在摧毁“暗影联盟”的据点后，柯南等人本以为能迎来一段平静的时光。然而，他们很快就发现，事情并没有那么简单。
一天，柯南在上学的路上，突然感觉到有人在跟踪他。他不动声色地加快脚步，试图摆脱跟踪者，但跟踪者却紧追不舍。
柯南拐进一条小巷，躲在一个拐角处。当跟踪者经过时，他突然跳出来，将跟踪者制服。
“说，你为什么跟踪我？”柯南质问道。
跟踪者是一个面容憔悴的男子，他惊恐地看着柯南：“我……我是被逼的。有人让我监视你。”
柯南皱起眉头：“是谁？”
男子颤抖着说：“我不知道，他们很神秘，我只知道他们在策划一个更大的阴谋。”
柯南意识到事情的严重性，他将男子交给了警方，然后把情况告诉了伙伴们。
“看来‘暗影联盟’并没有完全被消灭，他们还在暗中活动。”毛利小五郎说道。
林羽说：“我们必须尽快找到他们的踪迹，阻止他们的阴谋。”
就在这时，城市里发生了一系列离奇的案件。一些重要的人物相继失踪，现场留下了一些奇怪的符号。
柯南等人开始调查这些案件，他们发现这些符号与“暗影联盟”有关。
“这是他们给我们的挑衅。”毛利兰说道。
经过深入调查，他们发现“暗影联盟”正在进行一项可怕的实验，试图制造一种可以控制人类思维的病毒。
“如果这种病毒被释放，后果不堪设想。”灰原哀说道。
柯南等人决定深入虎穴，找到“暗影联盟”的实验室，摧毁他们的计划。
他们伪装成“暗影联盟”的成员，混入了一个秘密基地。
基地里戒备森严，到处都是巡逻的人员和监控设备。
柯南小心翼翼地避开巡逻队，寻找实验室的位置。
在寻找的过程中，他们不小心暴露了身份，被敌人发现。
“快跑！”柯南喊道。
他们在基地里四处逃窜，躲避敌人的追捕。
毛利小五郎在逃跑的过程中受了伤，毛利兰扶着他：“爸爸，你坚持住！”
林羽利用他的高科技设备，干扰了基地的监控系统，为大家争取了一些时间。
柯南面色凝重地带领着众人迅速闪入了一个房间，并轻轻地合上了门。进入房间后，他们发现这里四处都堆满了各式各样的文件以及复杂精密的设备。这些文件胡乱地散落在地上、桌子上，仿佛被人匆忙翻动过一般；而那些设备则有的已经损坏，有的还在闪烁着微弱的光芒，显示出曾经被使用过的痕迹。
柯南眉头紧皱，低声对其他人说道：“情况紧急，我们必须要尽快找到离开这里的方法。”他一边说着，一边开始小心翼翼地在这堆杂物中寻找线索。
然而，就在此时，一阵嘈杂的脚步声由远及近地传来，紧接着便是敌人那凶狠的叫喊声：“他们一定在这个房间里，给我仔细地搜！”
听到这句话，柯南等人的心跳瞬间加速到了极致，心几乎都提到了嗓子眼儿。每个人都紧张得不敢出声，只能屏住呼吸，静静地等待着命运的审判。