潜艇缓缓驶入马里亚纳海沟，四周的海水从深蓝渐变为墨黑，巨大的水压让舱体发出不堪重负的呻吟。小奶娃紧盯着声呐屏幕，上面密密麻麻的光点像流动的星群：“这些不是普通海洋生物...它们的基因频率和我在幻象里看到的遗迹产生共鸣！”
突然，舷窗外游过一只通体透明的巨虾，触须上缠绕着发光的基因链条。它用复眼打量着潜艇，随后摆动尾鳍，在海水中划出一道荧光轨迹，仿佛在指引方向。“跟着它！”郭雅琴当机立断。潜艇穿过一片由发光珊瑚构成的峡谷，眼前豁然出现一座悬浮在海床上的巨型金字塔，表面雕刻着与基因库壁画如出一辙的符号。
“这是...亚特兰蒂斯？”零的机械义眼投射出3d扫描图，“不，建筑材料里检测到未知的基因矿物，放射性同位素显示其存在超过十万年！”话音未落，金字塔顶端射出一道光束，潜艇瞬间被吸向建筑内部。舱门打开的瞬间，咸腥的海水倒灌而入，众人举枪戒备，却发现自己置身于一个充满柔和蓝光的大厅。
墙壁上的浮雕讲述着远古文明的兴衰：头戴太阳冠的族群掌握着操控基因的力量，他们创造出能与万物共生的机械生物，却因一场“基因瘟疫”走向毁灭。浮雕的最后一幕，是族群将核心科技封印在金字塔深处，等待“基因共鸣者”的到来。
“是他们...女娲基因的创造者！”小奶娃的声音发颤，胸前的太阳纹章与大厅穹顶的水晶产生共鸣，地面缓缓升起三个石棺。最左侧的石棺自动开启，里面躺着一具半人半机械的遗骸，手中紧握着一枚刻满基因图谱的水晶。
就在众人靠近时，大厅突然响起空灵的女声：“外来者，你们携带女娲基因的气息，却也沾染了暗影的污浊。”无数发光的机械水母从穹顶飘下，将众人团团围住，“回答三个问题，若心怀善意，便赐予你们对抗黑暗的力量。”
刘老鬼挠着头嘟囔：“比土匪的黑话还难。”李小二则挺直腰板：“放马过来！我们连基因怪兽都打过！”
“第一问，基因的本质是工具还是枷锁？”
小奶娃向前一步：“是桥梁！它能连接生命，也能毁灭平衡，关键在于使用它的人心。”
“第二问，当力量足以改写万物，该选择掌控还是守护？”
郭雅琴握紧磁暴步枪：“守护！就像守护延安的每一寸土地，守护每一个活生生的生命。”
“最后一问，面对必将到来的牺牲，你们会退缩吗？”
众人对视一眼，齐声大喊：“不会！”
机械水母散去光芒，中间的石棺开启，里面是一套散发着彩虹光晕的战甲。“这是‘基因仲裁者’的战衣，能吸收并转化任何基因能量。”空灵的声音说道，“但记住，力量越大，责任越重。”小奶娃刚要触碰战甲，警报声突然响起。
“有大量不明物体靠近！”零的机械义眼红光爆闪，“是改造军团，他们的基因波动和之前黑袍人操控的如出一辙！”透过大厅的观景窗，密密麻麻的机械鲨鱼、章鱼怪正朝着金字塔扑来，领头的巨型机械鲸鱼张开血盆大口，露出内部旋转的基因绞碎机。
“启动金字塔防御系统！”小奶娃将遗骸手中的水晶嵌入墙壁凹槽。金字塔表面的基因纹路亮起，射出无数道能量光束。然而，改造军团的首领——一个披着黑袍、头戴机械王冠的身影现身，他手中的权杖一挥，所有攻击竟被反弹回来。
“你们以为找到了靠山？”黑袍人发出刺耳的笑声，“这座金字塔的能量核心，早就在我的掌控之中！”他的脸在阴影中若隐若现，赫然是之前消失的山本弟弟！原来他并未死亡，而是与远古遗族中的堕落者达成交易，妄图利用基因之力统治世界。
“叛徒！”空灵的声音充满愤怒，大厅的地面裂开，钻出数十个远古机械守卫。他们的造型与改造军团截然不同，身上流转的是纯净的生命能量。一场远古与现代的基因大战就此爆发，机械守卫的能量刃与改造生物的基因射线相撞，整个金字塔开始剧烈摇晃。
郭雅琴冲向黑袍人，却被他释放的基因锁链缠住。刘老鬼挥舞大刀砍断锁链，却在接触黑袍人的瞬间，身体开始不受控制地变异。“老鬼！”李小二抱着震荡弹扑过去，爆炸的气浪将黑袍人击退。小奶娃趁机穿上基因仲裁者战甲，战甲贴合身体的瞬间，他感觉自己能听见每一个基因的低语。
“原来如此...他的力量来自对基因的扭曲！”小奶娃举起双手，战甲的指尖射出金色丝线，将黑袍人的基因能量重新编织。山本弟弟发出痛苦的惨叫，身体开始分解，但他在消散前，竟启动了金字塔的自毁程序。
“快走！”空灵的声音催促道，“带着核心水晶离开，这里的秘密不该被野心家利用！”众人在机械守卫的掩护下冲向潜艇，身后的金字塔爆发出耀眼的光芒。当潜艇冲出海面时，小奶娃望着手中的水晶，里面浮现出新的基因图谱——那或许是对抗未来危机的关键。而在远方的云层中，一双猩红的眼睛正注视着这一切，新一轮的阴谋，正在黑暗中悄然成型...