病毒爆发第18天，凌晨3:11，世界已被重塑得面目全非。血藤母树，这株千米级的生物构造体，宛如一座庞大的绿色堡垒，其冠顶正举行着一场意义非凡的生态议会。
类人果实们通过根系紧密相连，进行着思维共享，那庞大的植物神经网络仿佛在编织着一个全新的智慧网络。丧尸代表则展示着珊瑚城的全息投影，海底文明已具雏形，斑斓的珊瑚与游动的丧尸生物构建出一个奇幻而陌生的世界。共生体悬浮舱释放出记忆孢子，其中竟含着恐龙灭绝的真相——一场来自外星文明的实验失控。
不同文明间的碰撞一触即发。人类被要求交出林晓冉腹中的胚胎，以此来换取在这个新秩序中的生存席位。血藤则坚决要求清除所有机械改造体，老吴的怀表装置也在其列。而周小葵，因其助听器能接收宇宙信号，被推举为“声波翻译官”，她的命运就此与这复杂的局势紧紧捆绑。
离开血藤母树，众人的目光被天空中的奇异景象吸引。月球背面突然显现出巨型几何纹路，反光率急剧突变，仿佛在向地球传达着某种未知的信号。外星装置正有条不紊地剥离月壤，内部晶体核心逐渐暴露，与此同时，地球的潮汐锁定导致永昼永夜分割线发生位移，整个世界的昼夜节律被彻底打乱。
面对外星文明的入侵，众人展开技术反制。血藤果实被改造成生物激光发射器，向采矿光束发出反击，试图干扰外星装置的运作。老吴再次发挥他的智慧，改装怀表引发月震，成功释放出冰封在月球的外星探测器。在探索过程中，他们发现月球尘埃中竟含有抗病毒纳米机械，宛如一剂文明疫苗，给人类的未来带来了一丝曙光。
然而，地球的大气环境正急剧恶化。氧气浓度降至12%，全球陷入窒息状态。但危机之下，病毒竟激活了休眠线粒体，使得皮肤呼吸成为可能。血藤也释放出定制化空气包囊，可想要获取，却需用记忆交换。
在这极端环境下，生物的生理结构开始了一场生存革命。陈默的肺部逐渐退化成储气腔，用以储存声波武器，成为对抗外星威胁的有力手段。林晓冉腹中的胚胎通过脐带进行光合作用，为自身的成长找到了新的能量来源。丧尸群体则进化出甲烷代谢系统，排放出可燃气体，在这末日世界中开辟出一条独特的生存路径。
随着探索的深入，他们发现了一个惊人的真相——时间苗圃。原来，外星人将地球文明当作实验作物栽培，每个世纪对应培养皿的一个分区，而血藤竟是上个实验周期的残留物种。如今，21世纪的培养皿即将被压缩成文明标本，地球文明危在旦夕。只有集齐人类、丧尸、共生三种文明形态，才能启动防御机制，拯救地球。而周小葵的助听器，实则是外星植入的实验观测器，一直在默默记录着地球文明的一举一动。
为了拯救地球，众人与外星文明展开了终极谈判。他们用地球自转数据，艰难地换取了一段缓冲期，但前提是要保持23.5°的轴倾角。同时，上交病毒原始株，期望能交换大气改造技术。此外，还不得不允许外星人采集文明的痛苦记忆作为能量。
然而，这份黄昏协议背后有着沉重的代价。每日，地球上都会随机消除一种人类文化遗产，无论是古老的文字、悠扬的音乐，还是宏伟的建筑，都可能在瞬间消失。丧尸需定期献祭群体智慧，以维持协议的存在。共生体则要永久承担星球的痛觉感知，承受着整个地球的苦难。
章末，血藤果实上竟长出《蒙娜丽莎》瞳孔纹路，仿佛在诉说着人类文明的消逝。月球晶体投射出七个类地行星坐标，为人类的未来指出了新的方向。而陈默的外卖箱，开始接收平行时空订单，这一奇异现象，为这个充满未知的世界又添上了一层神秘的面纱。
在这个跨维度的世界里，人类残余、丧尸文明与外星干预呈现出截然不同的特征。人类残余秉持线性记忆，依赖地表庇护所，用语义欺骗进行沟通，将胚胎崇拜视为生存信仰。丧尸文明则以循环共鸣感知时间，构建海底拓扑城市利用空间，通过基因脉冲交流，信奉痛苦经济学。外星文明以概率云观测时间，借助曲率气泡利用空间，通过量子纠缠沟通，以熵值平衡教为信仰。