灵能潮汐退去后的宇宙，表面恢复了平静，新生之核的光芒却隐隐泛着血色。特遣队在例行巡查中，阿依娜突然发出尖锐警报：“检测到宇宙中出现大量灵能裂隙，这些裂隙正在以契约残卷的频率共振！”队长的文明之剑剧烈震颤，剑身图腾渗出诡异的黑红色纹路，仿佛契约封印下的力量正在蠢蠢欲动。
机械族中枢城的量子塔楼内，首席工程师发现城市的灵能供能系统出现异常波动。“能量管道里流动的不是普通灵能，”他的机械义眼闪烁着混乱的数据流，“而是掺杂着异神气息的污染能量，正在腐蚀整个能源网络！”自然族的世界树根部，原本被净化的黑色液体再次渗出，树灵长老们惊恐地发现，世界树与灵能维度的连接通道正在被某种力量强行打开。
守秘者联盟的图书馆中，重新修复的法典残页突然燃烧起来，灰烬在空中拼凑出警告文字：“契约封印只是权宜之计，异神的意识仍在灵能维度游荡，它们在等待...等待某个关键节点的到来。”老咒术师望着窗外扭曲的星云，面色凝重：“灵能裂隙正在形成一张大网，一旦成型，异神将突破封印卷土重来。”
特遣队决定顺着灵能裂隙的轨迹寻找源头。当他们靠近一片被称为“遗忘星域”的区域时，星舰的所有系统突然失灵。舷窗外，无数由灵能构成的人脸在裂隙中若隐若现，每一张脸都带着扭曲的恨意。“这些不是幻象，”沈梦璃的意识体泛起涟漪，“是异神残留的怨念，它们在吞噬经过的所有灵能生命体！”
在探索过程中，特遣队发现了一座悬浮在虚空中的古老神庙。神庙的墙壁上刻满了初代文明与异神签订契约的场景，而在神庙的中心，放置着一块散发着幽光的契约核心。当队长试图触碰核心时，一阵刺耳的笑声在虚空中回荡：“愚蠢的蝼蚁，以为能彻底消灭我们？”一个由黑色灵能构成的身影从核心中浮现，正是曾经被封印的异神之一。
异神挥动手臂，灵能裂隙中涌出无数触手，将星舰紧紧缠住。林羽凝聚光箭射向触手，却发现光箭在接触的瞬间被转化为黑暗能量。阿依娜在数据洪流中大喊：“这些触手能吸收任何形式的能量，并将其转化为异神的力量！我们必须找到切断灵能供应的方法！”
与此同时，宇宙各处的文明开始感受到灵能污染的威胁。机械族的机械生命体出现暴走，自然族的星兽集体陷入癫狂，守秘者联盟的咒术师们被反噬的黑暗力量侵蚀。各个文明紧急启动应急预案，机械族制造出灵能净化装置，自然族用生命之藤编织防护结界，守秘者联盟则施展古老的驱邪咒术。
特遣队在与异神的战斗中逐渐陷入劣势，队长突然想起契约残卷上的一句话：“唯有以纯粹的文明之光，方能驱散黑暗。”他将意识沉入文明之剑，与沈梦璃、林羽的意识体完全融合。剑中无数文明的记忆与信念涌现，金色光芒中掺杂着各个文明独特的色彩，形成一道前所未有的净化之光。
净化之光击中异神，异神发出痛苦的嘶吼，身体开始崩解。但在彻底消散前，它将一团黑色灵能注入契约核心，核心瞬间爆发出强烈的能量波动。灵能裂隙开始疯狂扩张，整个遗忘星域面临着被灵能维度吞噬的危险。
队长当机立断，将文明之剑插入契约核心，引导净化之光与核心能量产生共鸣。沈梦璃和林羽则用尽全力维持能量平衡，防止核心爆炸。在激烈的能量碰撞中，契约核心逐渐稳定，灵能裂隙开始闭合。
然而，在宇宙的某个未知角落，一双散发着红光的眼睛正注视着这一切。“文明的抵抗不过是垂死挣扎，”低沉的声音在虚空中回荡，“当契约的最后一道封印松动，整个宇宙都将成为异神的祭品。”
战后，特遣队与各个文明共同建立了灵能监测联盟，时刻警惕着契约力量的异动。但他们知道，异神的威胁并未真正消除，一场更大的危机或许正在黑暗中酝酿。新生之核的光芒依旧照亮着宇宙，却再也无法驱散所有人心中的阴霾，特遣队的星舰再次启航，迎接未知的挑战。