在滨海市道馆取得胜利后，小智和伙伴们暂住在道馆附近的宝可梦中心。夜晚，月光如水，洒在宝可梦中心的花园里，小智和小光坐在长椅上，回顾着这段旅程的点点滴滴。
“小光，你的华丽大赛准备得怎么样了？”小智率先打破沉默，转头看向身旁的小光，眼中满是关切。
小光微微抬起头，眼中闪烁着期待的光芒，嘴角上扬：“我已经准备得差不多啦！这次神奥华丽大型庆典在铃兰市举办，那里可是汇聚了神奥地区最优秀的协调训练家，我一定要全力以赴，展示出宝可梦们最美的一面！”提到即将到来的比赛，小光的脸上洋溢着自信的笑容。
“铃兰市……”小智轻声呢喃，脑海中浮现出铃兰大会的赛场，那是他即将挑战的舞台，“我也准备去铃兰市，参加铃兰大会。小光，走吧，我们一起出发，我和宝可梦们会给你加油的！”小智坚定地看着小光，眼神中充满鼓励。
小光心中涌起一股暖流，感激地看着小智：“谢谢你，小智！有你和宝可梦们的支持，我一定能发挥出最好的水平！”两人相视而笑，彼此的眼神中都充满了对未来的期待。
第二天清晨，阳光洒在宝可梦中心的屋顶，映照着小智一行人忙碌的身影。他们整理好行囊，告别了电磁馆主和滨海市的居民，踏上了前往铃兰市的旅程。一路上，小智和小光分享着彼此的梦想和目标，小刚则在一旁耐心地照顾着宝可梦们。
然而，他们并不知道，一场危机正在悄然逼近。在遥远的神秘之地，一股黑暗的力量正在觉醒。神秘青年杰洛，驾驶着高科技母舰“百万力霸”，企图利用传说中的宝可梦骑拉帝纳的力量，统治整个世界。他得知了洁咪的存在，以及洁咪与葛拉西蒂亚花田的秘密，便开始了他的抓捕计划。
与此同时”的神奇宝贝洁咪，感受到了杰洛的阴谋，它在千钧一发之际从反转世界逃出，向着小智一行人所在的方向奔去。洁咪知道，只有小智他们才能阻止杰洛的野心，拯救这个世界。
小智一行人在途中休息时，突然，一只小小的、几乎看不见的精灵出现在他们面前。它有着洁白的绒毛，灵动的眼睛闪烁着光芒，正是洁咪。洁咪看起来精疲力竭，似乎经历了一场激烈的追逐。
“这是什么宝可梦？”小光好奇地蹲下身子，想要仔细观察洁咪。
小智也蹲下身，轻轻伸出手，试图安抚洁咪：“它看起来很虚弱，好像遇到了什么危险。”就在这时，洁咪用心电感应将小智一行带到了它的“葛拉西蒂亚花田”，并告诉他们在这“葛拉西蒂亚花”中隐藏着巨大的秘密。
正当他们准备进一步了解情况时，火箭队的身影突然出现。“小鬼们，把那只宝可梦交出来！”武藏恶狠狠地喊道，小次郎和喵喵则在一旁附和着。
与此同时，神奇宝贝中心外的装饰品的镜面上出现了“次元旋涡”，将火箭队、洁咪连同小智一行人一起全部带往了反转世界。当他们从次元旋涡中脱出时，眼前是一个倒立着一排排建筑物，空中处处漂浮着乌云的，广大而不可思议的世界。
“这是哪里？”小刚惊讶地看着周围的一切，心中充满疑惑。
“这里是反转世界，是骑拉帝纳栖息的空间。”一个陌生的声音传来，众人循声望去，只见一个名叫穆玄·葛雷斯蓝多的学者正站在不远处。
还没等他们弄清楚状况，骑拉帝纳突然出现，向洁咪发动攻击。小智等人正要与骑拉帝纳对抗，却被穆玄·葛雷斯蓝多制止：“不可以让骑拉帝纳生气，它的力量太强大了！”
就在这时，杰洛的高科技母舰“百万力霸”出现在天空，他的声音从母舰中传出：“把洁咪交出来，否则你们都别想离开这里！”一场关乎世界命运的危机正式拉开帷幕，小智和他的伙伴们能否化解这场危机，阻止杰洛的阴谋？而他们在铃兰市的梦想之旅，又将受到怎样的影响？一切都还是未知数……