当“诺亚方舟”号划破超空间的屏障，联盟星域边缘的深空监测站突然陷入死寂。艾琳盯着全息星图上成片熄灭的监测点，手指不自觉地抚过胸前的生态徽章——那是用达兰星重生的第一片嫩芽制成的纪念物。舰桥警报声骤然响起，导航员的声音带着颤抖：“检测到未知引力源，正以指数级速度向联盟核心星域推进！”
全息投影中，漆黑的星空中浮现出诡异的紫色雾霭，如同宇宙伤口渗出的脓血。雾霭深处，隐约可见机械与生物融合的巨型结构体，表面布满类似血管的能量脉络。阿尔文调出光谱分析数据，瞳孔猛地收缩：“这些物质的熵值为负，完全违背现有物理法则...它们在主动吞噬周围的恒星！”
更令人不安的是，这些未知结构体的能量频率与仲裁者的惩戒波动存在某种隐秘关联。艾琳想起在改写生态本源代码时，那些残留的紫色能量碎片。难道仲裁者的制裁机制还有更深层的后手？她立即启动飞船的灵能扫描系统，却发现整片星域的灵能场都被一种无形力量扭曲，如同陷入巨大的思维迷宫。
“它们在构建生态黑洞。”阿尔文的结论让舰桥陷入死寂，“通过吞噬恒星的生命力，制造出能彻底抹除文明痕迹的暗域。如果放任不管，三个月后，达兰星的复苏成果将化为乌有，整个联盟都将...”他的声音被突然响起的刺耳通讯打断。
画面中，联盟主席的投影被干扰得支离破碎：“各星球发现不明孢子雨！接触者的灵能场正在被同化为...”话音未落，信号彻底中断。艾琳调出实时影像，只见无数半透明孢子如雪花般飘落，接触到植被的瞬间，绿色迅速褪成诡异的灰紫色。更可怕的是，孢子似乎能读取生物的意识，在城市上空拼凑出挑衅的文字：“篡改法则者，必遭天罚。”
面对前所未有的危机，艾琳决定兵分两路。她带领精英小队前往孢子雨最密集的卡兰星，试图解析孢子的生物编码；阿尔文则留守飞船，研究暗域结构体的弱点。临行前，艾琳将改造后的陨石碎片能量导航仪交给阿尔文：“如果遇到绝境，用它连接生态本源代码，或许...”她的话语被剧烈的震动打断，一颗被孢子完全侵蚀的卫星擦过飞船舷窗，化作齑粉。
卡兰星的地表已成人间炼狱。曾经繁华的城市被灰紫色藤蔓覆盖，这些藤蔓如同活物般蠕动，将试图反抗的居民拖入地下。艾琳的防护面罩上凝结着孢子分泌的腐蚀性黏液，她带领团队深入城市废墟，在一座古老的生态神庙中发现了惊人秘密——墙壁上的浮雕竟描绘着与当前危机如出一辙的末日景象，而落款时间显示为两百万年前。
“这不是仲裁者的制裁，而是更古老的存在。”神庙中的祭司长老咳出紫色血液，将一枚镶嵌着黑色晶体的权杖递给艾琳，“当宇宙诞生之初，熵与秩序的博弈中，诞生了试图吞噬一切的‘暗熵意识’。仲裁者不过是它的守墓人，而你们改写源代码的行为，意外唤醒了沉睡的...”话音戛然而止，长老的身体化作漫天孢子。
与此同时，阿尔文在飞船上的研究也取得突破。他发现暗域结构体的核心是某种“反生态反应堆”，通过逆向运转生态本源代码，将生命能量转化为纯粹的毁灭之力。但想要摧毁反应堆，必须在结构体的能量循环中制造共振缺口——而这需要足以与暗熵意识抗衡的庞大灵能。
艾琳做出了惊人决定：将卡兰星神庙中的古老能量阵列与联盟所有星球的生态祭坛联网，同时启动“诺亚方舟”号的超空间引擎，利用引擎过载产生的能量潮汐作为共振引子。这个计划风险巨大，稍有不慎，整个联盟的灵能网络都会被暗熵意识吞噬。但面对步步紧逼的暗域，这已是最后的希望。
当能量阵列启动的瞬间，整个卡兰星被金色光芒笼罩。艾琳站在神庙中央，将黑色晶体权杖插入祭坛核心，无数道生态信念的光束射向星空。“诺亚方舟”号的超空间引擎开始超负荷运转，船体周围的空间扭曲成危险的旋涡。阿尔文紧盯着监测屏幕，在暗域结构体能量循环的临界点，果断将陨石碎片导航仪接入共振网络。
金色与紫色的能量在宇宙中激烈碰撞，形成壮观的能量星云。艾琳的意识再次被卷入神秘空间，这一次，她直面暗熵意识的本体——那是一团不断膨胀的混沌，内部隐约可见无数文明的残骸。“你们终将成为我的养分。”暗熵意识的声音在她脑海中轰鸣。
“不，我们是文明的火种。”艾琳调动所有船员与联盟民众的生态信念，在意识空间中凝聚成璀璨的光盾，“生态本源代码的真谛，不是冰冷的制裁，而是万物共生的希望！”随着信念之光的冲击，暗熵意识的混沌开始出现裂痕，反生态反应堆的能量循环出现致命缺口。
在最后的关键时刻，艾琳将从两百万年前浮雕中破译的古老生态咒语注入共振网络。整个宇宙仿佛响起创世的钟声，暗域结构体开始崩解，孢子雨也失去活性。当光芒消散，“诺亚方舟”号的监测系统显示，暗熵意识的威胁暂时解除，但在星云深处，一颗散发着诡异紫光的星球正在孕育，似乎预示着更强大的敌人即将苏醒......