宇宙重归安宁，林默一行人在总部受到英雄般的欢迎。然而，他们无心沉醉在赞誉之中，深知神秘势力虽遭重创，但残余力量仍在暗处蛰伏，文明起源的完整真相也还未彻底揭开。在短暂的休整后，林默、李阳和张警官便聚在一起，商讨下一步计划。
“根据机械生物提供的信息，还有一些古老遗迹可能藏有文明起源的关键线索，它们分散在宇宙的各个角落，”林默指着星图说道，“我们得兵分多路，才能更高效地寻找。”
李阳点头表示同意：“我可以带领一支小队前往伽马星系，那里有个被遗忘的文明遗迹，据说有着独特的能量波动，或许和我们要找的线索有关。”
张警官接着说：“我去奥米茄星云，那里环境复杂，生命形式奇特，说不定能发现新的线索。”
林默则决定留守总部，协调各方资源，同时深入研究之前获取的资料。三人商定后，便各自开始准备。很快，探索小队陆续出发，驶向茫茫宇宙。
李阳带领的小队抵达伽马星系后，便发现这里弥漫着诡异的寂静。原本应该繁华的星系，如今只有寥寥几颗星球还有生命迹象，其余的都被一层死寂的气息笼罩。他们降落在一颗疑似遗迹所在的星球上，刚踏出飞船，便感受到一股刺骨的寒意。
“小心点，这里的情况不太对劲，”李阳低声提醒队员，“保持警惕，随时准备应对突发状况。”
队员们小心翼翼地朝着遗迹的方向前进，一路上，他们发现了许多奇怪的现象：废弃的建筑仿佛被某种强大的力量瞬间摧毁，地面上残留着神秘的能量侵迹，却没有任何生命活动的迹象。当他们终于抵达遗迹时，眼前的景象让他们震惊不已。
遗迹的主体是一座巨大的金字塔形建筑，表面刻满了奇异的符号和图案，这些符号闪烁着微弱的蓝光，仿佛在诉说着曾经的辉煌。然而，当李阳等人靠近时，金字塔突然发出一阵强烈的能量波动，将他们震飞出去。
李阳挣扎着站起来，拿出仪器扫描金字塔，试图找出能量波动的原因。经过一番分析，他发现金字塔内部似乎有一个强大的能量核心，正在被某种力量激活，而这个能量核心与他们之前遇到的神秘势力的能量有着相似之处。
“看来神秘势力已经来过这里了，”李阳脸色凝重地说，“他们可能在利用这个遗迹做什么不可告人的实验。”
与此同时，张警官在奥米茄星云也遇到了麻烦。星云内的气体和尘埃形成了各种奇特的物质形态，干扰着飞船的导航系统。更糟糕的是，他们遭到了一群神秘生物的攻击。这些生物外形酷似巨大的水母，身体透明，却能释放出强大的电流，让飞船的电子设备陷入瘫痪。
张警官运用精神力与这些生物进行沟通，试图了解它们攻击的原因。经过一番努力，他终于得知，这些生物守护着星云内的一处圣地，那里藏有一个古老的秘密，而神秘势力也曾试图闯入圣地，引发了这些生物的敌意。
“我们不是敌人，”张警官向生物们解释道，“我们也在寻找对抗神秘势力的方法，希望你们能帮助我们。”
在张警官的诚恳劝说下，神秘生物终于放下了敌意，并引导他们来到了圣地。圣地是一个巨大的能量旋涡，中心闪烁着神秘的光芒。张警官小心翼翼地靠近，发现光芒中隐藏着一块古老的石板，上面刻满了与文明起源有关的信息。
而在宇宙重建总部，林默在研究资料时，发现了一个被忽视的细节。之前获取的文明起源信息中，有一段关于“宇宙之心”的描述，虽然只有只言片语，但林默直觉这是一个关键线索。他开始在浩如烟海的宇宙文献中搜索关于“宇宙之心”的记载，终于找到了一份古老的档案。
档案中记载，“宇宙之心”是宇宙诞生时的核心力量凝聚而成，拥有它就能掌控宇宙的秩序。但“宇宙之心”一直被隐藏在一个神秘的地方，只有当宇宙面临巨大危机时，它才会出现。林默意识到，他们之前启动起源装置引发的宇宙震荡，或许就是触发“宇宙之心”出现的契机。
就在林默准备将这个发现告知李阳和张警官时，总部突然收到了紧急求救信号。信号来自李阳所在的伽马星系，神秘势力再次出现，对他们发动了猛烈攻击，李阳等人陷入了困境。
林默立刻调配总部的支援力量，亲自率领一支舰队前往伽马星系。当他们赶到时，只见战场上火光冲天，李阳的小队正在顽强抵抗，但已经伤亡惨重。神秘势力的战舰在数量和火力上都占据优势，局势十分危急。
林默毫不犹豫地驾驶着旗舰冲入战场，命运之轮的光芒照亮了黑暗的宇宙。他运用命运之轮的力量，干扰神秘势力战舰的能量系统，同时指挥舰队展开反击。在激烈的战斗中，林默发现神秘势力这次的攻击似乎有备而来，他们的战术和武器都有了新的变化。
“他们一定是得到了新的技术支持，”林默心中暗自警惕，“看来我们不能掉以轻心。”
经过一番苦战，林默等人终于击退了神秘势力。但他们也付出了沉重的代价，许多队员牺牲，飞船受损严重。李阳疲惫地来到林默面前，满脸愧疚：“对不起，我们中了他们的圈套。”
林默拍了拍李阳的肩膀：“这不怪你，神秘势力越来越狡猾了。不过，我们也有了新的发现。”
林默将关于“宇宙之心”的线索告诉了李阳，李阳听后，眼中燃起了希望的火花：“如果我们能找到‘宇宙之心’，也许就能彻底击败神秘势力，揭开文明起源的真相。”
此时，张警官也传来了消息，他带着从奥米茄星云获取的石板赶回总部。三人再次相聚，看着眼前的线索，他们深知，更大的挑战即将来临，但也离真相更近了一步。
在宇宙的黑暗深处，神秘势力的首领正注视着这一切，嘴角露出一丝冷笑：“林默，你们以为能阻止我？这只是个开始，‘宇宙之心’最终还是我的。”随着他的低语，一股新的暗潮在宇宙中悄然涌动……