在经历了那场惊心动魄的时空危机后，秦明和大宝将受伤的林涛送往医院紧急救治。幸运的是，经过医生们的全力抢救，林涛脱离了生命危险，但仍需长时间的住院治疗。
警方迅速对福利院展开了全面调查，收集到了大量与“影子议会”有关的证据。同时，公安部也成立了专门的专案组，负责彻查“影子议会”的组织架构和犯罪网络，防止他们再次兴风作浪。
秦明则全身心投入到对案件证据的分析中。他发现“影子议会”在基因技术和时空研究方面的涉猎远超想象，他们试图通过操控时间和基因改造来实现其不可告人的目的。而那个神秘的婴儿，似乎是他们计划中的关键一环，但婴儿身上所蕴含的特殊能量来源仍是个谜。
在医院里，秦明常常守在林涛的病床前，一边照顾他，一边思考案件的线索。林涛虽然身体虚弱，但也会和秦明一起讨论案情，两人都决心要将“影子议会”的幕后黑手揪出来。
与此同时，社会上对这起事件的关注度极高。媒体纷纷报道，民众们人心惶惶。为了安抚公众情绪，警方定期召开新闻发布会，公布案件的调查进展。
然而，在平静的表象下，暗流涌动。“影子议会”的残余势力并未被完全清除，他们隐藏在黑暗中，等待着时机再次出手。秦明隐隐感觉到，他们正在策划着一场更大的阴谋，而这场阴谋可能会给整个世界带来灭顶之灾。
一天，秦明在整理案件资料时，发现了一个被忽略的细节。在星象仪的残骸中，有一个微型芯片，上面刻着一些奇怪的符号和代码。经过技术专家的破解，这些代码指向了一个位于偏远山区的秘密基地。秦明意识到，那里可能隐藏着“影子议会”的核心机密，以及他们下一步行动的关键线索。
他决定带领专案组的成员前往秘密基地一探究竟。在出发前，秦明看着怀中已经渐渐长大的婴儿，心中默默发誓，一定要保护好这个孩子，也要为所有被“影子议会”伤害过的人报仇。带着这份坚定的信念，秦明和他的团队踏上了新的征程，迎接他们的将是未知的挑战和更加危险的敌人。
秦明一行人来到了偏远山区，秘密基地隐藏在一处山谷中，周围布满了各种先进的防御装置。他们小心翼翼地靠近，刚进入基地范围，警报声突然响起。瞬间，一群机械守卫从四面八方涌来，这些机械守卫动作敏捷，攻击凶猛。秦明他们迅速应战，凭借着专业的技能和团队配合，暂时抵挡住了攻击。
深入基地后，他们发现这里宛如一个地下科研城，各种先进的仪器和实验设备让人眼花缭乱。在一个巨大的实验室里，他们找到了更多关于基因技术和时空研究的资料。然而，就在他们准备进一步探索时，“影子议会”的残余势力头目出现了。他得意地笑着，声称这一切都是他们故意设下的陷阱。
就在这千钧一发之际，婴儿突然发出一阵奇异的光芒，周围的时间仿佛静止了。众人趁着这短暂的机会，迅速制服了头目，获取了“影子议会”的核心机密。而这场新的挑战，也让他们离揪出幕后黑手又近了一步。