷入沉睡，它们的梦境中不断浮现出暗紫色的祭坛和巨大的阴影。
守秘者联盟的图书馆深处，一本尘封的古籍自动翻开，泛黄的纸页上浮现出血色文字：“当暗星低语响起，契约的裂痕将吞噬光明。那些以秩序之名行混沌之事的人，终将唤醒被封印的‘熵源之核’。”老咒术师的继任者望着窗外逐渐被暗物质笼罩的星空，手中的法典残页剧烈发烫。
特遣队循着暗物质脉冲的轨迹，抵达了宇宙边缘的一片死寂星云。这里悬浮着一座巨大的黑色空间站，空间站表面缠绕着与异神同源的暗紫色能量。当星舰靠近时，空间站的舱门缓缓打开，一个熟悉的身影从中走出——竟是在战斗中“消失”的熵律仲裁者首领，他的身体已完全被暗物质同化，眼中闪烁着冰冷的光芒。
“欢迎来到熵源计划的核心。”他的声音如同冰块碎裂，“新生之核不过是虚假的希望，而真正能掌控宇宙的，是这颗沉睡的熵源之核。”随着他的话语，空间站内部亮起刺眼的红光，一颗散发着毁灭气息的黑色球体缓缓升起，球体表面的纹路与新生之核形成镜像。
战斗一触即发，但特遣队发现常规攻击对暗物质构成的敌人毫无作用。队长挥舞文明之剑，金色光芒却被暗物质吸收；沈梦璃的意识体试图探查敌人弱点，却被一股强大的精神力反弹；林羽的光箭在接触敌人的瞬间，竟转化为攻击自己的暗箭。阿依娜在数据洪流中大喊：“他们的能量循环与熵源之核相连，必须切断核心的供能！”
与此同时，宇宙各处的文明开始感受到危机。机械族的量子网络出现大规模宕机，所有设备显示着相同的警告——“熵源侵蚀”；自然族的世界树根系开始疯狂生长，却在接触到其他星球时迅速枯萎；守秘者联盟的咒术师们发现，自己施展的咒语开始反噬，将周围的空间撕裂。
在绝境中，队长突然想起初代文明的残卷记载：“唯有凝聚所有文明的纯粹信念，才能打破熵的枷锁。”他将意识沉入文明之剑，在剑中无数文明的记忆里寻找答案。他看到机械族在废墟中重建的坚韧、自然族守护生命的执着、守秘者联盟传承知识的坚守，以及无数文明在困境中相互扶持的温暖瞬间。
“文明的力量，在于永不放弃的信念！”队长高举文明之剑，沈梦璃和林羽的意识体化作流光融入剑身。三人的力量与各个文明底层民众的信念汇聚成璀璨洪流，冲向熵源之核。在光芒的冲击下，熵源之核开始出现裂痕，熵律仲裁者首领发出不甘的怒吼，他的身体逐渐崩解成暗物质粒子。
然而，在熵源之核即将被摧毁的瞬间，一道更强大的黑暗力量从宇宙深处传来。一个低沉的声音在虚空中回荡：“愚蠢的蝼蚁，你们以为能阻止熵的意志？真正的棋局，现在才开始...”新生之核的光芒再次黯淡，宇宙边缘的暗物质云开始急速汇聚，一场更大的危机正在逼近。