故事的主角是个海洋生态纪录片摄影师，叫恩琦。
话说在台东兰屿的一个暴雨夜，恩琦为了拍摄达悟族渔猎文化，慌里慌张地躲进了一个岩洞。嘿，你猜怎么着？她竟意外发现了一艘半埋在土里的拼板舟。那船身红得跟凝固的血似的，上面还刻满了扭曲的鱼纹。部落长老之前可警告过，说这血舟是“阿尼托”（怨灵）的棺木，那涂料里混了百年鬼头刀鱼血和枉死者的怨恨。恩琦这手欠，指尖就那么轻轻拂过船桨，那黏腻的触感和一股腥气“嗖”地钻进了她的鼻子。等她离开了兰屿，晚上睡觉总做噩梦，梦里全是被巨浪吞噬，幽蓝的深海下无数苍白的手臂拽着她往发光的鱼骨堆里沉。
从那之后，恩琦耳后长出了两道细小红痕，就像被鱼钩撕裂了一样。她去诊所看病，诊所鱼缸里的石斑鱼突然发疯似的撞碎了玻璃，鳞片溅到她脖子上。医生一看，惊呼起来：“你伤口在渗海水！”恩琦照镜子，发现那红痕还跟着潮汐涨落搏动呢。她赶紧查资料，这才知道1943年日军强征达悟族造舰，把匠人封进涂漆的舟腹献祭，从那以后，碰到血舟的人都耳朵裂开然后溺死。
恩琦拍的摄影素材也变得特别诡异，暗礁间悬浮着穿传统丁字裤的骷髅，腕骨上还系着绳子和舟连在一起。每次浪一涌，她耳边就响起达悟古谣：“肉身饲鱼，魂锁漆中……”她都失控了，把超市的海产全买下来放生，结果那些鱼跟疯了似的，自杀式地撞向堤坝，鳞片还拼成了一张流泪的人脸。
恩琦按照古籍的指引，找到了最后一位造舟匠的后人。那老人摸着她耳后的鳃痕，叹了口气说：“阿尼托要你找齐三块‘怨骨’。”原来当年日军官佐田、翻译李三、船商张鸿才分食了匠人遗骨镇压怨力。第一块佐田的腿骨埋在舟冢祭台，恩琦去挖的时候，土里面渗出黑红的鱼血，把她脚踝都缠住了。
恩琦带着腿骨飞到了台北。收藏家张鸿才的别墅地下室居然供着血舟碎片。那家伙狞笑着说：“我祖父靠怨骨财运亨通！”话还没说完，恩琦耳后的鳃裂喷出墨汁，房间一下子就像深海一样。张鸿才惨叫着倒地，耳洞钻出透明鳗鱼，直咬他的脑髓。第二块手骨在他西装内袋里化成了齑粉。
第三块肋骨在绿岛监狱旧址。恩琦找到了李三的孙子李明。这老头酗酒，缩在贴满符咒的屋里说：“祖父死前咬断舌头，说肋骨在‘会走路的鱼’肚子里……”窗外涨潮了，沙地上出现无数鱼形脚印，直扑木门。李明突然割喉，血喷在符咒上说：“拿我血涂鳃裂！它们找的是活人！”
恩琦涂了血，半夜潜入渔港。冷藏库里，一条三米长的鬼头刀鱼肚子里透出幽光。她剖开鱼腹，发现肋骨嵌在跳动的鱼心上。她刚集齐三块骨头，耳后的鳃裂一下子暴涨，剧痛中她看到了幻象：日军把匠人钉进舟底，鱼血漆像活物一样沸腾，把匠人的尖叫都吞噬了。
恩琦带着骨头回到了兰屿。舟冢前，三块怨骨自己飞进了血舟的裂缝。海面上起了浓雾，雾里走出个半鱼半骨的巨人，眼眶里还有发亮的水母，说：“吾名卡悟，被炼成漆永守族仇……”无数半腐的达悟魂灵浮出海面，指着恩琦说：“外族皆需偿罪！”那巨手朝着她抓过来，恩琦举起摄像机说：“我会让世界看见真相！”
卡悟的指尖停在恩琦额前，问：“机器…能承载魂灵之痛？”恩琦把素材导出来，血舟怨魂、鳞片人脸、李家血咒都在里面。影像投进浓雾，变成了荧光水母群。魂灵们摸着光影里的故乡，一个个都消散了。卡悟身上的鱼鳞也剥落了，说：“漆咒得用活人的血脉终结…”恩琦把染血的摄像机沉进舟冢，说：“以记录者之血，赎侵犯之罪。”
晨曦中，血舟变成了尘埃。恩琦耳后的鳃痕也愈合了，就留了个浅疤。她拍的纪录片《屿兰咒》还得了国际奖项，她把奖金捐出去建了达悟文化馆。文化馆落成那天，馆长给了她一块温润的鱼骨，说：“卡悟留给你的。”晚上，恩琦又梦到了深海，发光的匠人魂灵把她托起来送回海面，鱼群衔着珊瑚给她铺了条归路。你看，这咒啊，不是仇恨，是希望被看见的伤。