在一个渔村，咸腥的海风呼呼地吹着。村里有个叫娇兰的姑娘，被反绑在祭台上。族长高举着镶贝匕首，大声嚷嚷：“龙目得用活人的瞳孔来点睛，才能镇住深海的怨气！”说着，刀尖就朝着娇兰琉璃般的右眼刺去。这时候，娇兰的父亲林老舵大吼一声，像疯了一样撞向祭台。结果呢，被铁锚一下子贯穿了胸膛。鲜血溅到娇兰惨白的脸上，和她的眼泪混在一起，变成了淡粉色。
新船“蛟骨号”的船眼窟窿，被填上了娇兰那颗还带着温热的眼珠，还混入了朱砂漆料。漆工老吴哆哆嗦嗦地刷着漆，突然就瞧见漆面上浮起了蛛网状的血丝，那瞳孔居然在湿漆里转动起来，直勾勾地盯着他，把他吓得一哆嗦。
启航那天，鞭炮响得震天响。娇兰左眼蒙着布，站在人群里。当红绸从船眼揭开，所有人都吓得往后退。为啥呢？原来漆面上居然渗出了两行血泪，就像活蛇一样蜿蜒着滑进了海里。船主陈九爷强挤出个笑脸说：“这是吉兆啊！龙目泣珠能保佑咱们船队！”
到了深夜，娇兰偷偷摸摸地潜入船坞，用指尖轻轻抚过船眼，小声嘀咕：“爹，他们用我的眼看海，我就用这双眼看着他们葬海。”漆层下的瞳孔猛地收缩，映出她蒙布下空荡荡的眼窝。
“蛟骨号”满载着珍珠驶入了魔鬼礁。突然，风暴就来了。水手阿忠看见船眼的血泪疯狂地涌出来，汇成了一道血径，流向舵室。他顺着血迹撬开地板，差点没吓晕过去，原来压舱石竟是林老舵腐烂的尸身，心口还插着那柄镶贝匕首。
陈九爷听到消息赶过来，那尸身突然坐了起来，腐烂的手一把攥住他的脚踝。船身猛地一倾，镶贝匕首“当啷”一声滑到了娇兰脚边。娇兰捡起匕首，轻轻一笑：“祭刀认主了。”
归航之后，那些参与仪式的族人一个接一个地做起了噩梦。漆工老吴每天晚上都看见船舱木板渗出鲜血，拼成“眼债血偿”四个字。他都疯癫了，用手抠烂了自己的双眼，大喊大叫：“她在漆里！在船缝里！”
娇兰在祠堂里供奉着父亲的灵位，把蒙眼布浸到黑狗血里。布帛挂在梁上的时候，梁木“咔嚓”一声响，就像在悲鸣一样，血滴落在牌位上，居然凝成了一只眼睛的形状。
陈九爷对着镜子刮胡子，镜子里却映出娇兰的右眼长在他脸上。他伸手去戳镜面，掌心一阵剧痛，现实中他的右眼珠咕噜噜地滚落在地，被一只黑猫叼走了。
当天夜里，所有船户的水缸倒影都变成了血海，蛟骨号的船眼在浪里一开一合，瞳孔里映出他们各自的脸。族长在投井之前，在身上刻满了眼状符咒，井水翻腾得像开水一样。
台风夜，“蛟骨号”擅自出了港。渔民们看见船眼飙射出血柱，在暴风雨中画出了一个巨型瞳孔。陈九爷被发现的时候，蜷缩在货舱里，手指插进眼眶，嘴里嘟囔着：“娇兰的眼睛…在啃我的脑…”
娇兰站在崖顶，风暴把她的独眼罩都掀起来了。空洞的眼窝里爬出了血色藤蔓，缠住礁石，拼成了闽南咒文——“目祭者永为龙饵”。
幸存的船工想把“蛟骨号”给焚毁。火把刚碰到船身，整船的朱漆就剥落翻卷起来，露出了无数挣扎的人形凸起。老吴的惨叫从船眼传出来：“我们都在漆里啊！”原来，历代“龙目祭”的牺牲者都被溶进了船漆，万千冤魂在娇兰血泪的召唤下苏醒了。船眼一下子暴涨成丈余的血洞，把纵火者都吸进了漆里。
娇兰独自驾着小舟朝着“蛟骨号”驶去。她经过的地方，海面都凝结成了血泪冰晶。她一登上船，甲板就变成了粘稠的血胶，把她裹住，往船眼那边拖。娇兰说：“爹，女儿来补最后一目。”说完，她就把镶贝匕首刺进了左眼。鲜血喷溅到船眼的时候，整船的冤魂一起嚎叫，“蛟骨号”变成了一条百丈血龙，船眼成了赤红的龙目。
血龙裹着雷电扑向渔村。龙目扫过的地方，村民们的眼眶都爆裂了，地面钻出血藤，扎进空洞的眼窝吮吸着。族长的祠堂轰隆一声塌了，牌位上嵌满了蠕动的眼珠。
陈九爷跪在地上，举着族谱哀求。龙目中浮现出娇兰的脸，说：“这册子记满了祭品姓名…便用你们眼血写终章吧！”龙须把他卷起来，抛向祭台旧址，地底伸出无数骨手把他撕扯着。
朝阳刺破血雾的时候，海滩上静静地躺着一颗琉璃眼球。一个渔童捡起眼球，和它对视，看见瞳孔里映着“蛟骨号”安然地泊在港口，娇兰和林老舵笑着站在船头。
远处深海突然出现了漩涡，沉没的“蛟骨号”残骸浮了起来，船眼窟窿淌出了清泪。泪珠滚落的地方，被血藤噬目的村民居然渐渐长出了新眼睛。人们伏地哭喊：“怨消了…龙目归海了！”只有那渔童呆呆地望着掌心，琉璃眼球已经变成了沙粒，随风散进了滔天白浪。