“新世纪方舟”案件尘埃落定后，秦明、林涛和大宝的生活暂时回归平静，他们依旧忙碌于日常的法医和痕检工作，为各类案件的侦破提供关键支持。
然而，平静的日子并未持续太久。一天，市公安局接到一起离奇的报案。在城市边缘的一处废弃工厂内，有人发现了一具高度腐烂的尸体。由于尸体腐烂程度严重，且现场环境复杂，当地警方初步勘查后，觉得案件侦破难度较大，便请求秦明等人所在的省厅法医团队前来协助。
秦明、林涛和大宝接到任务后，立刻收拾装备，驱车前往案发现场。抵达废弃工厂后，一股刺鼻的腐臭味扑面而来。工厂内杂草丛生，建筑破败不堪，尸体就躺在工厂中央的一片空地上，周围布满了杂乱的脚印和一些不明来历的污渍。
秦明戴上手套和口罩，率先走到尸体旁，开始进行初步检验。他发现尸体的面部已经无法辨认，身体上的皮肤也大多脱落，只能通过骨骼特征和牙齿来尝试确定身份。林涛则在尸体周围展开痕迹勘查，他仔细观察着每一个脚印，试图分辨出哪些是与案件相关的，哪些是无关人员留下的。大宝则负责记录现场的各项情况，同时协助秦明收集尸体上的样本。
“这具尸体至少已经死亡两周以上，从尸体的腐烂程度和周围昆虫的生长情况来看，应该是在天气较为炎热的时候遇害的。”秦明一边检查，一边向林涛和大宝说道。林涛点点头，回应道：“现场脚印很杂乱，不过我发现有几种脚印比较特殊，似乎是穿着专业工作鞋留下的，可能和这工厂以前的工人有关，也可能是凶手留下的，还需要进一步分析。”
经过一番努力，他们将尸体带回了实验室，准备进行更详细的检验。在解剖过程中，秦明发现尸体的肋骨有几根断裂，且胸腔内有淤血，推测死者生前可能遭受过暴力殴打。同时，从死者的牙齿磨损情况和骨骼发育程度来看，初步判断死者是一名年龄在30到40岁之间的男性。
林涛则在实验室里对从现场提取的脚印和污渍进行分析。他利用专业设备，将脚印进行建模对比，发现其中一种脚印与工厂废弃前登记的一名技术工人的鞋码和鞋型相符，但通过调查，这名工人早已离开本市，有明确的不在场证明。而那些污渍，经检测是某种工业油脂，在这废弃工厂里倒是比较常见，暂时无法作为关键线索。
随着调查的深入，他们发现这废弃工厂曾在几年前被一家小型化工企业收购，打算进行改造后重新投产，但因资金问题不了了之。工厂关闭后，时常有流浪汉和拾荒者光顾，这也给案件侦破带来了更多干扰。
秦明、林涛和大宝陷入了困境，可他们并未气馁。他们决定从工厂的收购记录和周边监控入手，看看能否找到一些被遗漏的线索，一场新的挑战正等待着他们，而他们也已做好准备，要在这重重迷雾中，探寻案件背后的真相。