率领战友们小心翼翼地探索着。在最核心处，他们遭遇了幕后主谋，一个全身笼罩在黑袍下的神秘存在。这个存在拥有操控时空的能力，战斗瞬间爆发。主角想到之前对付异世界来客的经历，冷静应对，尝试寻找这个神秘存在的破绽。最后，主角发现其力量源泉与一颗时间之心有关，摧毁这颗心后，彻底消灭了威胁，宇宙真正迎来了持久的和平。然而，就在大家欢呼庆祝之时，主角却隐隐感觉不安。他总觉得事情太过顺利，那颗所谓的时间之心破碎得也过于轻易。突然，天空闪过一道奇异光芒，紧接着众人周围的场景迅速扭曲变换。他们竟来到了一个完全陌生的空间，这里弥漫着一股古老而邪恶的气息。
这时，一个熟悉的声音响起：“你们以为真的打败我了吗？”只见黑袍神秘人再次现身，原来刚才只是他设下的圈套。主角心中一惊，但很快镇定下来。他意识到现在要重新寻找对方的弱点，一边指挥战友保持防御阵型，一边仔细观察周围环境。主角注意到这个空间中的能量流动有着特殊规律，顺着这个规律，他推测出黑袍人的真正力量核心隐藏在脚下这片土地深处。于是主角带领战友发起新一轮攻击，经过艰苦战斗，成功破坏核心，这次黑袍人彻底消失，宇宙真正恢复和平。主角和战友们终于松了口气，准备返回故乡。但当他们启动飞船时，却发现导航系统全部失灵。更奇怪的是，原本恢复生机的宇宙各地陆续传来异常报告，一些星球莫名出现巨大裂缝，仿佛有股未知力量在暗中破坏。
主角思考良久，怀疑之前黑袍人的背后还有更大阴谋。他决定再次深入调查，带着几个亲信战友沿着能量波动逆向追踪。最终，他们来到一个废弃的古战场遗址。在这里，主角发现一块神秘石碑，上面刻满了从未见过的符文。当主角触摸石碑时，眼前浮现出一幅幅画面，竟是宇宙诞生之初的景象，还有一个更加恐怖的黑暗身影在幕后操纵一切，而之前的黑袍人不过是它的小小棋子。主角意识到，这场战争远远没有结束，新的危机才刚刚开始，他握紧拳头，决心揭开真相拯救宇宙。主角和战友们开始研究石碑上的符文，试图从中找到更多线索。经过一番努力，他们解读出一部分内容，得知黑暗身影的所在之处是一处被封印多年的异次元空间。只有集齐五块散落在宇宙各处的神秘碎片，才能打开通往那里的大门并将其彻底消灭。
主角等人立刻出发，在各个危险重重的星球间穿梭寻找碎片。期间不断遭到各种陷阱和守护兽的袭击，但凭借着顽强意志和彼此间默契配合，逐渐收集到四块碎片。
当他们前往最后一块碎片所在地——一个即将毁灭的黑洞附近星球时，却发现黑袍人竟然复活了。黑袍人冷笑道：“你们以为能阻止主人的计划？你们所做的一切都是徒劳。”说完便发动猛烈攻击。主角等人奋力抵抗，在千钧一发之际，主角发现黑袍人复活后的弱点仍是之前的那种能量核心。最终主角成功击破核心，黑袍人化为灰烬。随后主角拿到最后一片碎片，向着异次元空间进发，准备直面最终的黑暗身影。