神秘组织被成功摧毁，城市逐渐恢复往日的繁荣与安宁。然而，柯南等人的生活却并未因此而完全平静。
一天，柯南在学校里收到了一封匿名信。信中的内容让他心头一紧，信上写道：“神秘组织并未完全消失，仍有残余势力在暗中活动。”
柯南将信拿给林羽、灰原哀、毛利兰和毛利小五郎看，大家的脸色都变得严肃起来。
“难道我们之前的努力还不够？”毛利兰担忧地说道。
林羽沉思片刻后说：“也许是有一些漏网之鱼，我们不能掉以轻心。”
毛利小五郎握紧拳头：“不管怎样，我们都要把他们彻底揪出来。”
于是，柯南等人再次展开了调查。他们在城市的各个角落寻找着神秘组织残余势力的踪迹。
在调查的过程中，柯南发现一些奇怪的现象。一些原本正常的商业交易突然出现异常，资金流向不明；一些重要的科研成果也莫名失踪。
“这背后肯定有猫腻。”柯南说道。
灰原哀分析道：“可能是神秘组织的残余势力在试图重新崛起，通过这些手段获取资金和资源。”
他们顺着这些线索深入追查，发现了一个隐藏在城市边缘的废弃工厂。
“这个工厂看起来很可疑，我们要小心行事。”柯南提醒大家。
他们悄悄地潜入工厂，里面弥漫着一股刺鼻的化学气味。
“这里好像在进行着什么非法的实验。”林羽说道。
就在这时，一群穿着防护服的人出现了，他们手持武器，充满敌意。
“你们是谁？竟敢闯入这里！”其中一人喊道。
“我们是来揭露你们的罪行的！”柯南勇敢地说道。
双方展开了激烈的对抗。毛利小五郎展现出他的格斗技巧，与敌人近身搏斗；毛利兰则灵活地躲避着攻击，寻找机会反击；林羽利用他的黑客技术，干扰敌人的通讯设备；灰原哀则在一旁协助，为大家提供支援。
在战斗中，柯南发现了一个实验室，里面有一些关于神秘组织的文件和实验数据。
“这些东西很重要，我们必须拿到手。”柯南说道。
然而，敌人也意识到了这些文件的重要性，拼命阻止他们。
“绝对不能让他们得逞！”敌人的头目喊道。
在关键时刻，柯南利用他的智慧和勇气，成功地摆脱了敌人的纠缠，拿到了文件。
“快走！”柯南喊道。
大家一起奋力冲出了工厂。
回到安全的地方后，他们仔细研究了这些文件。
“原来神秘组织的残余势力正在研发一种新型的病毒，企图用它来威胁城市。”灰原哀说道。
“我们必须阻止他们！”毛利兰说道。
为了找到病毒的研发地点和阻止病毒的扩散，柯南等人与警方展开了紧密合作。
警方根据他们提供的线索，展开了大规模的搜索行动。
在搜索的过程中，他们遭遇了各种困难和挑战。敌人设置了重重陷阱，试图阻止他们的前进。
“大家小心！”柯南提醒道。
林羽不小心触发了一个陷阱，腿部受伤。
“林羽，你没事吧？”毛利兰关心地问道。
“我没事，别管我，继续前进！”林羽咬着牙说道。
经过艰苦的努力，他们终于找到了病毒的研发地点。
“就是这里，准备行动！”柯南说道。
他们冲进研发地点，与敌人展开了最后的决战。
在激烈的战斗中，柯南等人凭借着顽强的意志和团队的协作，最终成功地摧毁了病毒研发设备，抓获了神秘组织的残余成员。
城市再次避免了一场灾难。
“这次真的是太惊险了。”毛利小五郎说道。
柯南微笑着说：“但正义最终还是战胜了邪恶。”
随着神秘组织的残余势力被彻底铲除，柯南等人的生活终于恢复了真正的平静。他们继续在各自的领域里努力着，为城市的发展和安宁贡献着自己的力量。